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A presente pesquisa teve como objetivo estudar os efeitos de um programa de intervenção com exercício físico (EXF), na aptidão física (ApF) e coordenação motora (CM) de crianças com sobrepeso e obesidade. Métodos: A amostra foi constituída por 45 indivíduos dos quais 25 fizeram parte do grupo de intervenção (G I) e 20 do grupo de controlo (GC), com idades compreendidas entre os 6 e os 14 anos. Foram aplicadas as baterias de testes de ApF (Prudential Fitnessgram) e de CM (KTK). Para estimar o efeito do programa na ApF e eM foi utilizada a modelação hierárquica linear (software HLM5). Resultados: A análise revelou mudanças estatisticamente Significativas ao longo do programa de intervenção, entre os grupos, para a prova de push-up (PU) e corrida/marcha da milha (CMM). Para o GI verificou-se um aumento da estimativa do valor médio de PU de 0,22 repetições entre cada momento de avaliação e na CMM decresceram mais 0,90 minutos no tempo de conclusão da prova do que os sujeitos do GC, entre cada momento de avaliação. Para as restantes variáveis de ApF e CM não se verificaram diferenças entre os grupos. O efeito da assiduidade não se revelou estatisticamente significativo para qualquer uma das variáveis.