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FUNDAMENTO: Há dois tipos principais de pênfigo: pênfigo vulgar e pênfigo foliáceo. Nos últimos anos, mudanças clínicas e epidemiológicas relacionadas aos pênfigos têm sido observadas. OBJETIVOS: Teve-se por objetivo analisar uma série histórica de 21 anos de casos de pênfigo vulgar e pênfigo foliáceo no nordeste do estado de São Paulo, área endêmica para o pênfigo foliáceo. MÉTODOS: Neste estudo descritivo, foram analisados os dados relacionados à incidência anual e à idade de início do quadro clínico compatível com pênfigo vulgar ou pênfigo foliáceo, no período de 1988 a 2008, comparando-se ambas as formas de pênfigo. RESULTADOS: O conjunto dos resultados abrange um período de 21 anos, com 103 casos de pênfigo vulgar e 163 casos de pênfigo foliáceo. A comparação das linhas de tendência em relação à incidência mostrou ser esta decrescente para o pênfigo foliáceo em comparação àquela de crescimento para o pênfigo vulgar. Houve variação ampla nas faixas de idade, com persistência da faixa mínima de 10 a 20 anos para o pênfigo foliáceo (média de idade de 32,1 anos), e clara tendência de diminuição da idade mínima para o pênfigo vulgar (média de idade de 41,5 anos), principalmente a partir da metade da primeira década do período total analisado. CONCLUSÕES: A incidência do pênfigo vulgar ultrapassa aquela do pênfigo foliáceo a partir de 1998, permanecendo assim até os dias de hoje. Esta série histórica de 21 anos vem consubstanciar a modificação da epidemiologia dos pênfigos no Brasil, suscitando novas hipóteses para a sua etiopatogênese.