Author(s): Pereira, Catarina Isabel Ventura
Date: 2016
Persistent ID: http://hdl.handle.net/10451/25757
Origin: Repositório da Universidade de Lisboa
Subject(s): M. tuberculosis; Portugal; Imigrantes; Spoligotyping; MIRU-VNTR 24loci; Lisboa3; Teses de mestrado - 2016; Departamento de Biologia Vegetal
Tese de mestrado, Microbiologia Aplicada, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2016
A região africana possui uma das maiores taxas de incidência e mortalidade de tuberculose a nível global, representando 28% dos casos mundialmente, representando os Países Africanos de Língua Oficial Portuguesa (PALOP) igualmente uma elevada incidência desta doença. Portugal, por outro lado, apresentou em 2014 uma taxa de incidência moderada de 20 casos por 100 000 habitantes, com a capital Lisboa a assumir-se como uma das regiões mais afetadas e a única com casos de resistência TB-XDR. A caracterização das estirpes Mycobacterium tuberculosis mais predominantes na região de Lisboa foi realizada, desconhecendo-se a estrutura populacional destas estirpes nas diferentes comunidades de imigrantes, nomeadamente nos PALOP. Com o objetivo de estabelecer uma possível associação entre a estrutura populacional de M. tuberculosis de imigrantes provenientes dos PALOP e as estirpes em circulação em Lisboa, caracterizou-se por spoligotyping 133 isolados clínicos recuperados entre 2008 e 2010, de imigrantes provenientes da Guiné-Bissau, Cabo Verde, Moçambique, Angola e São Tomé e Príncipe. Para além deste, foi ainda realizada a genotipagem de nove estirpes com resistência a um ou mais antibacilares pela técnica MIRU-VNTR 24loci. Na observação da distribuição populacional destes isolados através da construção de árvores de extensão mínima para cada sub-população foi demonstrada a existência de um complexo clonal comum em todos os sub-grupos, pertencendo à linhagem LAM, e mais especificamente, aos SITs 20 e 42. Esta linhagem é igualmente prevalente nos dados existentes para Portugal na base de dados internacional SITVITWEB. A análise por MIRU-VNTR 24loci das estirpes resistentes permitiu a deteção de três clusters distintos, compostos por seis das nove estirpes, associados a diferentes perfis de resistência. Dois dos clusters detetados foram identificados como clusters genéticos Lisboa3-A e Lisboa3-B, que estão associados a estirpes de tuberculose multirresistente (TB-MR) e tuberculose extensivamente resistente (TB-XDR) em Portugal. Estes resultados demonstram uma estrutura populacional de M. tuberculosis similar entre os sub-grupos estudados, sugerindo que a tuberculose se tem vindo a disseminar nestas sub-populações de imigrantes e que a importação de estirpes para Portugal desempenha um papel menor do que inicialmente se pensava, reforçando a noção de um elevado grau de endemicidade da tuberculose em Portugal.
Africa has one of the highest tuberculosis (TB) incidence and mortality rates in the world, accounting for 28% of the cases worldwide, with Portuguese-speaking African Countries equally affected by this disease. On the other hand, Portugal presents a moderate incidence rate of 20 cases per 100 000 habitants, with its capital city’s region, Lisbon, as one of the most affected regions and the only one with the presence of MDR-TB strains. The prevailing strains of Mycobacterium tuberculosis in Lisbon were identified but still with no success in discovering its phylogeographic origin. Thus, in an attempt to establish a possible link between the M. tuberculosis strains infecting immigrants from African countries and the strains circulating in Lisbon, we characterized by spoligotyping 133 M. tuberculosis clinical isolates, recovered between 2008 and 2010, from immigrants from Guinea-Bissau, Cabo Verde, Mozambique, Angola and São Tomé e Príncipe. Additionally, nine isolates resistant to one or more antibacillary drugs were further genotyped by 24-loci MIRU-VNTR. Minimum spanning trees constructed for each sub-population in order to study the structure of each sub-population showed a common cluster belonging to the LAM lineage, specifically, SITs 20 and 42. Besides being the most represented lineage in each group of strains analysed it was the most represented in the SITVITWEB data for Portugal. 24-loci MIRU-VNTR data enabled the detection of three distinct genetic clusters associated with drug resistance encompassing 6 of the 9 drug resistant strains analysed. Two of the detected clusters were identified as the Lisboa3-B and Lisboa3-A genetic clusters which are associated with multidrug/extensively drug resistance in Lisbon. These results denote a partially similar M. tuberculosis population structure across the sub-populations studied, suggesting that TB has spread to these immigrant sub-populations in Portugal and that strain importation to the Portuguese territory plays a minor role than what was previously though, reinforcing the notion of a high degree of endemicity of tuberculosis in Portugal.
