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A linhagem linfoide origina de um precursor comum que vai dar lugar aos linfócitos B e NK (na medula óssea) e aos linfócitos T (no timo). Os estádios de desenvolvimento dos linfócitos B são marcados por alterações irreversíveis (rearranjos somáticos) nos genes das imunoglobulinas, de maneira a que o BCR expresso à superfície de um linfócito B tenha apenas uma especificidade. Se na fase de desenvolvimento o BCR reconhecer antigénios do próprio os linfócitos B são eliminados, ou substituem o seu recetor (receptor editing) de modo a estabelecer a tolerância a antigénios do próprio. Os estádios de desenvolvimento dos linfócitos T que originam as diferentes subpopulações (Talfa/abeta, Tgama/delta, NKT, CD4+CD25+) derivam de precursores CD4-CD8- que passam por estádios de duplos positivos, após o qual têm de decidir se se desenvolvem para CD8+ ou CD4+. Os linfócitos Talfa/beta são selecionados positivamente após interação do TCR, e dos seus correcetores (CD4 ou CD8), com moléculas MHC:péptido do próprio expressas pelas células epiteliais do timo. Por seu lado, as células apresentadoras de antigénio têm um papel fundamental na eliminação de linfócitos T autorreativos, assegurando a tolerância imunológica. Os linfócitos T CD4+ ou T CD8+ convencionais desenvolvem-se no contexto de moléculas de MHC classe II ou classe I, respetivamente. Por seu lado, as populações de linfócitos T não convencionais (ex. NKT invariantes que utilizam a cadeia Valfa24beta11) são selecionados positivamente quando reconhecem um glicolípido específico associado à molécula de CD1d. Os mecanismos por detrás do desenvolvimento dos linfócitos NK são pouco conhecidos, tendo sido utilizado apenas marcadores de superfície e atividades efetoras.