Genetic diversity of Microcebus tavaratra (Northern-rufous-mouse-lemur) in the fragmented forests of Daraina (North of Madagascar)

• Author(s): Sousa, Ana Priscila Doran Borges de, 1990-
• Date: 2015
• Persistent ID: http://hdl.handle.net/10451/16130
• Origin: Repositório da Universidade de Lisboa
• Subject(s): Fragmentação de habitats; Biodiversidade; Diversidade genética; Madagáscar
• Document Type: Master thesis
• Language: English
• Advisor(s): Chikhi, Lounès; Dias, Deodália Maria Antunes, 1952-
• Contributor(s): Repositório da Universidade de Lisboa

Description

Tese de mestrado. Biologia (Biologia Humana e Ambiente). Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2015

Madagáscar é um dos principais hot spots de biodiversidade do Mundo e ao mesmo tempo um local com um enorme impacto ambiental. A agricultura, corte de árvores e mineração de ouro destroem os habitats a uma velocidade tão elevada que muitas das espécies endémicas da ilha se encontram sob ameaça de extinção. Isto é uma realidade para muitas espécies de lémures da ilha. Neste estudo a diversidade genética e estrutura foram investigadas para seis populações do lémure-rato Microcebus tavaratra. Vinte microssatélites foram amplificados para 113 indivíduos mas quatro foram excluídos por serem monomórficos ou darem resultados duvidosos. A diversidade genética e diferenciação foram calculadas com base nas medidas He, Ho, Fis e Fst. A estrutura foi avaliada com uma inferência Byesiana (programa STRUCTURE 2.3.4) juntamente com o método de ΔK de Evanno et al., 2005 e por uma AMOVA. O padrão de isolamento-por-distância também foi investigado. Os resultados obtidos neste estudo mostraram que apesar de viverem num ambiente fragmentado, as populações de Microcebus tavaratra ainda mostram um elevado nível de diversidade genética e um limitado nível de diferenciação. Isto sugere que o tamanho efectivo das populações ainda é elevado e/ou que o fluxo genético ainda se mantém entre os fragmentos florestais. Um fraco sinal de isolamento-por-distância foi detectado, contudo não pareceu ser o único factor a explicar a diferenciação. Parece haver uma influência da falta de corredores florestais a ligar Ambohitsitondroina aos outros fragmentos. Ao mesmo tempo, a vila Daraina juntamente com a actividade humana relacionada parecem estar a isolar a população de Bekaraoka dos outros fragmentos. O rio e a estrada nacional que atravessam a região não pareceram ter um papel importante na diferenciação entre as populações. Contudo, no espectro deste estudo não foi possível investigar de forma mais extensa os factores que influenciam a diferenciação entre as populações.

Madagascar is one of the major hot spots of biodiversity in the world and at the same time a highly ecologically impacted place. The agriculture, tree cutting and gold mining destroy habitats in such a high rate that many of the endemic species of the island are now threatened with extinction. This is true for many lemur species of the island. Here genetic diversity and structure were assessed for six populations of the mouse lemur Microcebus tavaratra. Twenty microsatellite loci were amplified for 113 individuals, but four were excluded for being either monomorphic or provided unreliable results. Genetic diversity and differentiation were calculated based on He, Ho, Fis and Fst. Structure was inferred using a Bayesian approach (program STRUCTURE 2.3.4) together with Evanno et al, 2005 ΔK method and by an AMOVA. Isolation-by-distance was also assessed. The results obtained in this study showed that despite living in a highly fragmented environment, Microcebus tavaratra populations still present a high level of genetic diversity with limited level of differentiation between them. This suggested either that effective population sizes are very large and/or that gene flow is still maintained between forest patches. A weak isolation-by-distance pattern was detected, but it didn’t seem to be the only factor influencing differentiation. There seems to be an influence from the lack of riparian forest corridors connecting Ambohitsitondroina to the other forests. At the same time the Daraina village and its related human activity appear to be isolating Bekaraoka from the other patches. The river didn’t seem to play an important role in the differentiation between populations neither did the National road that crosses the region. However, in the extent of this study it wasn’t possible to investigate to a greater extent the factors underlying the differentiation between these populations.