Publicação
Visualization for biomedical ontologies alignment
| Resumo: | Desde o início do século, a investigação biomédica e a prática clínica levaram a uma acumulação de grandes quantidades de informação, por exemplo, os dados resultantes da sequenciação genómica ou os registos médicos. As ontologias fornecem um modelo estruturado com o intuito de representar o conhecimento e têm sido bem sucedidas no domínio biomédico na melhoria da interoperabilidade e partilha. O desenvolvimento desconectado das ontologias biomédicas levou à criação de modelos que apresentam domínios idênticos ou sobrepostos. As técnicas de emparelhamento de ontologias foram desenvolvidas afim de estabelecer ligações significativas entre as classes das ontologias, por outras palavras, para criar alinhamentos. Para alcançar um alinhamento ótimo é, não só importante melhorar as técnicas de emparelhamentos mas também criar as ferramentas necessárias para que possa existir intervenção humana, particularmente na visualização. Apesar da importância da intervenção de utilizadores e da visualização no emparelhamento de ontologias, poucos sistemas o suportam, sobretudo para grandes e complexas ontologias como as do domínio biomédico, concretamente no contexto da revisão de alinhamentos e interpretação de incoerências lógicas. O objetivo central desta tese consistiu na investigação dos principais paradigmas de visualização de ontologias, no contexto do alinhamento de ontologias biomédicas, e desenvolver abordagens de visualização e interação que vão de encontro a estes desafios. O trabalho desenvolvido levou, então, à criação de um novo módulo de visualização para um sistema de emparelhamento do state of the art que suporta a revisão de alinhamentos, e à construção de uma ferramenta online que visa ajudar o utilizador a compreender os conflitos encontrados nos alinhamentos, ambos baseados numa abordagem de visualização de subgrafos. Ambas as contribuições foram avaliadas em pequena escala, por testes a utilizadores que revelaram a relevância da visualização de subgrafos contra a visualização em árvore, mais comum no domínio biomédico. |
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| Autores principais: | Martins, Catarina Tavares |
| Assunto: | Ontologias biomédicas Visualização Alinhamento Conflito Teses de mestrado - 2015 |
| Ano: | 2016 |
| País: | Portugal |
| Tipo de documento: | dissertação de mestrado |
| Tipo de acesso: | acesso aberto |
| Instituição associada: | Universidade de Lisboa |
| Idioma: | inglês |
| Origem: | Repositório da Universidade de Lisboa |
| Resumo: | Desde o início do século, a investigação biomédica e a prática clínica levaram a uma acumulação de grandes quantidades de informação, por exemplo, os dados resultantes da sequenciação genómica ou os registos médicos. As ontologias fornecem um modelo estruturado com o intuito de representar o conhecimento e têm sido bem sucedidas no domínio biomédico na melhoria da interoperabilidade e partilha. O desenvolvimento desconectado das ontologias biomédicas levou à criação de modelos que apresentam domínios idênticos ou sobrepostos. As técnicas de emparelhamento de ontologias foram desenvolvidas afim de estabelecer ligações significativas entre as classes das ontologias, por outras palavras, para criar alinhamentos. Para alcançar um alinhamento ótimo é, não só importante melhorar as técnicas de emparelhamentos mas também criar as ferramentas necessárias para que possa existir intervenção humana, particularmente na visualização. Apesar da importância da intervenção de utilizadores e da visualização no emparelhamento de ontologias, poucos sistemas o suportam, sobretudo para grandes e complexas ontologias como as do domínio biomédico, concretamente no contexto da revisão de alinhamentos e interpretação de incoerências lógicas. O objetivo central desta tese consistiu na investigação dos principais paradigmas de visualização de ontologias, no contexto do alinhamento de ontologias biomédicas, e desenvolver abordagens de visualização e interação que vão de encontro a estes desafios. O trabalho desenvolvido levou, então, à criação de um novo módulo de visualização para um sistema de emparelhamento do state of the art que suporta a revisão de alinhamentos, e à construção de uma ferramenta online que visa ajudar o utilizador a compreender os conflitos encontrados nos alinhamentos, ambos baseados numa abordagem de visualização de subgrafos. Ambas as contribuições foram avaliadas em pequena escala, por testes a utilizadores que revelaram a relevância da visualização de subgrafos contra a visualização em árvore, mais comum no domínio biomédico. |
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