Field and classroom initiatives for portable sequence-based monitoring of dengue virus in Brazil

• Author(s): Adelino, Talita ?mile Ribeiro ; Giovanetti, Marta ; Fonseca, Vagner ; Xavier, Joilson ; Abreu, ?lvaro Salgado de ; Nascimento, Valdinete Alves do ; Demarchi, Luiz Henrique Ferraz ; Oliveira, Marluce Aparecida Assun??o ; Silva, Vin?cius Lemos da ; Mello, Arabela Leal e Silva de ; Cunha, Gabriel Muricy ; Santos, Roselene Hans ; Oliveira, Elaine Cristina de ; Chamon J?nior, Jorge Ant?nio ; Iani, Felipe Campos de Melo ; Filippis, Ana Maria Bispo de ; Abreu, Andr? Luiz de ; Jesus, Ronaldo de ; Albuquerque, Carlos Frederico Campelo de ; Rico, Jairo Mendez ; Said, Rodrigo Fabiano do Carmo ; Silva, Josc?lio Aguiar ; Moura, Noely Fabiana Oliveira de ; Leite, Priscila ; Frutuoso, L?via Carla Vinhal ; Haddad, Simone Kashima ; Mart?nez, Alexander ; Barreto, Fernanda Khouri ; Vazquez, Cynthia Carolina ; Cunha, Rivaldo Ven?ncio da ; Ara?jo, Emerson Luiz Lima ; Tosta, Stephane Fraga de Oliveira ; Fabri, Allison de Ara?jo ; Chalhoub, Fl?via Lowen Levy ; Lemos, Poliana da Silva ; Bruycker-Nogueira, Fernanda de ; Lichs, Gislene Garcia de Castro ; Zardin, Marina Castilho Souza Umaki ; Segovia, F?tima Mar?a Cardozo ; Gon?alves, Crhistinne Cavalheiro Maymone ; Grillo, Zoraida Del Carmen Fernandez ; Slavov, Svetoslav Nanev ; Pereira, Luiz Augusto ; Mendon?a, Ana Fl?via ; Pereira, Felicidade Mota ; Magalh?es, Jurandy J?nior Ferraz de ; Santos J?nior, Agenor de Castro Moreira dos ; Lima, Maric?lia Maia de ; Nogueira, Rita Maria Ribeiro ; G?es-Neto, Arist?teles ; Azevedo, Vasco Ariston de Carvalho ; Ramalho, Dario Brock ; Oliveira, Wanderson Kleber ; Macario, Eduardo Marques ; Medeiros, Arnaldo Correia de ; Pimentel, Victor ; Holmes, Edward C ; Oliveira, Tulio de ; Louren?o, Jos? ; Alcantara, Luiz Carlos Junior ; Cerqueira, Erenilde Marques de ; Graf, Tiago ; Ramalho, Walter ; Navegantes, Wildo ; Reis, Renato Barbosa ; Duarte, Clara Guerra ; Pereira, Maria Alves ; Silva, Paulo Eduardo de Souza da ; Souza, Raoni Almeida de ; Pauvolid-Corr?a, Alex ; Paiva, Anne Aline Pereira de ; Fritsch, Hegger Machado ; Mares-Guia, Maria Ang?lica ; Torres, Maria Celeste ; Lima, Maur?cio Teixeira ; Sequeira, Patr?cia ; Marques, William de Almeida ; Jesus, Jorlan Fernandes de ; Naveca, Felipe Gomes ; Silva, Alessandra Lima ; Pinto, Anne Cybelle ; Jaiswal, Arun Kumar ; Lopes, ?lisson Nogueira ; Costa, Francielly Morais Rodrigues da ; Quintanilha-Peixoto, Gabriel ; Soares, Gilson Carlos ; Fonseca, Paula Luize Camargos ; Souza, Renan Pedra de ; Kato, Rodrigo Bentes ; Santos, Rodrigo Profeta Silveira ; Tiwari, Sandeep ; Nogueira, Wylerson Guimar?es ; Santos, Beatriz Senra ?lvares da Silva ; Bueno, Bruna Lopes ; Siqueira, Isadora Cristina de ; Valle, Lourdes Farre ; Borba, Melina Mosquera Navarro ; Mazzetto, Alix Sandra ; Aguiar, Francisco de Assis Ara?jo ; Gomes, Irenio da Silva ; Abrantes, Jayra Juliana Paiva Alves ; Watanabe, Luiz Takao ; Rego, Marta Ferreira da Silva ; Nardy, Vanessa Brand?o ; Aguiar, Shirlei Ferreira de ; Santos, Fabiana Cristina Pereira dos ; Queiroz, Alice Louize Nunes ; Nunes, Bruno Tardelli Diniz ; Martins, L?via Car?cio ; Nunes, Marcio Roberto Teixeira ; Salles, Fl?via Cristina da Silva ; Claro, Ingra Morales ; Jesus, Jaqueline Goes de ; C?ndido, Darlan da Silva ; Fabbri, Cintia Marcela ; Gonz?lez, Claudia ; Sa?z, Lisseth ; Chen-Germ?n, Mar?a ; Barrera, Jaime Lagos ; Ram?rez-Gonz?lez, Jos? Ernesto ; Campos, Josefina ; Faller, Noelia Morel ; Villalobos, Marta Eugenia V?quez ; Kaslin, Roberto ; Cisneros, Silvia Paola Salgado ; Aburjaile, Fl?via Figueira ; Amaral, Carolina Dourado ; Freire, Danielle Bandeira Costa de Sousa ; Cruz, Laura Nogueira ; Mattos, Daniel ; Landeira, Leandro Ferreira Lopes ; Menezes, Mariane Talon de ; Orioli, Ieda Maria ; Ferraz, Ariane Coelho ; Oliveira, Daiane Teixeira de ; Reis, Alexandre Barbosa ; Cota, Renata Guerra de S? ; Bezerra, Rafael dos Santos ; Falc?o, Melissa Barreto ; Carvalho, Rodrigo Dias de Oliveira
• Date: 2021
• Origin: Oasisbr
• Subject(s): Dengue / virologia; Dengue / transmiss?o; Varia??o Estrutural do Genoma; Sequenciamento por Nanoporos; V?rus da Dengue / patogenicidade
• Document Type: Journal article
• Language: English

