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Neste artigo, que vem na sequência de outros em que descrevemos o projecto na sua globalidade e enquadramos o método APP no ensino médico em geral, visa-se, com base na experiência da disciplina de fisiopatologia, aprofundar aspectos específicos relativos à reorganização pedagógica que a aplicação do método pressupõe e à produção e aplicação de "software" em português. Descreve-se também como o projecto que contribuiu para a criação do Departamento de Educação Médica da Faculdade de Ciências Médicas de Lisboa. _______________________________________________________ Summary: This article is part of a series of publications describing a project aiming to implement problem-based learning (PBL) in pathophysiology. After reviewing the theoretical framework of PBL,in part one of this article, we now present our results on the pedagogical changes produced by this innovation with emphasis on the development of software in Portuguese. The influence of this innovation on the creation of the Department of Medical Education of the Faculty of Medical Sciences of Lisbon is also described.