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O crescimento da agricultura e pecuária, que pode resultar em abertura de novas áreas de plantio, tem motivado pesquisas que buscam sistemas de produção mais sustentáveis, cujo manejo causa menor impacto e degradação do solo. O manejo do solo e a cobertura vegetal alteram suas propriedades, principalmente, as microbiológicas, provocando mudanças na densidade de microrganismos funcionais. O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito dos sistemas de manejo e dos diferentes sistemas de plantio, sobre a densidade de grupos funcionais de microrganismos em solos de Cerrado. As coletas de solo foram feitas em duas profundidades (0-5 cm e 5-20 cm) e dois períodos (seco e chuvoso), nos seguintes tratamentos: plantio direto (PD), plantio direto com rotação (PDR), plantio convencional (PC), plantio convencional com rotação (PCR) e Cerrado nativo (Mata mesofítica). A vegetação nativa apresentou as maiores densidades microbianas, nos períodos seco e chuvoso, em ambas as profundidades analisadas. Em geral, os tratamentos PDR e PD apresentaram maiores densidades microbianas nas camadas mais superficiais. Os dados de correlação linear (r) entre os grupos totais e funcionais de microrganismos e os atributos químicos do solo variaram entre os sistemas de preparo do solo. A correlação entre grupos funcionais de microrganismos e os atributos químicos do solo foram variáveis nos diferentes sistemas de manejo. Concluiu-se que o solo de cerrado apresentou maior densidade microbiana, não houve diferença na densidade microbiana entre os sistemas de preparo no período seco.