Publicação
The role of ribonuclease R in bacterial adaptation to cold shock
| Resumo: | RESUMO:Os microrganismos reagem à súbita descida de temperatura através de uma resposta adaptativa específica que assegura a sua sobrevivência em condições desfavoráveis. Esta adaptação inclui alterações na composição da membrana, na maquinaria de tradução e transcrição. A resposta ao choque térmico pelo frio induz uma repressão da transcrição. No entanto, a descida de temperatura induz a produção de um grupo de proteínas específicas que ajudam a ajustar/re-ajustar o metabolismo celular às novas condições ambientais. Em E. coli o processo de adaptação demora apenas quatro horas, no qual um grupo de proteínas específicas são induzidas. Depois desde período recomeça lentamente a produção de proteínas.A ribonuclease R, uma das proteínas induzidas durante o choque térmico pelo frio, é uma das principais ribonucleases em E. coli envolvidas na degradação do RNA. É uma exoribonuclease que degrada RNA de cadeia dupla, possui funções importantes na maturação e “turnover” do RNA, libertação de ribossomas e controlo de qualidade de proteínas e RNAs. O nível celular desta enzima aumenta até dez vezes após exposição ao frio e estabiliza em células na fase estacionária. A capacidade de degradar RNA de dupla cadeia é importante a baixas temperaturas quando as estruturas de RNA estão mais estáveis. No entanto, este mecanismo é desconhecido. Embora a resposta específica ao “cold shock” tenha sido descoberta há mais de duas décadas e o número de proteínas envolvidas sugerirem que esta adaptação é rápida e simples, continuamos longe de compreender este processo. No nosso trabalho pretendemos descobrir proteínas que interactuem com a RNase R em condições ambientais diferentes através do método “TAP-tag” e espectrometria de massa. A informação obtida pode ser utilizada para deduzir algumas das novas funções da RNase R durante a adaptação bacteriana ao frio e durante a fase estacionária. Mais importante ainda, RNase R poderá ser recrutada para um complexo de proteínas de elevado peso molecular durante o “cold-shock”.------------ABSTRACT:Microorganisms react to the rapid temperature downshift with a specific adaptative response that ensures their survival in unfavorable conditions. Adaptation includes changes in membrane composition, in translation and transcription machinery. Cold shock response leads to overall repression of translation. However, temperature downshift induces production of a set of specific proteins that help to tune cell metabolism and readjust it to the new environmental conditions. For Escherichia coli the adaptation process takes only about four hours with a relatively small set of specifically induced proteins involved. After this time, protein production resumes, although at a slower rate. One of the cold inducible proteins is RNase R, one of the main E. coli ribonucleases involved in RNA degradation. RNase R is an exoribonuclease that digest double stranded RNA, serves important functions in RNA maturation and turnover, release of stalled ribosomes by trans-translation, and RNA and protein quality control. The level of this enzyme increases about ten-fold after cold induction, and it is also stabilised in cells growing in stationary phase. The RNase R ability to digest structured RNA is important at low temperatures where RNA structures are stabilized but the exact role of this mechanism remains unclear. Although specific bacterial cold shock response was discovered over two decades ago and the number of proteins involved suggests that this adaptation is fast and simple, we are still far from understanding this process. In our work we aimed to discover the proteins interacting with RNase R in different environmental conditions using TAP tag method and mass spectrometry analysis. The information obtained can be used to deduce some of the new functions of RNase R during adaptation of bacteria to cold and in stationary growth phase. Most importantly RNase R can be recruited into a high molecular mass complex of protein in cold shock. |
|---|---|
| Autores principais: | Silva, Cátia Cláudia Bárria da |
| Assunto: | Ribonucleases - metabolism Escherichia coli - metabolism RNA Ribosomes Cold Temperature Microbiologia e Parasitologia |
| Ano: | 2011 |
| País: | Portugal |
| Tipo de documento: | dissertação de mestrado |
