Publicação

Characterization of genetic variants in 70 portuguese individuals

Detalhes bibliográficos
Resumo:	A análise genómica das populações tem contribuído significativamente para o aumento do número de SNVs descritos em bases de dados. Estudos populacionais prévios têm contribuído com 18 a 57% novas variantes. A nova informação genética é particularmente relevante enquanto referência para propósitos clínicos. Iniciativas à escala global como o 1000 Genomes Project (1kG) incluem populações Ibéricas, contudo, nenhum indivíduo Português foi incluído no mesmo grupo. Tanto quanto se sabe, nenhum indivíduo Português foi incluído no projeto gnomAD, o maior conjunto de dados genómicos atual. Acreditamos que uma coleção de informação genómica referente à população Portuguesa poderia trazer grandes benefícios ao diagnóstico molecular em pacientes Portugueses. As alterações genéticas detetadas em 70 indivíduos Portugueses foram inseridas em uma base de dados não-relacional. A informação publicada pelos projetos 1kG e gnomAD para cada alteração incluída nas mesmas foi adicionada à referida base de dados. Frequências alélicas reportadas para sete populações incluídas na base de dados do gnomAD, cinco populações do 1kG e 5 subpopulações Europeias do mesmo projeto foram comparadas contra os valores calculados para os nossos dados. As diferenças das distribuições alélicas foram testadas com o Fisher’s Exact test. Os p-values obtidos foram corrigidos de acordo com a sua False Discovery Rate (FDR). Os exomas de indivíduos Portugueses analisados continham 224,155 alterações genéticas filtradas de acordo com critérios de qualidade definidos no presente estudo. Aproximadamente 16,4% das variantes não se encontravam descritas nas bases de dados dos projetos 1kG e gnomAD. Os resultados obtidos endossam evidências, previamente descritas na literatura, de uma correlação entre as diferenças genéticas das populações comparadas em relação à população Portuguesa e a distância geográfica das mesmas a Portugal. Diferenças significativas entre distribuições alélicas da população estudada e outras subpopulações Europeias foram encontradas para 7,284 alterações genéticas distribuídas por 2,571 genes. Os resultados obtidos sugerem a existência de marcadores genéticos populacionais e podem motivar futuros estudos com vista a detetar marcadores genéticos específicos da população Portuguesa. O estudo apresentado representa uma contribuição significativa para, não só enriquecer iniciativas genómicas de grande escala, mas também para estabelecer uma referência auxiliar para análises genéticas a doentes Portugueses.
Autores principais:	Martins, Daniel Eduardo Fernandes
Assunto:	Genómica Alterações genéticas Exomas Distribuição alélica População Genomics Variants Exomes Allele distribution Population
Ano:	2018
País:	Portugal
Tipo de documento:	dissertação de mestrado
Tipo de acesso:	acesso aberto
Instituição associada:	Universidade do Minho
Idioma:	inglês
Origem:	RepositóriUM - Universidade do Minho