Description

This work was supported by Decit, SCTIE, Brazilian Ministry of Health, Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico - CNPq (440685/ 2016-8, 440856/2016-7 and 421598/2018-2), Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES - (88887.130716/2016-00), European Union?s Horizon 2020 Research and Innovation Programme under ZIKAlliance Grant Agreement (734548), STARBIOS (709517), Funda??o de Amparo ? Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro ? FAPERJ (E-26/2002.930/2016), International Development Research Centre (IDRC) Canada (108411-001), European Union?s Horizon 2020 under grant agreements ZIKACTION (734857) and ZIKAPLAN (734548).

Funda??o Ezequiel Dias. Laborat?rio Central de Sa?de P?blica do Estado de Minas Gerais.Belo Horizonte, MG, Brazil / Latin American Genomic Surveillance Arboviral Network.

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laborat?rio de Flaviv?rus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil / Latin American Genomic Surveillance Arboviral Network.

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laborat?rio de Flaviv?rus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil / Latin American Genomic Surveillance Arboviral Network.

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laborat?rio de Flaviv?rus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laborat?rio de Flaviv?rus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Le?nidas e Maria Deane. Laborat?rio de Ecologia de Doen?as Transmiss?veis na Amaz?nia. Manaus, AM, Brazil.

Secretaria de Sa?de do Estado de Mato Grosso do Sul. Laborat?rio Central de Sa?de P?blica. Campo Grande, MS, Brazil.

Funda??o Ezequiel Dias. Laborat?rio Central de Sa?de P?blica do Estado de Minas Gerais.Belo Horizonte, MG, Brazil.

Laborat?rio Central de Sa?de P?blica Dr. Giovanni Cysneiros. Goi?nia, GO, Brazil.

Laborat?rio Central de Sa?de P?blica Professor Gon?alo Moniz. Salvador, BA, Brazil.

Secretaria de Sa?de do Estado da Bahia. Salvador, BA, Brazil.

Laborat?rio Central de Sa?de P?blica Dr. Milton Bezerra Sobral. Recife, PE, Brazil.

Laborat?rio Central de Sa?de P?blica do Estado de Mato Grosso. Cuiab?, MT, Brazil.

Laborat?rio Central de Sa?de P?blica do Distrito Federal. Bras?lia, DF, Brazil.

Funda??o Ezequiel Dias. Laborat?rio Central de Sa?de P?blica do Estado de Minas Gerais.Belo Horizonte, MG, Brazil.

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laborat?rio de Flaviv?rus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.

Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Coordena??o Geral dos Laborat?rios de Sa?de P?blica. Bras?lia, DF, Brazil.

Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Coordena??o Geral dos Laborat?rios de Sa?de P?blica. Bras?lia, DF, Brazil.

