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Objective: This study aimed to analyze the temporal dynamics of SARS-CoV-2 variants in the municipality of Caruaru (Pernambuco, Brazil) from June 2020 to July 2022, correlating genomic data with vaccination coverage, mortality, and severe acute respiratory syndrome (SARS) cases. Methods: A total of 722 SARS-CoV-2 positive samples were sequenced. Data on vaccination coverage, deaths, and SARS cases were collected from the National Immunization Program (PNI) and the Caruaru Municipal Health Department. Results: Lineage B was the most prevalent at the beginning of the pandemic, followed by the variants of concern (VOCs) Gamma, Delta, and Omicron (lineage B.1.1.529). A significant correlation was observed between increased vaccination coverage and a reduction in infection and death rates, particularly after the introduction of the second dose and booster doses. Although the Omicron variant led to a rise in SARS cases and deaths, its impact was less severe than that of previous VOCs. Conclusion: Continuous genomic surveillance of SARS-CoV-2 is essential for effective pandemic monitoring and for guiding public health decisions. Vaccination remains a key strategy for controlling COVID-19, even in the context of emerging new variants.

Objectif: Cette étude vise à analyser la dynamique temporelle des variants du SARS-CoV-2 dans la municipalité de Caruaru (Pernambuco, Brésil) entre juin 2020 et juillet 2022, en corrélant les données génomiques avec les taux de couverture vaccinale, la mortalité et les cas de syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS). Méthodes: Un total de 722 échantillons positifs pour le SARS-CoV-2 ont été séquencés. Les données relatives à la couverture vaccinale, aux décès et aux cas de SRAS ont été obtenues auprès du Programme National d’Immunisation (PNI) et de la Secrétaire Municipale de la Santé de Caruaru. Résultats: Le lignage B a été prédominant au début de la pandémie, suivi par les variants préoccupants (VOCs) Gamma, Delta et Omicron (lignage B.1.1.529). Une corrélation significative a été observée entre l’augmentation de la couverture vaccinale et la réduction des cas d’infection et de mortalité, en particulier après l’administration de la deuxième dose et des doses de rappel. Bien que le variant Omicron ait entraîné une nouvelle vague de cas de SRAS et de décès, son impact a été moins sévère comparativement aux VOCs précédents. Conclusion: La surveillance génomique continue du SARS-CoV-2 s’avère indispensable pour orienter les mesures de santé publique. La vaccination reste une stratégie centrale pour le contrôle de la pandémie de COVID-19, même face à l’émergence de nouveaux variants.

Objetivo: Analisar a dinâmica temporal das variantes de SARS-CoV-2 em Caruaru, Pernambuco, entre junho de 2020 e julho de 2022, e correlacionar com dados de cobertura vacinal, óbitos e casos de síndrome respiratório agudo grave (SRAG). Métodos: Foram identificadas 722 amostras positivas para SARS-CoV-2. Dados de cobertura vacinal, mortalidade e SRAG foram coletados do Programa Nacional de Imunizações (PNI) e da Secretaria de Saúde de Caruaru. Resultados: A Linhagem B foi a mais prevalente no início da pandemia, seguida pelas VOCs Gama, Delta e Omicron (também conhecida como linhagem B.1.1.529). A cobertura vacinal foi associada à diminuição do número de infeções e óbitos, especialmente após a introdução da segunda dose e das doses de reforço. A variante Omicron causou um aumento nos casos de SRAG e óbitos, mas de forma menos intensa do que as variantes anteriores. Conclusão: A vigilância genómica do SARS-CoV-2 é crucial para o monitoramento da pandemia e para a tomada de decisões em saúde pública. A vacinação é uma ferramenta essencial para o controle da COVID-19, mesmo com o surgimento de novas variantes.