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CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior

O coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (SARS-CoV-2) foi identificado pela primeira vez em Wuhan-China, como o agente causador da doença do coronavírus 2019 (COVID-19). Desde o surgimento do primeiro caso em São Paulo, em 26 de fevereiro de 2020, mais de 3.000.000 de casos e 106.000 mortes foram notificados no Brasil. Na fase inicial da epidemia, o SARS-CoV-2 se espalhou localmente, no entanto, com o tempo, esse vírus se disseminou para outras regiões do país. Neste estudo, o sequenciamento do genoma do SARS-CoV-2 e análises filogenéticas foram realizados a partir de sequencias obtidas do processamento de 20 amostras clínicas com diagnóstico para COVID-19, provenientes de 9 cidades de MG, a fim de avaliar a caracterização genética das variantes virais circulantes no estado, de março a maio de 2020. As análises demonstraram a circulação da linhagem B.1 nos locais investigados e substituições nucleotídicas foram observadas nas regiões genômicas relacionadas a importantes estruturas virais. Além disso, as sequências geradas neste estudo agrupam filogeneticamente com isolados do estado de São Paulo, sugerindo uma rota de transmissão entre esses 2 estados. Alternativamente, grupos monofiléticos de sequências de MG e de outros estados ou país foram observados, indicando eventos de introdução independente do vírus. Esses resultados reforçam a necessidade de vigilância genômica para o entendimento da atual propagação de patógenos virais emergentes

The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) was first identified in Wuhan-China, as the causative agent of the coronavirus disease 2019 (COVID-19). Since notified in São Paulo on 26th February 2020, more than 3,000,000 cases and 106,000 deaths were reported in Brazil. In the early epidemic phase, SARSCoV-2 spread locally, however, over time, this virus was disseminated to other regions of the country. Here we performed genome sequencing and phylogenetic analysis of SARSCoV-2 of 20 clinical samples of COVID-19 confirmed cases from 9 cities of MG, in order to evaluate the genetic characterization of circulating viral strains in the state from March to May 2020. Our analyses demonstrated the circulation of B.1 lineage isolates in the investigated locations and nucleotide substitutions were observed into the genomic regions related to important viral structures. Additionally, sequences generated in this study clustered with isolates from Sao Paulo state, suggesting a dissemination route between these 2 states. Alternatively, monophyletic groups of sequences from MG and other states or country were observed, indicating independent events of virus introduction. These results reinforce the need of genomic surveillance for understand the ongoing spread of the emerging viral pathogens.

Dissertação (Mestrado)