| Tipo de acesso: | acesso aberto |
| Instituição associada: | Universidade Nova de Lisboa |
| Idioma: | inglês |
| Origem: | Repositório Institucional da UNL |
| _version_ | 1865920625405591552 |
|---|---|
| author | Silva, Cátia Cláudia Bárria da |
| author_facet | Silva, Cátia Cláudia Bárria da Silva, Cátia Cláudia Bárria da |
| author_role | author |
| contributor_name_str_mv | Arraiano, Cecília RUN |
| country_str | PT |
| creators_json_str | [{\"Person.name\":\"Silva, Cátia Cláudia Bárria da\"}] |
| datacite.contributors.contributor.contributorName.fl_str_mv | Arraiano, Cecília RUN |
| datacite.creators.creator.creatorName.fl_str_mv | Silva, Cátia Cláudia Bárria da |
| datacite.date.Accepted.fl_str_mv | 2011-01-01T00:00:00Z |
| datacite.rights.fl_str_mv | http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
| datacite.subjects.subject.fl_str_mv | Ribonucleases - metabolism Escherichia coli - metabolism RNA Ribosomes Cold Temperature Microbiologia e Parasitologia |
| datacite.titles.title.fl_str_mv | The role of ribonuclease R in bacterial adaptation to cold shock |
| dc.contributor.none.fl_str_mv | Arraiano, Cecília RUN |
| dc.creator.none.fl_str_mv | Silva, Cátia Cláudia Bárria da |
| dc.date.Accepted.fl_str_mv | 2011-01-01T00:00:00Z |
| dc.format.none.fl_str_mv | application/pdf |
| dc.identifier.none.fl_str_mv | http://hdl.handle.net/10362/6634 |
| dc.language.none.fl_str_mv | eng |
| dc.publisher.none.fl_str_mv | Faculdade de Ciências Médicas |
| dc.rights.none.fl_str_mv | http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
| dc.subject.none.fl_str_mv | Ribonucleases - metabolism Escherichia coli - metabolism RNA Ribosomes Cold Temperature Microbiologia e Parasitologia |
| dc.title.fl_str_mv | The role of ribonuclease R in bacterial adaptation to cold shock |
| dc.type.none.fl_str_mv | http://purl.org/coar/resource_type/c_bdcc |
| description | RESUMO:Os microrganismos reagem à súbita descida de temperatura através de uma resposta adaptativa específica que assegura a sua sobrevivência em condições desfavoráveis. Esta adaptação inclui alterações na composição da membrana, na maquinaria de tradução e transcrição. A resposta ao choque térmico pelo frio induz uma repressão da transcrição. No entanto, a descida de temperatura induz a produção de um grupo de proteínas específicas que ajudam a ajustar/re-ajustar o metabolismo celular às novas condições ambientais. Em E. coli o processo de adaptação demora apenas quatro horas, no qual um grupo de proteínas específicas são induzidas. Depois desde período recomeça lentamente a produção de proteínas.A ribonuclease R, uma das proteínas induzidas durante o choque térmico pelo frio, é uma das principais ribonucleases em E. coli envolvidas na degradação do RNA. É uma exoribonuclease que degrada RNA de cadeia dupla, possui funções importantes na maturação e “turnover” do RNA, libertação de ribossomas e controlo de qualidade de proteínas e RNAs. O nível celular desta enzima aumenta até dez vezes após exposição ao frio e estabiliza em células na fase estacionária. A capacidade de degradar RNA de dupla cadeia é importante a baixas temperaturas quando as estruturas de RNA estão mais estáveis. No entanto, este mecanismo é desconhecido. Embora a resposta específica ao “cold shock” tenha sido descoberta há mais de duas décadas e o número de proteínas envolvidas sugerirem que esta adaptação é rápida e simples, continuamos longe de compreender este processo. No nosso trabalho pretendemos descobrir proteínas que interactuem com a RNase R em condições ambientais diferentes através do método “TAP-tag” e espectrometria de massa. A informação obtida pode ser utilizada para deduzir algumas das novas funções da RNase R durante a adaptação bacteriana ao frio e durante a fase estacionária. Mais importante ainda, RNase R poderá ser recrutada para um complexo de proteínas de elevado peso molecular durante o “cold-shock”.