Publicação
Nova metodologia computacional de “Docking” proteína-ligando utilizando o AutoDock4
| Resumo: | O principal objectivo do "docking" proteína-ligando é tentar prever como moléculas, tais como substratos ou potenciais fármacos, podem interagir com uma proteína alvo de estrutura 3D conhecida. O "docking" proteína-ligando pode ser utilizada para levar a cabo a análise de muitos ligandos potenciais e é uma ferramenta cada vez mais importante na descoberta de novos fármacos, uma vez que pode reduzir significativamente o número de compostos que numa fase posterior serão experimentalmente investigados. Contudo, esta metodologia requer uma grande capacidade de processamento computacional e muitas vezes são utilizados "clusters" de computador com Alto Desempenho Computacional (HPC- High Througoutput computing). Neste trabalho descrevemos um método para a construção de um "cluster" que pode ser utilizado para analisar um grande número de compostos utilizando o programa Autodock 4.0 [1] e uma plataforma HPC baseada no sistema operativo ParallelK.noppix (Linux) [2]. |
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| Autores principais: | Abreu, Rui M.V. |
| Outros Autores: | Froufe, Hugo J.C.; Queiroz, Maria João R.P.; Ferreira, Isabel C.F.R. |
| Ano: | 2009 |
| País: | Portugal |
| Tipo de documento: | documento de conferência |
| Tipo de acesso: | acesso aberto |
| Instituição associada: | Instituto Politécnico de Bragança |
| Idioma: | português |
| Origem: | Biblioteca Digital do IPB |
| Resumo: | O principal objectivo do "docking" proteína-ligando é tentar prever como moléculas, tais como substratos ou potenciais fármacos, podem interagir com uma proteína alvo de estrutura 3D conhecida. O "docking" proteína-ligando pode ser utilizada para levar a cabo a análise de muitos ligandos potenciais e é uma ferramenta cada vez mais importante na descoberta de novos fármacos, uma vez que pode reduzir significativamente o número de compostos que numa fase posterior serão experimentalmente investigados. Contudo, esta metodologia requer uma grande capacidade de processamento computacional e muitas vezes são utilizados "clusters" de computador com Alto Desempenho Computacional (HPC- High Througoutput computing). Neste trabalho descrevemos um método para a construção de um "cluster" que pode ser utilizado para analisar um grande número de compostos utilizando o programa Autodock 4.0 [1] e uma plataforma HPC baseada no sistema operativo ParallelK.noppix (Linux) [2]. |
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