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Em mais de seis décadas de estudo, iniciado com Pavan(1946), os polimorfismos cromossômicos em Drosophila nebulosa vêm sendo analisados. No presente estudo utilizou-se citogenética clássica para análise dos cromossomos politênicos dessa espécie em duas fases. A Fase I tinha como objetivo estabelecer uma população padrão para o fotomapa dos cromossomos politênicos da espécie, bem como para as análises de polimorfismo cromossômico. Nesta fase foram analisados 10 indivíduos das populações brasileiras Porto Alegre (JBO), Santa Maria (SM/RS), Florianópolis (MLC) e duas populações de Recife (UFPE I e UFPE II). A única que se mostrou homozigota para inversões foi a população de MLC, sendo esta estabelecida como a linhagem padrão. Além disso, foi descrita pela primeira vez uma inversão no cromossomo II, em seu braço esquerdo, a qual denominamos IIL-A. Esta inversão envolve a região 41A até 42B e foi encontrada na população UFPE I. Na Fase II foi analisado o polimorfismo cromossômico a partir do cruzamento de três machos de cada população com três fêmeas virgens de MLC, seguida da análise das inversões heterozigotas de três fêmeas da F1 de cada cruzamento. As populações foram as mesmas da primeira fase acrescida da população de Tingo Maria, Peru (04). O esperado era encontrar tanto as inversões em homozigose quanto as inversões em heterozigose presentes nos machos das populações cruzadas. Entretanto, por este método não observamos as inversões em heterozigose já estabelecidas na Fase I. Nas duas fases, o cromossomo autossômico III apresentou-se como o mais polimórfico da espécie, com cinco inversões paracêntricas.