Organiza??o Pan-Americana da Sa?de / Organiza??o Mundial da Sa?de. Bras?lia, DF, Brazil.

Organiza??o Pan-Americana da Sa?de / Organiza??o Mundial da Sa?de. Bras?lia, DF, Brazil.

Organiza??o Pan-Americana da Sa?de / Organiza??o Mundial da Sa?de. Bras?lia, DF, Brazil.

Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de Coordena??o Geral das Arboviroses. Bras?lia, DF, Brazil.

Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de Coordena??o Geral das Arboviroses. Bras?lia, DF, Brazil.

Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de Coordena??o Geral das Arboviroses. Bras?lia, DF, Brazil.

Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de Coordena??o Geral das Arboviroses. Bras?lia, DF, Brazil.

Funda??o Hemocentro de Ribeir?o Preto. Ribeir?o Preto, SP, Brazil.

Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.

Universidade Federal da Bahia. Vit?ria da Conquista, BA, Brazil.

Laboratorio Central de Salud P?blica. Asunci?n, Paraguay.

Fundac?a?o Oswaldo Cruz. Bio-Manguinhos. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.

Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Coordena??o Geral dos Laborat?rios de Sa?de P?blica. Bras?lia, DF, Brazil.

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laborat?rio de Flaviv?rus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laborat?rio de Flaviv?rus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laborat?rio de Flaviv?rus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil

Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laborat?rio de Flaviv?rus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.

Laborat?rio Central de Sa?de P?blica do Estado de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brazil.

Laborat?rio Central de Sa?de P?blica do Estado de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brazil.

Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud. San Lorenzo, Paraguay.

Secretaria de Estado de Sa?de de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brazil.

Fundac?a?o Oswaldo Cruz. Campo Grande, MS, Brazil.

Funda??o Hemocentro de Ribeir?o Preto. Ribeir?o Preto, SP, Brazil.

Laborat?rio Central de Sa?de P?blica Dr. Giovanni Cysneiros. Goi?nia, GO, Brazil.

Laborat?rio Central de Sa?de P?blica Dr. Giovanni Cysneiros. Goi?nia, GO, Brazil.

Laborat?rio Central de Sa?de P?blica Professor Gon?alo Moniz. Salvador, BA, Brazil.

Laborat?rio Central de Sa?de P?blica Dr. Milton Bezerra Sobral. Recife, PE, Brazil.

Laborat?rio Central de Sa?de P?blica do Distrito Federal. Bras?lia, DF, Brazil.

Secretaria de Sa?de de Feira de Santana. Feira de Santana, Ba, Brazil.

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laborat?rio de Flaviv?rus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.

Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ci?ncias Biol?gicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.

Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ci?ncias Biol?gicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.

Secretaria de Sa?de do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil.

Hospital das For?as Armadas. Bras?lia, DF, Brazil.

Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Bras?lia, DF, Brazil.

Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Bras?lia, DF, Brazil.

Universidade Nova de Lisboa. Instituto de Higiene e Medicina Tropical. Lisboa, Portugal.

University of Sydney. School of Life and Environmental Sciences and School of Medical Sciences. Marie Bashir Institute for Infectious Diseases and Biosecurity. Sydney, NSW, Australia.

University of KwaZulu-Natal. College of Health Sciences. KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform. Durban, South Africa.

University of Oxford. Peter Medawar Building. Department of Zoology. Oxford, UK.

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laborat?rio de Flaviv?rus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.

Universidade Estadual de Feira de Santana. Salvador, BA, Brazil.

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Gon?alo Moniz. Salvador, BA, Brazil.

Universidade de Bras?lia. Bras?lia, DF, Brazil.

Universidade Salvador. Salvador, BA, Brazil.

Funda??o Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.

Funda??o Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.

Funda??o Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.

Funda??o Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laborat?rio de Flaviv?rus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laborat?rio de Flaviv?rus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laborat?rio de Flaviv?rus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laborat?rio de Flaviv?rus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laborat?rio de Flaviv?rus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laborat?rio de Flaviv?rus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laborat?rio de Flaviv?rus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laborat?rio de Flaviv?rus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laborat?rio de Hantaviroses e Rickettsioses. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Le?nidas e Maria Deane. Laborat?rio de Ecologia de Doen?as Transmiss?veis na Amaz?nia. Manaus, AM, Brazil.

Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ci?ncias Biol?gicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.

Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ci?ncias Biol?gicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.

Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ci?ncias Biol?gicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.

Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ci?ncias Biol?gicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.

Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ci?ncias Biol?gicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.

Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ci?ncias Biol?gicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.

Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ci?ncias Biol?gicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.

Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ci?ncias Biol?gicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.

Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ci?ncias Biol?gicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.

Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ci?ncias Biol?gicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.

Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ci?ncias Biol?gicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.

Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ci?ncias Biol?gicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.

Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ci?ncias Biol?gicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.

Universidade Federal de Minas Gerais. Faculdade de Medicina Veterin?ria. Belo Horizonte, MG, Brazil.

Universidade Federal de Minas Gerais. Faculdade de Medicina Veterin?ria. Belo Horizonte, MG, Brazil.

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Gon?alo Moniz. Salvador, BA, Brazil.

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Gon?alo Moniz. Salvador, BA, Brazil.

Funda??o Oswaldo Cruz. Instituto Gon?alo Moniz. Salvador, BA, Brazil.

Laborat?rio Central de Sa?de P?blica do Estado do Paran?. Curitiba, PR, Brazil.

Laborat?rio Central de Sa?de P?blica do Estado de Rond?nia. Porto Velho, RO, Brazil.

Laborat?rio Central de Sa?de P?blica do Estado do Amazonas. Manaus, AM, Brazil.

Laborat?rio Central de Sa?de P?blica do Estado do Rio Grande do Norte. Natal, RN, Brazil.

Laborat?rio Central de Sa?de P?blica do Estado de Mato Grosso. Cuiab?, MT, Brazil.

Laborat?rio Central de Sa?de P?blica Professor Gon?alo Moniz. Salvador, BA, Brazil.

Laborat?rio Central de Sa?de P?blica Professor Gon?alo Moniz. Salvador, BA, Brazil.

Laborat?rio Central de Sa?de P?blica Noel Nutels. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.

Instituto Adolfo Lutz. S?o Paulo, SP, Brazil.

Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.

Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.

Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.

Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.

Universidade de S?o Paulo. Instituto de Medicina Tropical. S?o Paulo, SP, Brazil.

Universidade de S?o Paulo. Instituto de Medicina Tropical. S?o Paulo, SP, Brazil.

Universidade de S?o Paulo. Instituto de Medicina Tropical. S?o Paulo, SP, Brazil.

University of Oxford. Peter Medawar Building. Department of Zoology. Oxford, UK.

Instituto Nacional de Enfermedades Virales Humanas Dr. Julio Maiztegui. Pergamino, Argentina.

Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.

Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.

Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.

Instituto de Salud P?blica de Chile. Santiago, Chile.

Instituto de Diagn?stico y Referencia Epidemiol?gicos Dr. Manuel Mart?nez B?ez. Ciudad de M?xico, M?xico.

Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas Dr Carlos G Malbr?n. Buenos Aires, Argentina.

Ministerio de Salud P?blica de Uruguay. Montevideo, Uruguay.

Instituto Costarricense de Investigaci?n y Ense?anza em Nutrici?n y Salud. Tres R?os, Costa Rica.

Instituto Nacional de Investigacion en Salud Publica Dr Leopoldo Izquieta P?rez. Guayaquil, Ecuador.

Instituto Nacional de Investigacion en Salud Publica Dr Leopoldo Izquieta P?rez. Guayaquil, Ecuador.

Universidade Federal de Pernambuco. Recife, PE, Brazil.

Secretaria de Sa?de do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte. MG, Brazil.

Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Bras?lia, DF, Brazil.

Minist?rio da Sa?de. Secretaria de Vigil?ncia em Sa?de. Bras?lia, DF, Brazil.

Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.

Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.

Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.

Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.

Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.

Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.

Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.

Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.

Funda??o Hemocentro de Ribeir?o Preto. Ribeir?o Preto, SP, Brazil.

Secretaria de Sa?de de Feira de Santana. Feira de Santana, BA, Brazil.

Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ci?ncias Biol?gicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.

Brazil experienced a large dengue virus (DENV) epidemic in 2019, highlighting a continuous struggle with effective control and public health preparedness. Using Oxford Nanopore sequencing, we led field and classroom initiatives for the monitoring of DENV in Brazil, generating 227 novel genome sequences of DENV1-2 from 85 municipalities (2015?2019). This equated to an over 50% increase in the number of DENV genomes from Brazil available in public databases. Using both phylogenetic and epidemiological models we retrospectively reconstructed the recent transmission history of DENV1-2. Phylogenetic analysis revealed complex patterns of transmission, with both lineage co-circulation and replacement. We identified two lineages within the DENV2 BR-4 clade, for which we estimated the effective reproduction number and pattern of seasonality. Overall, the surveillance outputs and training initiative described here serve as a proof-of-concept for the utility of real-time portable sequencing for research and local capacity building in the genomic surveillance of emerging viruses.