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Microrganismos endofíticos são encontrados em praticamente todas as plantas na natureza. Estes microrganismos residem no interior dos tecidos vegetais onde podem manter relações simbióticas, produzindo ou contribuindo para a produção de substâncias bioativas que poderão favorecer o desenvolvimento da planta. Essas substâncias, uma vez isoladas e caracterizadas, têm grande potencial para serem utilizadas pela medicina. Na maioria das vezes estas substâncias são produzidas por microrganismos endofíticos isolados de plantas utilizadas na medicina popular. Conyza bonariensis (L.) Cronquist, pertence à família Asteraceae, é popularmente conhecida como rabo-de-raposa. É utilizada pela medicina popular contra micoses superficiais. Foram isolados da planta Conyza bonariensis 53 fungos, 126 bactérias e quatro actinobactérias endofíticas. Houve maior ocorrência de bactérias nas raízes (16,33%) enquanto nas folhas houve maior predominância de fungos (10%). As actinobactérias apresentaram freqüência muito baixa (1,3%). A atividade antimicrobiana foi avaliada pelo método do Bloco de Gelose contra Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis, Escherichia coli, Mycobacterium tuberculosis, Candida albicans, Malassezia furfur e M. simpodialis. As linhagens que apresentaram melhor atividade foram selecionadas para teste de difusão em disco dos seus fermentados. Eb26F, Eb3F, Eb30F, EbR84 apresentaram melhor atividade em meio Czapek (120h); EbR83 e EbR33, em meio MPE (120h), para a linhagem EbR32 o melhor meio foi BD (120h) e para a actinobactéria EbR49A o meio ISP-3 (72h). Os halos de inibição variaram entre 10mm e 30mm