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Os genes de resistência (R) respondem pela primeira interação entre planta e patógeno, sendo responsáveis pela ativação ou não de mecanismos de resistência em plantas. Este trabalho analisou genes R em sequências expressas de eucalipto, cana-de-açúcar e feijão-caupi, geradas através de bibliotecas produzidas a partir de diferentes tecidos em várias fases de desenvolvimento. Depois da análise in silico foi possível a identificação de todas as classes de genes de resistência em eucalipto, com destaque para a classe NBS-LRR (Nucleotide Binding Site; Sítio de Ligação de Nucleotídeo - Leucine Rich Repeats; Repetições Ricas em Leucina) (50% das 208 sequências candidatas que apresentaram domínios completos) e em cana-de-açúcar, com destaque para a classe KINASE (46% das 196 sequências candidatas que apresentaram domínios completos). No feijão-caupi o número de seqüências disponíveis foi escasso, observando-se maior abundância da classe NBS-LRR (80% das 38 sequências candidatas), entretanto estiveram ausentes as classes KINASE e LRR-KINASE. Observaram-se genes R em cana e eucalipto em todos os tecidos analisados, em diferentes níveis de expressão sob condições não induzidas. Quando analisados através de alinhamentos múltiplos os genes R apresentaram maior semelhança entre espécies pertencentes à mesma família, geralmente agrupando mono e dicotiledôneas em clados distintos, sugerindo que tenham surgido antes da separação entre essas classes. Os resultados do presente estudo têm potencial para colaborar com o desenvolvimento de marcadores moleculares para o melhoramento, para o entendimento da abundância e diversidade e evolução destes genes, com ênfase das espécies estudadas, bem como para identificação dos genes R em outras culturas de interesse econômico