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Os estudos têm demonstrado o afastamento do Estado no apoio financeiro às Universidades Públicas Portuguesas (UPP), evidenciado pelas parcas verbas anuais destinadas às IES, anualmente. Essa circunstância levou as universidades a procurarem novas formas de financiamento nacionais e internacionais. Tendo a FCT, enquanto agência pública, a primazia no financiamento das universidades para o desenvolvimento de projetos de investigação, analisamos as relações que se estabelecem entre estas duas instituições e as suas implicações, nomeadamente quanto ao desenvolvimento do pensamento crítico e autonomia científica. Para uma melhor compreensão da relação existente entre a universidade e a FCT elaboramos três questões norteadoras da investigação, objetivos gerais e específicos. A saber: i) Como se relaciona a agenda supranacional (europeia) para a Investigação com a agenda da FCT, particularmente no Concurso Projetos de I&D em Todos os Domínios Científicos da FCT? ii) Em que medida a Universidade Pública Portuguesa, na dimensão da investigação, está dependente dos financiamentos da Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT)? iii) O tipo de financiamento da FCT à investigação na Universidade Pública condiciona as opções na investigação científica? O estudo situa-se no paradigma interpretativo, já que se pretende compreender e interpretar os dados empíricos resultantes do processo investigativo nas Universidades Públicas Portuguesas, à luz do arquétipo teórico e enquadramento político-legal. Trata-se de uma investigação desenvolvida em dois planos: extensivo e intensivo. O extensivo circunscreve-se à análise documental, nos últimos cinco anos das UPP, e de um estudo intensivo às UPP através de dois inquéritos, um dirigido a todos os coordenadores dos centros de investigação das UPP e outro a todos os investigadores dos centros de investigação. Os dados foram tratados através da análise de conteúdo (categorial/temática) e pela análise de estatística descritiva. Deles resultaram as seguintes conclusões: a FCT opera como regulador-chave do sistema científico português, fortemente alinhado com a agenda supranacional europeia; as UPP têm uma dependência financeira da FCT no que diz respeito à investigação, que as coloca numa posição de subordinação estratégica; o modelo de financiamento das UPP, condiciona a autonomia científica, ao priorizar a responsividade a calls externas, à produtividade de curto prazo e ao impacto aplicado; o sistema desincentiva a curiosidade científica livre, o pensamento crítico de longo prazo e a investigação de risco. A autonomia subsiste como um valor e uma prática de resistência marginal, não como um princípio organizador do sistema.

Studies have shown a decline in state financial support for Portuguese public universities (UPP), as evidenced by the meagre annual funding allocated to higher education institutions each year. This situation has led universities to seek new forms of national and international funding. Given that the FCT, as a public agency, plays a leading role in funding universities for the development of research projects, we analyse the relationships established between these two institutions and their implications, particularly regarding the development of critical thinking and scientific autonomy. To better understand the relationship between the university and the FCT, we have formulated three guiding research questions, along with general and specific objectives. Namely: i) How does the supranational (European) research agenda relate to the FCT’s agenda, particularly in the FCT’s Call for R&D Projects in All Scientific Fields? ii) To what extent is the Portuguese public university, in terms of research, dependent on funding from the Foundation for Science and Technology (FCT)? iii) Does the type of FCT funding for research at public universities influence choices in scientific research? The study is situated within the interpretative paradigm, as it aims to understand and interpret the empirical data resulting from the research process in Portuguese public universities, in light of the theoretical framework and political-legal context. This research was conducted on two levels: extensive and intensive. The extensive phase involved a documentary analysis covering the last five years of the UPPs, whilst the intensive phase comprised an in-depth study of the UPPs through two surveys: one aimed at all coordinators of the UPP research centres and the other at all researchers within those centres. The data were analysed using content analysis (categorical/thematic) and descriptive statistical analysis. This led to the following conclusions: the FCT operates as a key regulator of the Portuguese scientific system, closely aligned with the supranational European agenda; the UPPs are financially dependent on the FCT, which places them in a position of strategic subordination; the UPP funding model constrains scientific autonomy by prioritising responsiveness to external calls, short-term productivity and applied impact; the system discourages free scientific curiosity, long-term critical thinking and high-risk research. Autonomy persists as a value and a practice of marginal resistance, not as an organising principle of the system.