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Objetivo: Avaliar os efeitos do banho somente com água e do banho com sabonete neutro e água sobre a flora microbiana cutânea, comparando a quantidade de colônias e o tipo de microorganismos presentes na pele dos recém-nascidos pré-termo antes e após o banho. Método: Ensaio clínico randomizado cego, com 73 pré-termos de idade gestacional entre 28 e 35 semanas e peso de nascimento entre 800 g e 1.800 g, alocados por randomização para um grupo que recebeu sete banhos somente com água ou para outro grupo que recebeu sete banhos com sabonete neutro e água. Foram coletados swabs da região axilar antes e após o banho para comparação da flora cutânea de ambos os grupos. Resultados: O Staphylococcus coagulase negativo foi o microorganismo com maior prevalência nos dois grupos. Na comparação, entre os grupos, da contagem de colônias de microorganismos, não houve diferença significativa. A comparação do número de UFC realizada pela ANOVA de medidas repetidas, mostrou uma diferença significativa ao longo do tempo dos germes gram-positivos (P < 0,001) e dos germes gram-negativos (P = 0,032) nos dois grupos, indicando que a colonização da pele diminuiu em ambos os grupos de maneira semelhante, sem haver diferença significativa entre os dois grupos de pré-termos. Conclusões: O banho do pré-termo com sabonete neutro e água e o banho somente com água produzem efeitos semelhantes sobre a colonização da pele do recém-nascido prétermo hospitalizado em UTIN, sendo ambos eficazes na redução do número de colônias de bactérias gram-positivas e gram-negativas.