Author(s): Pereira, Maria dos Reis Serafim
Date: 2013
Persistent ID: http://hdl.handle.net/10400.14/13630
Origin: Veritati - Repositório Institucional da Universidade Católica Portuguesa
Subject(s): OralOme; OralCard; Proteínas microbianas; Microbioma oral; Proteómica saliva; Microbial proteins; Oral microbiome; Proteomics; Saliva; Domínio/Área Científica::Ciências Médicas::Outras Ciências Médicas
O biofilme oral constitui um dos mais complexos ecossistemas existentes em superfícies biológicas. A sua complexidade deve-se à presença de um vasto número de bactérias que sintetizam proteínas com capacidade para interagir entre si, com as proteínas do hospedeiro e com o meio ambiente. As proteínas presentes na saliva e no biofilme oral desempenham funções específicas, que se traduzem num equilíbrio dinâmico deste ecossistema microbiológico, tornando-se essencial a sua identificação para a compreensão do mesmo. A recente ferramenta bioinformática OralCard permite integrar e visualizar os dados de proteómica da cavidade oral existentes, de forma interpretativa e organizada. Na base de dados desta ferramenta existem apenas 1346 proteínas de origem microbiana identificadas na da cavidade oral. As restantes proteínas microbianas presentes nestas amostras não conseguem ser detetadas com as abordagens tradicionais utilizadas. Este trabalho tem como objectivo utilizar dados de estudos de proteómica de identificação de proteínas expressas pelas bactérias presentes na cavidade oral in vitro para completar a base de dados OralOme. Da análise realizada foram obtidas 9818 proteínas que foram brevemente descritas e adicionadas à base de dados OralOme que suporta o OralCard. Além da atualização da base de dados OralOme este trabalho permitiu ainda concluir que: i) a identificação de proteínas expressas pelas bactérias em cultura é superior à obtida na análise de amostras de tecidos orais; ii) o género para o qual foram identificadas mais proteínas foi Streptococcus e a espécie que tem mais proteínas presentes é Porphyromonas gingivalis; iii) as espécies nas quais foram catalogadas mais proteínas estão na sua maioria associadas a patologias orais e/ou sistémicas e iv) a anotação ontológica das proteínas bacterianas é ainda pouco específica havendo muitas proteínas com classificações genéricas e pouco informativas.
The Oral Biofilm is one of the most complex ecosystems on biological surfaces. Its complexity is due to the presence of a large number of bacteria in the oral cavity, which express proteins that interact with each other, with environmental factors and with host proteins. The proteins present in saliva and oral biofilm play specific roles in the oral cavity, revealing the dynamical balance of this ecosystem. The identification of these proteins becomes essential to understand this ecosystem. The recent bioinformatic tool OralCard allows the integration and visualization of published proteomic data of the oral cavity in an organized and interpretive way. The database, which supports this tool, only considers 1346 proteins of microbial origin present in the oral cavity. The remaining bacterial protein in these samples cannot be detected by the traditional approaches. This study aims to collect data from published proteomic studies focused on bacteria found in the oral cavity cultured in vitro in order to enlarge the OralOme database. The results obtained compiled 9818 proteins of microbial origin, which are briefly described as to the species they were isolated from and also their ontological classifications. These proteins were added to the OralOme database. Aside from the update of the OralOme database this study concluded that: i) the number of proteins identified as being expressed by bacteria in vitro cultures is larger than the number previously stored in OralOme; ii) the genus for which the majority of proteins were identified was Streptococcus and the species was Porphyromonas gingivalis; iii) the species to which more proteins were allocated are related either to oral or to systemic diseases; iv) the ontological annotation of bacterial proteins is still very unspecific and there are many proteins with abstract classifications.
