Description
Submitted by Guilherme Lemeszenski (guilherme@nead.unesp.br) on 2013-08-22T18:43:23Z No. of bitstreams: 1 S1677-04202006000100008.pdf: 927918 bytes, checksum: 9258fae108c1ae62bed73557138b4add (MD5)
Made available in DSpace on 2013-08-22T18:43:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 S1677-04202006000100008.pdf: 927918 bytes, checksum: 9258fae108c1ae62bed73557138b4add (MD5) Previous issue date: 2006-03-01
Made available in DSpace on 2013-09-30T17:50:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 S1677-04202006000100008.pdf: 927918 bytes, checksum: 9258fae108c1ae62bed73557138b4add (MD5) S1677-04202006000100008.pdf.txt: 59764 bytes, checksum: 1ebac4580a41f44534b4dad6f32c761e (MD5) Previous issue date: 2006-03-01
Submitted by Vitor Silverio Rodrigues (vitorsrodrigues@reitoria.unesp.br) on 2014-05-20T13:13:27Z No. of bitstreams: 2 S1677-04202006000100008.pdf: 927918 bytes, checksum: 9258fae108c1ae62bed73557138b4add (MD5) S1677-04202006000100008.pdf.txt: 59764 bytes, checksum: 1ebac4580a41f44534b4dad6f32c761e (MD5)
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O café é um dos principais produtos agrícolas, sendo considerado o segundo item em importância do comércio internacional de commodities. O gênero Coffea pertence à família Rubiaceae que também inclui outras plantas importantes. Este gênero contém aproximadamente 100 espécies, mas a produção comercial é baseada somente em duas espécies, Coffea arabica e Coffea canephora, que representam aproximadamente 70 % e 30 % do mercado total de café, respectivamente. O Projeto Genoma Café Brasileiro foi desenvolvido com o objetivo de disponibilizar os modernos recursos da genômica à comunidade científica e aos diferentes segmentos da cadeia produtiva do café. Para isso, foram seqüenciados 214.964 clones escolhidos aleatoriamente de 37 bibliotecas de cDNA de C. arabica, C. canephora e C. racemosa representando estádios específicos do desenvolvimento de células e de tecidos do cafeeiro, resultando em 130.792, 12.381 e 10.566 seqüências de cada espécie, respectivamente, após processo de trimagem. Os ESTs foram agrupados em 17.982 contigs e em 32.155 singletons. A comparação destas seqüências pelo programa BLAST revelou que 22 % não tiveram nenhuma similaridade significativa às seqüências no banco de dados do National Center for Biotechnology Information (de função conhecida ou desconhecida). A base de dados de ESTs do cafeeiro resultou na identificação de cerca de 33.000 unigenes diferentes. Os resultados de anotação das seqüências foram armazenados em base de dados online em http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe. Os recursos desenvolvidos por este projeto disponibilizam ferramentas genéticas e genômicas que podem ser decisivas para a sustentabilidade, a competitividade e a futura viabilidade da agroindústria cafeeira nos mercados interno e externo.
Coffee is one of the most valuable agricultural commodities and ranks second on international trade exchanges. The genus Coffea belongs to the Rubiaceae family which includes other important plants. The genus contains about 100 species but commercial production is based only on two species, Coffea arabica and Coffea canephora that represent about 70 % and 30 % of the total coffee market, respectively. The Brazilian Coffee Genome Project was designed with the objective of making modern genomics resources available to the coffee scientific community, working on different aspects of the coffee production chain. We have single-pass sequenced a total of 214,964 randomly picked clones from 37 cDNA libraries of C. arabica, C. canephora and C. racemosa, representing specific stages of cells and plant development that after trimming resulted in 130,792, 12,381 and 10,566 sequences for each species, respectively. The ESTs clustered into 17,982 clusters and 32,155 singletons. Blast analysis of these sequences revealed that 22 % had no significant matches to sequences in the National Center for Biotechnology Information database (of known or unknown function). The generated coffee EST database resulted in the identification of close to 33,000 different unigenes. Annotated sequencing results have been stored in an online database at http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe. Resources developed in this project provide genetic and genomic tools that may hold the key to the sustainability, competitiveness and future viability of the coffee industry in local and international markets.
IAPAR Laboratório de Biotecnologia Vegetal
Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) Recursos Genéticos e Biotecnologia Núcleo de Biotecnologia-NTBio
Instituto Agronômico de Campinas
USP Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz Departamento de Genética
USP Superior de Agricultura Luiz de Queiroz Departamento de Zootecnia
USP Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz Departamento de Entomologia, Fitopatologia e Zoologia Agrícola
USP Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz Departamento de Ciências Biológicas
UNESP Instituto de Biociências Departamento de Genética
Universidade Federal de São Carlos (UFSCar) Centro de Ciências Agrárias
USP Instituto de Ciências Biomédicas
UNESP Faculdade de Ciências Agronômicas Departamento de Defesa Fitossanitária
UNESP Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal Departamento de Tecnologia
UNESP Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal Departamento de Biologia Aplicada à Agropecuária
USP Instituto de Química Departamento de Bioquímica
UNICAMP Instituto de Biologia Departamento de Fisiologia Vegetal
UNICAMP Faculdade de Engenharia Química Instituto da Computação
UNICAMP Instituto da Computação Laboratório de Bioinformática
Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) Café IAPAR
IAC Centro APTA de Citros Sylvio Moreira
USP Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto Departamento de Biologia
USP Instituto de Biociências Departamento de Botânica
USP Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) Café Instituto Agronômico de Campinas
Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) Café Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) Recursos Genéticos e Biotecnologia Núcleo de Biotecnologia-NTBio
UNICAMP Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética
Universidade de Mogi das Cruzes Núcleo Integrado de Biotecnologia
Instituto Biológico de São Paulo Centro de Sanidade Vegetal
USP Centro de Energia Nuclear na Agricultura
UNICAMP Instituto de Biologia Laboratório de Genômica e Expressão
UNESP Instituto de Biociências Departamento de Genética
UNESP Faculdade de Ciências Agronômicas Departamento de Defesa Fitossanitária
UNESP Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal Departamento de Tecnologia
UNESP Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal Departamento de Biologia Aplicada à Agropecuária
