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Computational intelligence to study the importance of characteristics in flood-...
Silva Junior, Antônio Carlos da; Sant’Anna, Isabela Castro; Silva, Gabi Nunes; Cruz, Cosme Damião; Nascimento, Moysés; Lopes, Leonardo BheringThe study of traits in crops enables breeders to guide strategies for selecting and accelerating the progress of genetic breeding. Although the simultaneous evaluation of characteristics in the plant breeding programme provides large quantities of information, identifying which phenotypic characteristic is the most important is a challenge facing breeders. Thus, this work aims to quantify the best approaches fo...
Trait selection using procrustes analysis for the study of genetic diversity in...
Pontes, Daiana Salles; Rosado, Renato Domiciano Silva; Cruz, Cosme Damião; Nascimento, Moysés; Oliveira, Ana Maria Cruz; Pensky, Scott MichaelTrait selection is occasionally necessary to save money and time, as well as accelerate breeding program processes. This study aimed to propose two criteria to select traits based on a Procrustes analysis that are poorly explored in genetic breeding: Criterion 1 (backward algorithm) and Criterion 2 (exhaustive algorithm). Then, these two criteria were further compared with Jolliffe’s criterion, which has often ...
GenomicLand: Software for genome-wide association studies and genomic prediction
Nascimento, Moysés; Fontes, Vitor Cunha; Silva, Fabyano Fonseca e; Resende, Marcos Deon Vilela de; Cruz, Cosme DamiãoGenomicLand is free software intended for prediction and genomic association studies based on the R software. This computational tool has an intuitive interface and supports large genomic databases, without requiring the user to use the command line. GenomicLand is available in English, can be downloaded from the Internet (https://licaeufv.wordpress.com/), and requires the Windows or Linux operating system. The...
Fuzzy control systems for decision-making in cultivars recommendation
Carneiro, Vinícius Quintão; Prado, Adalgisa Leles do; Cruz, Cosme Damião; Carneiro, Pedro Crescêncio Souza; Nascimento, MoysésO presente estudo tem como objetivo propor sistemas de controle fuzzy para auxiliar na recomendação de cultivares de diversas culturas agronômicas. Para avaliar a aplicabilidade desses controladores foram utilizados dados de produtividade de grãos de 23 linhagens e duas cultivares de feijão do grupo comercial vermelho, avaliados em nove ambientes da Zona da Mata do Estado de Minas Gerais, Brasil. A partir dos p...
Artificial neural networks compared with Bayesian generalized linear regression...
Silva, Gabi Nunes; Nascimento, Moysés; Sant’Anna, Isabela de Castro; Cruz, Cosme Damião; Caixeta, Eveline Teixeira; Carneiro, Pedro Crescêncio SouzaO objetivo deste trabalho foi avaliar o uso de redes neurais artificiais em comparação à modelagem por meio de modelos lineares generalizados na predição de resistência à ferrugem em café arábica (Coffea arabica). Foram utilizados 245 indivíduos provenientes de uma população F2, oriundos da autofecundação do híbrido F1 H511-1, resultante do cruzamento da cultivar suscetível Catuaí Amarelo IAC 64 (UFV 2148-57) e...
New insights into genomic selection through population-based non-parametric pre...
Lima, Leísa Pires; Azevedo, Camila Ferreira; Resende, Marcos Deon Vilela de; Silva, Fabyano Fonseca e; Suela, Matheus Massariol; Nascimento, MoysésGenome-wide selection (GWS) is based on a large number of markers widely distributed throughout the genome. Genome-wide selection provides for the estimation of the effect of each molecular marker on the phenotype, thereby allowing for the capture of all genes affecting the quantitative traits of interest. The main statistical tools applied to GWS are based on random regression or dimensionality reduction metho...
Quantile regression for genome-wide association study of flowering time-related...
Nascimento, Moysés; Nascimento, Ana Carolina Campana; Silva, Fabyano Fonseca e; Barili, Leiri Daiane; Vale, Naine Martins do; Carneiro, José EustáquioFlowering is an important agronomic trait. Quantile regression (QR) can be used to fit models for all portions of a probability distribution. In Genome-wide association studies (GWAS), QR can estimate SNP (Single Nucleotide Polymorphism) effects on each quantile of interest. The objectives of this study were to estimate genetic parameters and to use QR to identify genomic regions for phenological traits (Days t...
Artificial neural networks and linear discriminant analysis in early selection ...
Peternelli, Luiz Alexandre; Moreira, Édimo Fernando Alves; Nascimento, Moysés; Cruz, Cosme DamiãoOne of the major challenges in sugarcane breeding programs is an efficient selection of genotypes in the initial phase. The purpose of this study was to compare modelling by artificial neural networks (ANN) and linear discriminant analysis (LDA) as alternatives for the selection of promising sugarcane families based on the indirect traits number of sugarcane stalks (NS), stalk diameter (SD) and stalk height (SH...
Modelagem hierárquica Bayesiana na avaliação de curvas de crescimento de suínos...
Macedo, Leandro Roberto de; Silva, Fabyano Fonseca e; Cirillo, Marcelo Ângelo; Nascimento, Moysés; Paixão, Débora MartinsPara avaliar a influência do gene halotano sobre a curva de crescimento de suínos, bem como sua interação com o sexo do animal, foi proposta uma modelagem hierárquica Bayesiana. Nesta abordagem, os parâmetros dos modelos não- lineares de crescimento (Logístico, Gompertz e von Bertalanffy) foram estimados conjuntamente com os efeitos de sexo e genótipos do gene halotano. Foram utilizados 344 animais F2(Comercial...
Quantile regression of nonlinear models to describe different levels of dry mat...
Puiatti, Guilherme Alves; Cecon, Paulo Roberto; Nascimento, Moysés; Nascimento, Ana Carolina Campana; Carneiro, Antônio Policarpo SouzaAnálises de crescimento de plantas são importantes, pois geram informações sobre a demanda e os cuidados necessários para cada etapa de seu desenvolvimento. Modelos de regressão não linear são apropriados para descrever curvas de crescimento por apresenta- rem parâmetros com interpretação prática biológica. Entretanto, estes modelos apresentam informações em termos médios, e estão sujeitos a problemas no ajuste...