Publicação
Construção de uma biblioteca de referência de DNA barcodes para Isópodes marinhos (Crustacea - Isopoda) de Portugal e da Macaronésia
| Resumo: | Apesar de a ordem Isopoda constituir um dos mais diversos grupos de crustáceos presentes em vários habitats marinhos, o conhecimento sobre a sua biodiversidade ainda é insuficiente, comprometendo o planeamento de estratégias de gestão de meios marinhos. A utilização de bibliotecas de referência de DNA barcodes (sequências de DNA obtidas a partir da extremidade 5’ do gene mitocondrial da sub-unidade I do citocromo oxidase, COI-5P) para auxiliar a identificação e a catalogação de macro invertebrados bentónicos marinhos tem contribuído para a melhoria do conhecimento sobre a composição e distribuição espacial destas comunidades, possibilitando o recurso a técnicas de sequenciação de segunda geração para agilização de métodos de monitorização. Este estudo teve como objetivos: 1) a compilação e elaboração de uma lista atualizada (“checklist”) de espécies de isópodes marinhos registados em Portugal continental e nos arquipélagos dos Açores e Madeira; 2) contribuir para a construção de uma biblioteca de DNA barcodes de isópodes marinhos das mesmas regiões. A elaboração da lista resultou na compilação de 146 espécies registadas desde zonas de mar profundo a zonas costeiras e estuarinas. Para a construção de uma biblioteca de referência de DNA barcodes de isópodes foram identificados 250 espécimes e geradas 105 sequências, resultantes de sequenciação bidirecional englobando 26 morfoespécies, distribuídas por 32 MOTU´s, recolhidas em vários pontos do Atlântico Nordeste, maioritariamente ao longo da costa de Portugal e da Galiza e nos arquipélagos dos Açores, Canárias e Madeira. Todos os espécimes foram catalogados na base de dados BOLD, incluindo dados sobre identificação taxonómica, dados de colheita e respetivas sequências e cromatogramas. De modo a garantir a qualidade dos resultados foram compiladas 60 sequências publicadas para comparação e classificação das sequências obtidas. As divergências intraespecíficas para os espécimes analisados variaram entre os 0 e os 2,8%, com uma divergência interespecífica média de 29%, variando entre 12% e 59%, comprovando-se a capacidade de descriminação do fragmento COI-5P para as espécies de isópodes em estudo. Foram encontradas 2 linhagens alopátricas de Campecopea lusitanica com 22% de divergência, e 3 linhagens de Dynamene edwardsi separadas entre a costa de Portugal e os arquipélagos da Madeira e Canárias com divergências entre os 18% e 21%. |
|---|---|
| Autores principais: | Gomes, Nuno Miguel Araújo |
| Ano: | 2014 |
| País: | Portugal |
| Tipo de documento: | dissertação de mestrado |
| Tipo de acesso: | acesso restrito |
| Instituição associada: | Universidade do Minho |
| Idioma: | português |
| Origem: | RepositóriUM - Universidade do Minho |
| Resumo: | Apesar de a ordem Isopoda constituir um dos mais diversos grupos de crustáceos presentes em vários habitats marinhos, o conhecimento sobre a sua biodiversidade ainda é insuficiente, comprometendo o planeamento de estratégias de gestão de meios marinhos. A utilização de bibliotecas de referência de DNA barcodes (sequências de DNA obtidas a partir da extremidade 5’ do gene mitocondrial da sub-unidade I do citocromo oxidase, COI-5P) para auxiliar a identificação e a catalogação de macro invertebrados bentónicos marinhos tem contribuído para a melhoria do conhecimento sobre a composição e distribuição espacial destas comunidades, possibilitando o recurso a técnicas de sequenciação de segunda geração para agilização de métodos de monitorização. Este estudo teve como objetivos: 1) a compilação e elaboração de uma lista atualizada (“checklist”) de espécies de isópodes marinhos registados em Portugal continental e nos arquipélagos dos Açores e Madeira; 2) contribuir para a construção de uma biblioteca de DNA barcodes de isópodes marinhos das mesmas regiões. A elaboração da lista resultou na compilação de 146 espécies registadas desde zonas de mar profundo a zonas costeiras e estuarinas. Para a construção de uma biblioteca de referência de DNA barcodes de isópodes foram identificados 250 espécimes e geradas 105 sequências, resultantes de sequenciação bidirecional englobando 26 morfoespécies, distribuídas por 32 MOTU´s, recolhidas em vários pontos do Atlântico Nordeste, maioritariamente ao longo da costa de Portugal e da Galiza e nos arquipélagos dos Açores, Canárias e Madeira. Todos os espécimes foram catalogados na base de dados BOLD, incluindo dados sobre identificação taxonómica, dados de colheita e respetivas sequências e cromatogramas. De modo a garantir a qualidade dos resultados foram compiladas 60 sequências publicadas para comparação e classificação das sequências obtidas. As divergências intraespecíficas para os espécimes analisados variaram entre os 0 e os 2,8%, com uma divergência interespecífica média de 29%, variando entre 12% e 59%, comprovando-se a capacidade de descriminação do fragmento COI-5P para as espécies de isópodes em estudo. Foram encontradas 2 linhagens alopátricas de Campecopea lusitanica com 22% de divergência, e 3 linhagens de Dynamene edwardsi separadas entre a costa de Portugal e os arquipélagos da Madeira e Canárias com divergências entre os 18% e 21%. |
|---|