------------ABSTRACT:Microorganisms react to the rapid temperature downshift with a specific adaptative response that ensures their survival in unfavorable conditions. Adaptation includes changes in membrane composition, in translation and transcription machinery. Cold shock response leads to overall repression of translation. However, temperature downshift induces production of a set of specific proteins that help to tune cell metabolism and readjust it to the new environmental conditions. For Escherichia coli the adaptation process takes only about four hours with a relatively small set of specifically induced proteins involved. After this time, protein production resumes, although at a slower rate. One of the cold inducible proteins is RNase R, one of the main E. coli ribonucleases involved in RNA degradation. RNase R is an exoribonuclease that digest double stranded RNA, serves important functions in RNA maturation and turnover, release of stalled ribosomes by trans-translation, and RNA and protein quality control. The level of this enzyme increases about ten-fold after cold induction, and it is also stabilised in cells growing in stationary phase. The RNase R ability to digest structured RNA is important at low temperatures where RNA structures are stabilized but the exact role of this mechanism remains unclear. Although specific bacterial cold shock response was discovered over two decades ago and the number of proteins involved suggests that this adaptation is fast and simple, we are still far from understanding this process. In our work we aimed to discover the proteins interacting with RNase R in different environmental conditions using TAP tag method and mass spectrometry analysis. The information obtained can be used to deduce some of the new functions of RNase R during adaptation of bacteria to cold and in stationary growth phase. Most importantly RNase R can be recruited into a high molecular mass complex of protein in cold shock. |
| dirty | 0 |
| eu_rights_str_mv | openAccess |
| format | masterThesis |
| fulltext.url.fl_str_mv | https://run.unl.pt/bitstreams/4dd3bd1f-9ffd-487f-a4a1-e2311053ff06/download |
| id | run_db7f69a7bdf73f86c964d9f6209f4721 |
| identifier.url.fl_str_mv | http://hdl.handle.net/10362/6634 |
| instacron_str | unl |
| institution | Universidade Nova de Lisboa |
| instname_str | Universidade Nova de Lisboa |
| language | eng |
| network_acronym_str | run |
| network_name_str | Repositório Institucional da UNL |
| oai_identifier_str | oai:run.unl.pt:10362/6634 |
| organization_str_mv | urn:organizationAcronym:unl |
| person_str_mv | Silva, Cátia Cláudia Bárria da |
| publishDate | 2011 |
| publisher.none.fl_str_mv | Faculdade de Ciências Médicas |
| reponame_str | Repositório Institucional da UNL |
| repository_id_str | urn:repositoryAcronym:run |
| service_str_mv | urn:repositoryAcronym:run |
| spelling | engFaculdade de Ciências Médicasen_USRESUMO:Os microrganismos reagem à súbita descida de temperatura através de uma resposta adaptativa específica que assegura a sua sobrevivência em condições desfavoráveis. Esta adaptação inclui alterações na composição da membrana, na maquinaria de tradução e transcrição. A resposta ao choque térmico pelo frio induz uma repressão da transcrição. No entanto, a descida de temperatura induz a produção de um grupo de proteínas específicas que ajudam a ajustar/re-ajustar o metabolismo celular às novas condições ambientais. Em E. coli o processo de adaptação demora apenas quatro horas, no qual um grupo de proteínas específicas são induzidas. Depois desde período recomeça lentamente a produção de proteínas.A ribonuclease R, uma das proteínas induzidas durante o choque térmico pelo frio, é uma das principais ribonucleases em E. coli envolvidas na degradação do RNA. É uma exoribonuclease que degrada RNA de cadeia dupla, possui funções importantes na maturação e “turnover” do RNA, libertação de ribossomas e controlo de qualidade de proteínas e RNAs. O nível celular desta enzima aumenta até dez vezes após exposição ao frio e estabiliza em células na fase estacionária. A capacidade de degradar RNA de dupla cadeia é importante a baixas temperaturas quando as estruturas de RNA estão mais estáveis. No entanto, este mecanismo é desconhecido. Embora a resposta específica ao “cold shock” tenha sido descoberta há mais de duas décadas e o número de proteínas envolvidas sugerirem que esta adaptação é rápida e simples, continuamos longe de compreender este processo. No nosso trabalho pretendemos descobrir proteínas que interactuem com a RNase R em condições ambientais diferentes através do método “TAP-tag” e espectrometria de massa. A informação obtida pode ser utilizada para deduzir algumas das novas funções da RNase R durante a adaptação bacteriana ao frio e durante a fase estacionária. Mais importante ainda, RNase R poderá ser recrutada para um complexo de proteínas de elevado peso molecular durante o “cold-shock”.