Publicação
A study of alternative initiation codons in Candida cylindracea
| Resumo: | A Candida cylindracea constitui um caso particular do grupo de leveduras CTG-clade - apresenta uma total conversão do codão CUG de leucina (standard) em serina, em vez de o fazer de forma ambígua como os restantes membros do grupo. Para além disso, após a sequenciação e anotação do seu genoma completo e do seu mRNA, verificou-se que a Candida cylindracea possuí uma frequência consideravelmente elevada de genes iniciados pelos codões alternativos CTG e TTG relativamente às outras espécies filogeneticamente próximas, cuja grande maioria dos genes é iniciada por ATG (standard). Durante este trabalho foi validada a anotação do genoma desta espécie de modo a descartar possíveis artefactos, utilizando o MAKER como ferramenta. As sequências anotadas foram introduzidas na plataforma ANACONDA para desvendar algumas das principais características do genoma e do transcriptoma desta espécie. A análise destes dados basou-se em encontar diferenças significativas entre os diferentes tipos de sequências, de acordo com o seu codão de iniciação, tanto no genoma como no transcriptoma. A notória diferença entre a frequencia dos codões de iniciação das sequências de DNA e RNA, por sua vez, abriu portas à especulação acerca da presença de fenómenos de RNA editing. Ao reunir as peças deste puzzle tão singular, espera-se conseguir dar um passo em frente na compreensão do funcionamento do genoma de acordo com a relevância deste fenómeno. Resta para isso entender de que forma estas diferenças poderão estar conectadas e influenciar o genoma. Estudos posteriores com recurso a novas técnicas da era ómica poderão fornecer novos discernimentos nesta materia. |
|---|---|
| Autores principais: | Lobato, Carolina Botto Courinha |
| Assunto: | Biomedicina molecular Leveduras - Genética Código genético Genomas Transcrição genética Mutagénese |
| Ano: | 2016 |
| País: | Portugal |
| Tipo de documento: | dissertação de mestrado |
| Tipo de acesso: | acesso aberto |
| Instituição associada: | Universidade de Aveiro |
| Idioma: | inglês |
| Origem: | RIA - Repositório Institucional da Universidade de Aveiro |
| Resumo: | A Candida cylindracea constitui um caso particular do grupo de leveduras CTG-clade - apresenta uma total conversão do codão CUG de leucina (standard) em serina, em vez de o fazer de forma ambígua como os restantes membros do grupo. Para além disso, após a sequenciação e anotação do seu genoma completo e do seu mRNA, verificou-se que a Candida cylindracea possuí uma frequência consideravelmente elevada de genes iniciados pelos codões alternativos CTG e TTG relativamente às outras espécies filogeneticamente próximas, cuja grande maioria dos genes é iniciada por ATG (standard). Durante este trabalho foi validada a anotação do genoma desta espécie de modo a descartar possíveis artefactos, utilizando o MAKER como ferramenta. As sequências anotadas foram introduzidas na plataforma ANACONDA para desvendar algumas das principais características do genoma e do transcriptoma desta espécie. A análise destes dados basou-se em encontar diferenças significativas entre os diferentes tipos de sequências, de acordo com o seu codão de iniciação, tanto no genoma como no transcriptoma. A notória diferença entre a frequencia dos codões de iniciação das sequências de DNA e RNA, por sua vez, abriu portas à especulação acerca da presença de fenómenos de RNA editing. Ao reunir as peças deste puzzle tão singular, espera-se conseguir dar um passo em frente na compreensão do funcionamento do genoma de acordo com a relevância deste fenómeno. Resta para isso entender de que forma estas diferenças poderão estar conectadas e influenciar o genoma. Estudos posteriores com recurso a novas técnicas da era ómica poderão fornecer novos discernimentos nesta materia. |
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