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O objetivo com esse estudo foi avaliar as atividades proteolítica e pectinolítica de isolados fúngicos oriundos do caule de seis árvores frutíferas: pequizeiro, mangabeira, lobeira, muricizeiro, pimenta de macaco e marmelada. Submeteu-se 18 cepas fúngicas, em triplicata, a ensaio enzimático conforme as metodologias adaptadas de Strauss et al. (2001) e Brizzio et al. (2007), em distintos períodos (24, 48 e 72 horas). Para tratamento dos dados, utilizou-se o delineamento inteiramente ao acaso e aplicaram-se testes não paramétricos, Friedman (α= 5%) (efeito dos períodos de incubação) e Kruskal-Wallis (α= 5%) (fonte do substrato). Os isolados fúngicos apresentaram maior índice de atividade pectinolítica às 24 e 48 horas de incubação (P<0,05). As cepas epifíticas em meio caseína tiveram índice de atividade enzimática superior (P<0,01). No tocante à planta nativa, os isolados da marmelada tiveram maior índice enzimático no respectivo meio, enquanto os das cepas oriundas da lobeira, mangabeira e pequizeiro apresentaram baixos índices (P<0,01). Todos os isolados fúngicos apresentaram atividade enzimática relevante, em destaque, as cepas do gênero Malbranchea spp. obtiveram maior índice de atividade proteolítica (P<0,01) e pectinolítica, em conjunto com Aspergillus spp. e Aureobasidium spp. (P<0,05). Dessa forma, conclui-se que os isolados fúngicos do Cerrado possuem potencial enzimático. Como o gênero Malbranchea spp. apresentou maiores índices de atividade proteolítica, é o mais indicado para realização de futuros testes enzimáticos objetivando a aplicação das enzimas. Quanto aos outros isolados, sugere-se que novas pesquisas sejam realizadas com intuito de analisar condições ótimas para produção de proteases e pectinases.