Publicação
Searching for diabetic retinopathy genetic markers by whole exome sequencing
| Resumo: | A Diabetes Tipo 2 (DT2) é uma doença complexa e debilitadora que aproximadamente 8% da população mundial. A Retinopatia Diabética, a maior complicação microvascular desta doença, é uma das principais causas de cegueira em adultos diagnosticados com Diabetes Tipo 2. O conhecimento complicação vascular permitirá uma melhor compreensão da doença e consequente aplicação de meios efetivos de diagnóstico, tratamento e gestão d com a utilização de sequenciação de exomas com técnicas de última geração, id marcadores genéticos candidatos que predispõem para o desenvolvimento da Retinopatia Diabética. A nossa população de doentes Portugueses diagnosticados com Diabetes do Tipo 2, com di associadas, da Unidade de Endocrinologia do Centro Hospitalar da Universidade de Coimbra. A metodologia utilizada foi extração de sequenciação massiva paralela pela tecnologia Ion acumulam variantes raras e de variantes comuns foi bioinformáticas e estatísticas. Dois genes que acumulam variantes raras, E2F8 e DMXL2, e onze variantes comuns (rs1035798, rs62357156, r rs10794640, rs9907595, rs2296123, rs7483 e rs4698803) nos genes: AGER, ITGA1, MMP1, TNFSF12, STAB1, NARFL, PLXDC1, PRKCQ, GSTM3 e EGF foram considerados biologicamente relevantes. As variantes encontradas localiz relacionadas com a patogénese da Retinopatia Diabética, tais como a via de sinalização e tráfego de produtos finais de glicação avançados, formação de membrana fibrovascular, via de sinalização EGF-VEGF, angio vascular e a via de sinalização Notch. A validação da tecnologia, variantes e frequências alélicas foi realizada por diferentes métodos de sequenciação e genotipagem. Este estudo destacou alguns biomarcadores candidatos, que carecem de validação numa população maior antes de poderem ser associados à retinopatia diabética. Palavras Chave: Retinopatia Diabética, Sequenciação de Exomas, Marcadores Genéticos, Variantes Raras, Variantes Comuns Este trabalho foi efetuado no âmbito do programa COMPETE e do Desenvolvimento e Operação Translacional xv A Diabetes Tipo 2 (DT2) é uma doença complexa e debilitadora que aproximadamente 8% da população mundial. A Retinopatia Diabética, a maior complicação microvascular desta doença, é uma das principais causas de cegueira em adultos diagnosticados com Diabetes Tipo 2. O conhecimento da base genética subjacente a esta licação vascular permitirá uma melhor compreensão da doença e consequente aplicação de meios efetivos de diagnóstico, tratamento e gestão de doentes. Foi objetivo deste com a utilização de sequenciação de exomas com técnicas de última geração, id marcadores genéticos candidatos que predispõem para o desenvolvimento da Retinopatia Diabética. A nossa população de estudo de 40 indivíduos foi selecionada a partir de um grupo de doentes Portugueses diagnosticados com Diabetes do Tipo 2, com diferentes complicações associadas, da Unidade de Endocrinologia do Centro Hospitalar da Universidade de Coimbra. A metodologia utilizada foi extração de ADN, seguida de preparação de bibliotecas de exomas e sequenciação massiva paralela pela tecnologia Ion Torrent. A pesquisa de genes que acumulam variantes raras e de variantes comuns foi realizada por diferentes abordagens bioinformáticas e estatísticas. Dois genes que acumulam variantes raras, E2F8 e DMXL2, e onze variantes comuns (rs1035798, rs62357156, rs7125062, rs80067372, rs4434138, rs4234633, rs10794640, rs9907595, rs2296123, rs7483 e rs4698803) nos genes: AGER, ITGA1, MMP1, TNFSF12, STAB1, NARFL, PLXDC1, PRKCQ, GSTM3 e EGF foram considerados biologicamente relevantes. As variantes encontradas localizam-se em genes envolvidos em mecanismos e vias relacionadas com a patogénese da Retinopatia Diabética, tais como a via de sinalização e tráfego de produtos finais de glicação avançados, formação de membrana fibrovascular, via de VEGF, angiogénese dependente de VEGFα, assemblagem e morfogénese vascular e a via de sinalização Notch. A validação da tecnologia, variantes e frequências alélicas foi realizada por diferentes métodos de sequenciação e genotipagem. Este estudo destacou adores candidatos, que carecem de validação numa população maior antes de poderem ser associados à retinopatia diabética. |
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| Autores principais: | Barroso, Cristina Maria da Costa e Silva |
| Assunto: | Retinopatia diabética Sequenciação de exomas Marcadores genéticos Variantes raras Variantes comuns |