------------ABSTRACT:Microorganisms react to the rapid temperature downshift with a specific adaptative response that ensures their survival in unfavorable conditions. Adaptation includes changes in membrane composition, in translation and transcription machinery. Cold shock response leads to overall repression of translation. However, temperature downshift induces production of a set of specific proteins that help to tune cell metabolism and readjust it to the new environmental conditions. For Escherichia coli the adaptation process takes only about four hours with a relatively small set of specifically induced proteins involved. After this time, protein production resumes, although at a slower rate. One of the cold inducible proteins is RNase R, one of the main E. coli ribonucleases involved in RNA degradation. RNase R is an exoribonuclease that digest double stranded RNA, serves important functions in RNA maturation and turnover, release of stalled ribosomes by trans-translation, and RNA and protein quality control. The level of this enzyme increases about ten-fold after cold induction, and it is also stabilised in cells growing in stationary phase. The RNase R ability to digest structured RNA is important at low temperatures where RNA structures are stabilized but the exact role of this mechanism remains unclear. Although specific bacterial cold shock response was discovered over two decades ago and the number of proteins involved suggests that this adaptation is fast and simple, we are still far from understanding this process. In our work we aimed to discover the proteins interacting with RNase R in different environmental conditions using TAP tag method and mass spectrometry analysis. The information obtained can be used to deduce some of the new functions of RNase R during adaptation of bacteria to cold and in stationary growth phase. Most importantly RNase R can be recruited into a high molecular mass complex of protein in cold shock.application/pdfen_USThe role of ribonuclease R in bacterial adaptation to cold shockSilva, Cátia Cláudia Bárria daArraiano, CecíliaHostingInstitutionOrganizationalRUNe-mailmailto:run@unl.ptrun@unl.pt20112011-01-01T00:00:00ZHandlehttp://hdl.handle.net/10362/6634http://purl.org/coar/access_right/c_abf2open accessRibonucleases - metabolismEscherichia coli - metabolismRNA RibosomesCold TemperatureMicrobiologia e Parasitologia3516715 bytesliteraturehttp://purl.org/coar/resource_type/c_bdccmaster thesishttp://purl.org/coar/access_right/c_abf2application/pdffulltexthttps://run.unl.pt/bitstreams/4dd3bd1f-9ffd-487f-a4a1-e2311053ff06/download |
| spellingShingle | The role of ribonuclease R in bacterial adaptation to cold shock The role of ribonuclease R in bacterial adaptation to cold shock Silva, Cátia Cláudia Bárria da Ribonucleases - metabolism Escherichia coli - metabolism RNA Ribosomes Cold Temperature Microbiologia e Parasitologia Silva, Cátia Cláudia Bárria da Ribonucleases - metabolism Escherichia coli - metabolism RNA Ribosomes Cold Temperature Microbiologia e Parasitologia |
| status | NEW |
| subject.fl_str_mv | Ribonucleases - metabolism Escherichia coli - metabolism RNA Ribosomes Cold Temperature Microbiologia e Parasitologia |
| title | The role of ribonuclease R in bacterial adaptation to cold shock |
| title_full | The role of ribonuclease R in bacterial adaptation to cold shock |
| title_fullStr | The role of ribonuclease R in bacterial adaptation to cold shock The role of ribonuclease R in bacterial adaptation to cold shock |
| title_full_unstemmed | The role of ribonuclease R in bacterial adaptation to cold shock The role of ribonuclease R in bacterial adaptation to cold shock |
| title_short | The role of ribonuclease R in bacterial adaptation to cold shock |
| title_sort | The role of ribonuclease R in bacterial adaptation to cold shock |
| topic | Ribonucleases - metabolism Escherichia coli - metabolism RNA Ribosomes Cold Temperature Microbiologia e Parasitologia |
| topic_facet | Ribonucleases - metabolism Escherichia coli - metabolism RNA Ribosomes Cold Temperature Microbiologia e Parasitologia |
| url | http://hdl.handle.net/10362/6634 |
| visible | 1 |