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Genome-wide association study and annotating candidate gene networks affecting ...
Mota, R.R.; Guimarães, S.E.F.; Fortes, M.R.S.; Hayes, B.; Silva, F.F.; Verardo, L.L.; Kelly, M.J.; Campos, C.F. de; Guimarães, J.D.; Wenceslau, R.R.We performed a genome-wide mapping for the age at first calving (AFC) with the goal of annotating candidate genes that regulate fertility in Nellore cattle. Phenotypic data from 762 cows and 777k SNP genotypes from 2,992 bulls and cows were used. Single nucleotide polymorphism (SNP) effects based on the single-step GBLUP methodology were blocked into adjacent windows of 1 Megabase (Mb) to explain the genetic va...
Seleção genômica ampla para curvas de crescimento
Silva, F.F.; Rocha, G.S.; Resende, M.D.V.; Guimarães, S.E.F.; Peternelli, L.A.; Duarte, D.A.S.; Azevedo, C.Foi proposta uma metodologia para avaliação genética de curvas de crescimento considerando-se informações de marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms). Em um primeiro passo foram ajustados modelos de crescimento não lineares (logístico) aos dados de peso-idade de cada animal, e em um segundo passo as estimativas dos parâmetros de tais modelos foram consideradas como fenótipos em um modelo de regressão (...
Viabilidade econômica do uso de fontes lipídicas na dieta de vacas em lactação
Murta, R.M.; Veloso, C.M.; Silva, F.F.; Pires, A.J.V.; Rocha Neto, A.L.; Costa, L.T.; Santana Júnior, H.A.D.Objetivou-se, com este estudo, avaliar a viabilidade econômica do uso de diferentes fontes lipídicas na dieta. O trabalho foi implantado em uma área de 42ha, dividida em oito piquetes, formada de Brachiaria brizantha. Utilizaram-se 12 vacas mestiças Holandês x Zebu, distribuídas em três quadrados latinos 4 x 4. Os quatro tratamentos foram constituídos de diferentes fontes lipídicas, como se segue: dieta sem fon...
Comportamento ingestivo de vacas em lactação alimentadas com cana-de-açúcar ou ...
Veloso, C.M.; Silva, F.F.; Souza, D.R.; Costa, L.T.; Murta, R.M.; Silva, R.R.; Silva, J.C.P.M.; Souza, D.D.; Meneses, M.A.; Rocha Neto, A.L.Avaliou-se o efeito de dietas com cana-de-açúcar ou diferentes porcentagens de inclusão de feno da parte aérea da mandioca (FPAM) sobre o comportamento ingestivo de vacas leiteiras. Utilizaram-se 16 vacas, sendo 12 em lactação e quatro secas, fistuladas, distribuídas em quatro quadrados latinos 4x4. As dietas foram formuladas na tentativa de serem isoenergéticas, com quatro porcentagens de FPAM na dieta 0, 33, ...
Comparing deregression methods for genomic prediction of test‐day traits in dai...
Oliveira, H.R. de; Silva, F.F.; Brito, L.F.; Guarini, A.R.; Jamrozik, J.; Schenkel, F.S.We aimed to investigate the performance of three deregression methods (VanRaden, VR; Wiggans, WG; and Garrick, GR) of cows’ and bulls’ breeding values to be used as pseudophenotypes in the genomic evaluation of test‐day dairy production traits. Three scenarios were considered within each deregression method: (i) including only animals with reliability of estimated breeding value (RELEBV ) higher than the averag...
Genetic progress resulting from forty-three years of breeding of the carioca co...
Carneiro, J.E.S.; Barili, L.D.; Vale, N.M.; Moura, L.M.; Paula, R.G.; Silva, F.F.We aimed to evaluate 40 common bean cultivars recommended by various Brazilian research institutions between 1970 and 2013 and estimate the genetic progress obtained for grain yield and other agronomic traits. Additionally, we proposed a bi-segmented nonlinear regression model to infer the year in which breeding began to show significant gains in Brazil. The experiment was carried out in Viçosa/MG and Coimbra/M...
A genome-wide association study reveals a novel candidate gene for sperm motili...
Diniz, D.B.; Lopes, M.S.; Broekhuijse, M.L.W.J.; Lopes, P.S.; Harlizius, B.; Guimarães, S.E.F.; Duijvesteijn, N.; Knol, E.F.; Silva, F.F.Sperm motility is one of the most widely used parameters in order to evaluate boar semen quality. However, this trait can only be measured after puberty. Thus, the use of genomic information appears as an appealing alternative to evaluate and improve selection for boar fertility traits earlier in life. With this study we aimed to identify SNPs with significant association with sperm motility in two different co...
Identification and validation of differentially expressed genes from pig skelet...
Verardo, L.L.; Nascimento, C.S.; Silva, F.F.; Gasparino, E.; Martins, M.F.; Toriyama, E.; Faria, V.R.; Botelho, M.E.; Costa, K.A.; Lopes, P.S.Pig is an important animal for meat production; this is generally associated with characteristics determined prenatally during myogenesis. Expressed sequence tags (EST) can provide direct information on the transcriptome and indirect information on the relation between the genome and phenotype, giving information about differentially expressed genes (DEG). In this work, the identification and annotation of DEG ...
Digestibilidade aparente da dieta com capim-elefante ensilado com diferentes ad...
Carvalho Junior, J.N.; Pires, A.J.V.; Veloso, C.M.; Silva, F.F.; Reis, R.A.; Carvalho, G.G.P.Foram estudados os efeitos da adição de 15% de diferentes aditivos - casca de café, farelo de cacau e farelo de mandioca - à forragem verde de capim-elefante (peso/peso), no momento da ensilagem, sobre a digestibilidade aparente de dietas. Foram usados 20 ovinos machos, não castrados, com média de 22,27±3,24kg de peso corporal, em um delineamento inteiramente ao acaso, com quatro tratamentos e cinco repetições....
Supervised independent component analysis as an alternative method for genomic ...
Azevedo, C.F.; Silva, F.F.; Resende, M.D.V. de; Lopes, M.S.; Duijvesteijn, N.; Guimarães, S.E.F.; Lopes, P.S.; Kelly, M.J.; Viana, J.M.S.; Knol, E.F.The objective of this work was to evaluate the efficiency of the supervised independent component regression (SICR) method for the estimation of genomic values and the SNP marker effects for boar taint and carcass traits in pigs. The methods were evaluated via the agreement between the predicted genetic values and the corrected phenotypes observed by cross-validation. These values were also compared with other ...