Author(s): Monteiro, João Pedro Gonçalves
Date: 2015
Persistent ID: http://hdl.handle.net/10451/22407
Origin: Repositório da Universidade de Lisboa
Subject(s): Quimio-informática; Universidade de Lisboa; Base de dados de moléculas; Sistemas de Informação e Arquitectura Web; Teses de mestrado - 2015; Departamento de Informática
Tese de mestrado, Bioinformática e Biologia Computacional (Bioinformática), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2015
O crescimento exponencial do número de moléculas conhecidas diariamente implica a crescente necessidade de armazena-las em repositórios de forma consistente para não se perder informação. Um dos desafios é conseguir preservar dados experimentais associados a um dado composto químico de tal forma que, para cada composto, existia um determinado número de experiências efectuadas e os valores obtidos sejam armazenados e disponibilizados a comunidade científica. É no seguimento da ideia anterior que foi criado o ULChemDB, um novo repositório que irá servir toda a investigação nas áreas da Química e Quimio-informática da Universidade de Lisboa, recentemente criada. A informação disponibilizada é proveniente da Universidade, porém qualquer pessoa pode aceder ao sistema de informação, disponível em http//ulchemdb.lasige.di.fc.ul.pt, permitindo que a investigação realizada seja divulgada a nível externo, nomeadamente, a investigadores e estudantes e assim também permitir uma maior visibilidade da Quimio-informática em Portugal. O repositório ULChemDB foi desenvolvido através da cooperação entre a Faculdade de Ciências e a Faculdade de Farmácia da Universidade de Lisboa e pode ser dividido em duas partes funcionais. A primeira parte é a base de dados relacional que armazena toda a informação presente no repositório e que foi desenhada para poder suportar as diferentes experiências, enquanto a segunda parte é a interface que apresenta a informação contida pela primeira e utiliza tecnologias web para o utilizador poder realizar processos de pesquisa e gestão da informação. Actualmente, o ULChemDB contém ainda poucas moléculas provenientes da Base de ensaios fornecidos pela Prof. Doutora Rita Guedes, no entanto, é esperado que este número cresça muito com a divulgação do projecto e será, certamente, uma base de dados de referência em Portugal nas áreas da Quimio-informática e Química, podendo também no futuro atrair mais pessoas de outras áreas, como a Biologia e Bioinformática, uma vez que muitos compostos químicos são biologicamente importantes.
The exponential growth of the number of daily known molecules implies the crescent need to store them in repositories in a solid way in order to do not lose information. One of the biggest challenges is to be able to preserve experimental data together with a given chemical compound such that for every compound there are a number of assays whose values are obtained and then stored and available to the scientific community. ULChemDB arises from the previous issue as a new chemical database that will serve all the Chemoinformatics and Chemistry conducted research in the recently created Lisbon University. The database data comes from the University, however any person can access to its information system located in http//ulchemdb.lasige.di.fc.ul.pt, allowing the disclosure of the research to external people, namely to researchers and students. The final result should be the greater visibility of Chemoinformatics in Portugal and maybe other countries. The project was developed through cooperation between Lisbon University Faculty of Sciences and Lisbon University Faculty of Pharmacy and can be divided in two functional parts. The first part is the relational database that stores all the data present in the repository and was designed to support the existing assays. On the other hand, second part comprises the interface which presents the repository information to users through web technologies to do operations like compound search and information management. Currently, ULChemDB has few compounds provided by PhD Rita Guedes, however it is expected the growing of this number as the project becomes more popular in the scientific community and there is no doubt it will be a reference in the fields of Chemistry and Chemoinformatics. It is also expected that the project will attract professionals from other areas like Biology and Bioinformatics because many of the assays compounds have biological interest too.
