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Genome-wide association study and annotating candidate gene networks affecting ...
Mota, R.R.; Guimarães, S.E.F.; Fortes, M.R.S.; Hayes, B.; Silva, F.F.; Verardo, L.L.; Kelly, M.J.; Campos, C.F. de; Guimarães, J.D.; Wenceslau, R.R.We performed a genome-wide mapping for the age at first calving (AFC) with the goal of annotating candidate genes that regulate fertility in Nellore cattle. Phenotypic data from 762 cows and 777k SNP genotypes from 2,992 bulls and cows were used. Single nucleotide polymorphism (SNP) effects based on the single-step GBLUP methodology were blocked into adjacent windows of 1 Megabase (Mb) to explain the genetic va...
Mapeamento de QTL nos cromossomos 1, 2, 3, 12, 14, 15 e X em suínos: caracterís...
Paixão, D.M.; Carneiro, P.L.S.; Paiva, S.R.; Sousa, K.R.S.; Verardo, L.L.; Braccini Neto, J.; Pinto, A.P.G.; Hidalgo, A.M.; Souza do Nascimento, C.A realização do presente estudo teve como objetivo mapear Quantitative Trait Loci (QTL) de carcaça e qualidade de carne em uma população F2 de suínos desenvolvida pelo cruzamento de dois reprodutores da raça brasileira Piau com 18 fêmeas comerciais (Landrace x Large White x Pietrain). O mapa de ligação para essa população foi construído após a genotipagem de 684 animais para 35 marcadores microssatélites. Os da...
Candidate gene expression and intramuscular fat content in pigs
Serão, N.V.L.; Veroneze, R.; Ribeiro, A.M.F.; Verardo, L.L.; Braccini Neto, J.; Gasparino, E.; Campos, C.F.; Lopes, P.S.; Guimarães, S.E.F.Seventy-two pigs of three genetic groups (Brazilian indigenous breed Piau, Commercial line and Crossbred) of both sexes were slaughtered at four live weights (30, 60, 90 and 120 kg). Intramuscular fat (IMF) content in Longissimus dorsi muscle of each animal was extracted and correlated with candidate gene mRNA expression (ATN1, EEF1A2, FABP3, LDLR, MGP, OBSCN, PDHB, TRDN and RYR1). Within slaughter weight of 12...
Detecção de locos de características quantitativas nos cromossomos 1, 2, 3, 12,...
Paixão, D.M.; Braccini Neto, J.; Paiva, S.R.; Carneiro, P.L.S.; Pinto, A.P.G.; Sousa, K.R.S.; Souza do Nascimento, C.; Verardo, L.L.; Hidalgo, A.M.Mapeou-se quantitative trait loci (QTL) associados a características de desempenho nos cromossomos 1, 2, 3, 12, 14, 15 e X de suínos pertencentes a uma população F2, formada a partir do cruzamento entre dois machos da raça naturalizada brasileira Piau e 18 fêmeas comerciais (Landrace x Large White x Pietrain). O mapa genético de ligação da população foi construído após a genotipagem dos animais para 35 marcador...
Identification and validation of differentially expressed genes from pig skelet...
Verardo, L.L.; Nascimento, C.S.; Silva, F.F.; Gasparino, E.; Martins, M.F.; Toriyama, E.; Faria, V.R.; Botelho, M.E.; Costa, K.A.; Lopes, P.S.Pig is an important animal for meat production; this is generally associated with characteristics determined prenatally during myogenesis. Expressed sequence tags (EST) can provide direct information on the transcriptome and indirect information on the relation between the genome and phenotype, giving information about differentially expressed genes (DEG). In this work, the identification and annotation of DEG ...
Factor analysis applied to genome prediction for high-dimensional phenotypes in...
Teixeira, F.R.F.; Nascimento, M.; Nascimento, A.C.C.; Silva, F.F. e; Cruz, C.D.; Azevedo, C.F.; Paixão, D.M.; Barroso, L.M.A.; Verardo, L.L.The aim of the present study was to propose and evaluate the use of factor analysis (FA) in obtaining latent variables (factors) that represent a set of pig traits simultaneously, for use in genomewide selection (GWS) studies. We used crosses between outbred F2 populations of Brazilian Piau X commercial pigs. Data were obtained on 345 F2 pigs, genotyped for 237 SNPs, with 41 traits. FA allowed us to obtain four...