| Ano: | 2015 |
| País: | Portugal |
| Tipo de documento: | dissertação de mestrado |
| Tipo de acesso: | acesso aberto |
| Instituição associada: | Universidade de Coimbra |
| Idioma: | inglês |
| Origem: | Estudo Geral - Universidade de Coimbra |
| Resumo: | A Diabetes Tipo 2 (DT2) é uma doença complexa e debilitadora que aproximadamente 8% da população mundial. A Retinopatia Diabética, a maior complicação microvascular desta doença, é uma das principais causas de cegueira em adultos diagnosticados com Diabetes Tipo 2. O conhecimento complicação vascular permitirá uma melhor compreensão da doença e consequente aplicação de meios efetivos de diagnóstico, tratamento e gestão d com a utilização de sequenciação de exomas com técnicas de última geração, id marcadores genéticos candidatos que predispõem para o desenvolvimento da Retinopatia Diabética. A nossa população de doentes Portugueses diagnosticados com Diabetes do Tipo 2, com di associadas, da Unidade de Endocrinologia do Centro Hospitalar da Universidade de Coimbra. A metodologia utilizada foi extração de sequenciação massiva paralela pela tecnologia Ion acumulam variantes raras e de variantes comuns foi bioinformáticas e estatísticas. Dois genes que acumulam variantes raras, E2F8 e DMXL2, e onze variantes comuns (rs1035798, rs62357156, r rs10794640, rs9907595, rs2296123, rs7483 e rs4698803) nos genes: AGER, ITGA1, MMP1, TNFSF12, STAB1, NARFL, PLXDC1, PRKCQ, GSTM3 e EGF foram considerados biologicamente relevantes. As variantes encontradas localiz relacionadas com a patogénese da Retinopatia Diabética, tais como a via de sinalização e tráfego de produtos finais de glicação avançados, formação de membrana fibrovascular, via de sinalização EGF-VEGF, angio vascular e a via de sinalização Notch. A validação da tecnologia, variantes e frequências alélicas foi realizada por diferentes métodos de sequenciação e genotipagem. Este estudo destacou alguns biomarcadores candidatos, que carecem de validação numa população maior antes de poderem ser associados à retinopatia diabética. Palavras Chave: Retinopatia Diabética, Sequenciação de Exomas, Marcadores Genéticos, Variantes Raras, Variantes Comuns Este trabalho foi efetuado no âmbito do programa COMPETE e do Desenvolvimento e Operação Translacional xv A Diabetes Tipo 2 (DT2) é uma doença complexa e debilitadora que aproximadamente 8% da população mundial. A Retinopatia Diabética, a maior complicação microvascular desta doença, é uma das principais causas de cegueira em adultos diagnosticados com Diabetes Tipo 2. O conhecimento da base genética subjacente a esta licação vascular permitirá uma melhor compreensão da doença e consequente aplicação de meios efetivos de diagnóstico, tratamento e gestão de doentes. Foi objetivo deste com a utilização de sequenciação de exomas com técnicas de última geração, id marcadores genéticos candidatos que predispõem para o desenvolvimento da Retinopatia Diabética. A nossa população de estudo de 40 indivíduos foi selecionada a partir de um grupo de doentes Portugueses diagnosticados com Diabetes do Tipo 2, com diferentes complicações associadas, da Unidade de Endocrinologia do Centro Hospitalar da Universidade de Coimbra. A metodologia utilizada foi extração de ADN, seguida de preparação de bibliotecas de exomas e sequenciação massiva paralela pela tecnologia Ion Torrent. A pesquisa de genes que acumulam variantes raras e de variantes comuns foi realizada por diferentes abordagens bioinformáticas e estatísticas. Dois genes que acumulam variantes raras, E2F8 e DMXL2, e onze variantes comuns (rs1035798, rs62357156, rs7125062, rs80067372, rs4434138, rs4234633, rs10794640, rs9907595, rs2296123, rs7483 e rs4698803) nos genes: AGER, ITGA1, MMP1, TNFSF12, STAB1, NARFL, PLXDC1, PRKCQ, GSTM3 e EGF foram considerados biologicamente relevantes. As variantes encontradas localizam-se em genes envolvidos em mecanismos e vias relacionadas com a patogénese da Retinopatia Diabética, tais como a via de sinalização e tráfego de produtos finais de glicação avançados, formação de membrana fibrovascular, via de VEGF, angiogénese dependente de VEGFα, assemblagem e morfogénese vascular e a via de sinalização Notch. A validação da tecnologia, variantes e frequências alélicas foi realizada por diferentes métodos de sequenciação e genotipagem. Este estudo destacou adores candidatos, que carecem de validação numa população maior antes de poderem ser associados à retinopatia diabética. |
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