Description
Made available in DSpace on 2022-04-29T08:35:28Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2021-10-01
Financiadora de Estudos e Projetos
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)
Center for Information Technology
Center for Scientific Review
National Institutes of Health
Office of Extramural Research, National Institutes of Health
Office of Research Infrastructure Programs, National Institutes of Health
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro (FAPERJ)
The emergence of several SARS-CoV-2 lineages presenting adaptive mutations is a matter of concern worldwide due to their potential ability to increase transmission and/or evade the immune response. While performing epidemiological and genomic surveillance of SARS-CoV-2 in samples from Porto Ferreira—São Paulo—Brazil, we identified sequences classified by pangolin as B.1.1.28 harboring Spike L452R mutation, in the RBD region. Phylogenetic analysis revealed that these sequences grouped into a monophyletic branch, with others from Brazil, mainly from the state of São Paulo. The sequences had a set of 15 clade defining amino acid mutations, of which six were in the Spike protein. A new lineage was proposed to Pango and it was accepted and designated P.4. In samples from the city of Porto Ferreira, P.4 lineage has been increasing in frequency since it was first detected in March 2021, corresponding to 34.7% of the samples sequenced in June, the second in prevalence after P.1. Also, it is circulating in 30 cities from the state of São Paulo, and it was also detected in one sample from the state of Sergipe and two from the state of Rio de Janeiro. Further studies are needed to understand whether P.4 should be considered a new threat.
Laboratório de Estudos Genômicos Departamento de Biologia Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas (IBILCE) Universidade Estadual Paulista (Unesp) São José do Rio Preto
Instituto de Biotecnologia Universidade Estadual Paulista (Unesp)
Laboratório de Bioinformática Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC)
Laboratório de Síntese e Estudos de Biomoléculas (LaSEBio) Departamento de Bioquímica e Química Orgânica Instituto de Química Universidade Estadual Paulista (Unesp)
Laboratório de Química Medicinal Síntese Orgânica e Modelagem Molecular (LaQMedSOMM) Departamento de Bioquímica e Química Orgânica Instituto de Química Universidade Estadual Paulista (Unesp)
Laboratório de Pesquisas em Virologia (LPV) Departamento de Doenças Dermatológicas Infecciosas e Parasitárias Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (FAMERP)
Laboratório de Medicina Veterinária Preventiva Aplicada Departamento de Medicina Veterinária Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos (FZEA) Universidade de São Paulo (USP)
Departamento de Análises Clínicas Faculdade de Ciências Farmacêuticas (FCFAR) Universidade Estadual Paulista (Unesp)
Laboratório de Microbiologia Molecular Instituto de Ciências da Saúde Universidade Feevale Novo Hamburgo
Laboratório de Estudos Genômicos Departamento de Biologia Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas (IBILCE) Universidade Estadual Paulista (Unesp) São José do Rio Preto
Instituto de Biotecnologia Universidade Estadual Paulista (Unesp)
Laboratório de Síntese e Estudos de Biomoléculas (LaSEBio) Departamento de Bioquímica e Química Orgânica Instituto de Química Universidade Estadual Paulista (Unesp)
Laboratório de Química Medicinal Síntese Orgânica e Modelagem Molecular (LaQMedSOMM) Departamento de Bioquímica e Química Orgânica Instituto de Química Universidade Estadual Paulista (Unesp)
Departamento de Análises Clínicas Faculdade de Ciências Farmacêuticas (FCFAR) Universidade Estadual Paulista (Unesp)
Financiadora de Estudos e Projetos: 01.20.0029.000462/20
FAPESP: 20/04836-0
CNPq: 303170/2017-4
CNPq: 404096/2020-4
Center for Information Technology: CREATE-NEO 1 U01 AI151807-01
Center for Scientific Review: CREATE-NEO 1 U01 AI151807-01
National Institutes of Health: CREATE-NEO 1 U01 AI151807-01
Office of Extramural Research, National Institutes of Health: CREATE-NEO 1 U01 AI151807-01
Office of Research Infrastructure Programs, National Institutes of Health: CREATE-NEO 1 U01 AI151807-01
FAPERJ: E-26/202.903/20
