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Parasitos do gênero Cryptosporidium pertencem ao filo Apicomplexa, com localização intracelular e extracitoplasmática obrigatória e se desenvolvem principalmente na superfície das células epiteliais de hospedeiros vertebrados. O cão, possível fonte de infecção humana, elimina oocistos fecais deste protozoário com grande potencial zoonótico no ambiente. O presente estudo teve como objetivo caracterizar molecularmente Cryptosporidium spp. obtidos de amostras fecais de filhotes caninos (naturalmente infectados). Um total de 200 cães foram examinados, sendo 100 machos e 100 fêmeas, 111 de padrão racial determinado e 89 sem raça definida (SRD). Destes, 81 animais, 43, 48 e 28 tinham até dois, de dois a três; de três a seis e de seis a doze meses, respectivamente. Conforme sua origem, os animais eram provenientes dos Municípios de Araçatuba e Votuporanga, SP, sendo que 126 eram de domicílios; 11 mantidos em Centros de Zoonoses; 50 de Pet Shops; 12 de um criatório e uma (0,5%) era errante e havia sido adotada. A ocorrência de Cryptosporidium spp. foi de 1% (2/200). Ambas eram fêmeas, SRD, com idade entre 60 e 90 dias. A de origem residencial apresentava fezes pastosas com coloração castanho claro e a outra, resgatada do CCZ, material fecal escurecido de consistência liquefeita. O sequenciamento dos fragmentos amplificados confirmou a presença de Cryptosporidium canis. A partir dos resultados obtidos neste trabalho, é possível concluir que 2% dos caninos analisados eram hospedeiros de C. canis