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A Trombose arterial (TA) é considerada uma doença multifatorial resultante da interação entre fatores genéticos e adquiridos. Entre os fatores adquiridos, tabagismo, dislipidemias, obesidade e diabetes mellitus são relatoados como fatores frequentemente relacionados à TA. Os fatores genéticos não se encontram completametne esclarecidos, mas as mutações nos genes do fator V(FV Leiden - G1691A), da protrombina (G20210A) e da metilenotetrahidrofolato redutase ( MTHFR - C677T) têm sido relatoados como fatores de risco para TA. O objetivo principal deste estdo foi investigar, a presença destes fatores genéticos, além de polimorfismos nos genes do sistema sanguíneo ABO,do inibidor do ativador plaminogênio trecidual (PAI - 1) e a associação com os seus respectivos níveis plamáticos e apolipoproteina E (ApoE) e a interação destes com os níveis de colesterol total e frações e das apolipoproteinas A-I (Apo A-I) e B (ApoB) e proteína C reativa. Foram avaliados 97 pacientes jovens que apresentaram quadro de acidente vascular cerebral (AVC - 48) e doença arterial periférica (DAP - 49), atendidos no serviço de Hematologia do Hospital das Clínicas da Universidade Federal de Minas Gerais. Análise similar foi realizada em 201 indivíduaos sem história pregressa de trombose (grupo controle). As mutações/polimorfismos foram investigados por PCR-RFLP ou PCR alelo-específica. Odds ratio (OR), chi-quadrado e teste exato de Fisher foram utilizados para análise estatística dos polimorfismos e ANOVA para as variáveis quantitativas. Análise por regressão logística múltipla foi empregada para ajuste de possíveis fatores de confusão. Foi observada a ocorrência do evento trombótico em indivíduos jovens(média de 35,51 +- 14,86 anos). Entre os fatores de risco adquiridos, o tabagismo e hipertensão foram os mais frequêntes. Entre as mutações e polimorfismos investigados, significância estatística foi observada para FVL (OR 5,41; IC 95%:0,91 a 41,0, p =0,04), alelos O1 (OR 0,59; IC 95%: 0,40 a 0,88, p= 0,008) e B (OR 2,66; IC 95%: 1,44 a 4,89, p=0,0001). Foram observadas ainda diferenças significativas para o perfil lipídico e apolipoprotéico e proteína C reativa, quando comparados pacientes e controles, e a´pos ajuste por regressão logística múltipla, ApoB, ApoA-I, indiceAPOB?ApoA-I, proteína C reativa foram apontados como fatores independentes para a ocorrência do evento, e o alelo O1 foi associado à menor predisposição para ocorrência de AVC e PAD. Os dados deste estudo reforçam o fato de a trombose arterial é uma doença multifucional, onde atuam fatores concomitantes, sejam genéticos ou adquiridos, envolvendo alterações do sistema hemostástico, lípides e processo inflamatório.