Characterization of in vitro models for the study of candidate G-quadruplex ligands targeting the human c-KIT proto-oncogene promoter

• Author(s): Shahidian, Lara Zorro
• Date: 2013
• Persistent ID: http://hdl.handle.net/10400.5/6216
• Origin: Repositório da UTL
• Subject(s): c-KIT; cytotoxicity; G-quadruplex; HGC27; MCF7; SMI; citotoxicidade; pequenas moléculas inibidoras
• Document Type: Master thesis
• Language: English
• Advisor(s): Dacasto, Mauro; São Braz, Berta Maria Fernandes Ferreira
• Contributor(s): Repositório da Universidade de Lisboa

Description

Dissertação de Mestrado Integrado em Medicina Veterinária

Proto-oncogene c-KIT has been implicated in the development and growth of several tumors, e.g. mast cell tumors (MCT) in dogs and gastrointestinal stromal tumors (GIST) in humans. Several therapeutic approaches directed to the blocking of receptor tyrosine kinases (RTK), such as c-KIT, have been created. However, after a short period of recovery, these drugs lose efficiency and the tumor relapses. A new approach, aiming to control c-KIT’s transcription, is being tested. This approach relies on the use of small molecule inhibitors (SMI) that specifically block DNA secondary structures, G-quadruplexes, located on the promoter regions of many proto-oncogenes, including c-KIT. The main goal of this work is the development of in vitro models through which the study of candidate SMIs for human c-KIT is possible. An in vitro model, composed by cytotoxicity tests aimed for the determination of the SMI’s inhibitory concentration 50 (IC50) on two human cell lines and by real time quantitative PCR (qPCR) for the study of gene expression alterations, has been developed and validated. The cytotoxicity tests were also used to identify the IC50 of three candidate ligands for c-KIT.

RESUMO - Caracterização de modelos in vitro para o estudo de possíveis ligandos de G-quadruplex dirigidos à região promotora do proto-oncogene c-KIT no Homem - O proto-oncogene c-KIT tem sido relacionado com o desenvolvimento e crescimento de vários tumores, incluindo mastocitomas em cães e tumores do estroma gastrointestinal no Homem. Várias abordagens terapêuticas têm vindo a ser desenvolvidas tendo como objetivo bloquear os recetores de tirosina quinase, tais como c-KIT. No entanto, após um curto período de recuperação, estes fármacos perdem eficácia e o tumor reaparece. Está a ser testada uma nova abordagem, que visa controlar a transcrição de c-KIT. Esta abordagem recorre ao uso de pequenas moléculas inibidoras que bloqueiam, de forma específica, estruturas secundárias de ADN, G-quadruplex, localizadas na região promotora de vários proto-oncogenes, incluindo c- KIT. O principal objetivo deste trabalho é o desenvolvimento de modelos in vitro que possam ser utilizados para estudar possíveis moléculas inibidoras para o c-KIT humano. Assim foi desenvolvido e validado um modelo in vitro, composto por testes de citotoxicidade, que visam determinar a concentração inibitória 50 dos ligandos, em duas linhas celulares humanas, e por métodos de PCR quantitativo em tempo real, para o estudo das alterações na expressão génica. Os testes de citotoxicidade foram também utilizados para identificar a concentração inibitória 50 de três possíveis ligandos para c-KIT.