Publicação
Biblioteca de referência de DNA barcodes de bivalves (Mollusca: Bivalvia) e gastrópodes (Mollusca: Gastropoda) da costa Portuguesa
| Resumo: | Os moluscos são um dos grupos mais diversos da vida marinha, e apresentam um papel importante nos sistemas ecológicos e na economia. No presente estudo, o nosso objetivo é contribuir para a implementação de uma biblioteca de referência de DNA barcodes para gastrópodes e bivalves estuarinos e marinhos da costa Portuguesa. Esta biblioteca de referência pode melhorar significativamente o processo de descoberta de espécies e na monitorização da biodiversidade através da implementação da abordagem do DNA barcoding. Os métodos taxonómicos tradicionais têm sido aplicados à identificação de espécies baseando-se unicamente em características morfológicas, o que se torna muitas vezes difícil e demorado. Neste contexto, a aplicação do DNA barcodes (isto é, sequências do gene da sub-unidade I do citocromo c oxidase - COI-5P) mostrou ser útil na determinação de espécies em vários taxa. Este trabalho iniciou a biblioteca de referência para espécies de gastrópodes e bivalves, compreendendo um total de 260 sequências de DNA barcodes, incluindo 156 sequências COI-5P geradas noutros projetos do nosso grupo de pesquisa. A este conjunto de dados foram adicionadas 104 sequências de COI-5P de bases de dados públicas (GenBank e BOLD) de espécies taxonómicamente próximas. Os valores médios das divergências intraespecíficas, congenéricas e confamiliares obtidas do nosso conjunto de dados foram 1,24% (0 a 29,8%), 8,91% (0,2 a 37,7%) e 14% (0 a 32,3%), respetivamente. Foram produzidos pela primeira vez DNA barcodes para cinco espécies (Calliostoma virescens, Cingula trifasciata, Gibbula delgadensis, Jujubinus pseudogravinae e Mitra cornea) e uma sub-espécie (Tricolia pullus azorica) de gastrópodes e para uma espécie de bivalve (Gari fervensis). Nos fenogramas construídos pelo método Neighbor-Joining 86% das espécies, com pelo menos dois espécimes, agruparam congruentemente em clados monofiléticos e com elevado grau de suporte. As 47 morfoespécies presentes neste estudo foram atribuídas a 53 BINs, que após revisão compreenderam, 44 BINs concordantes, 5 BINs discordantes e 4 singletons. O sistema de classificação foi aplicado à nossa biblioteca de referência, 64% das espécies apresentaram-se congruentes e concordantes externamente. Este trabalho confirmou a eficácia do DNA barcodes na identificação de espécies de bilvalves e gastrópodes da costa Portuguesa. Não obstante, foram detetadas algumas ambiguidades taxonómicas, assim como divergências genéticas consideráveis em alguns taxa, o que indica a necessidade de futuras revisões taxonómicas nestes grupos. |
|---|---|
| Autores principais: | Vilela, Ana Paula Peixoto |
| Assunto: | DNA barcodes COI-5P Bivalves Gastrópodes Portugal Gastropods |
| Ano: | 2015 |
| País: | Portugal |
| Tipo de documento: | dissertação de mestrado |
| Tipo de acesso: | acesso aberto |
| Instituição associada: | Universidade do Minho |
| Idioma: | português |
| Origem: | RepositóriUM - Universidade do Minho |
| Resumo: | Os moluscos são um dos grupos mais diversos da vida marinha, e apresentam um papel importante nos sistemas ecológicos e na economia. No presente estudo, o nosso objetivo é contribuir para a implementação de uma biblioteca de referência de DNA barcodes para gastrópodes e bivalves estuarinos e marinhos da costa Portuguesa. Esta biblioteca de referência pode melhorar significativamente o processo de descoberta de espécies e na monitorização da biodiversidade através da implementação da abordagem do DNA barcoding. Os métodos taxonómicos tradicionais têm sido aplicados à identificação de espécies baseando-se unicamente em características morfológicas, o que se torna muitas vezes difícil e demorado. Neste contexto, a aplicação do DNA barcodes (isto é, sequências do gene da sub-unidade I do citocromo c oxidase - COI-5P) mostrou ser útil na determinação de espécies em vários taxa. Este trabalho iniciou a biblioteca de referência para espécies de gastrópodes e bivalves, compreendendo um total de 260 sequências de DNA barcodes, incluindo 156 sequências COI-5P geradas noutros projetos do nosso grupo de pesquisa. A este conjunto de dados foram adicionadas 104 sequências de COI-5P de bases de dados públicas (GenBank e BOLD) de espécies taxonómicamente próximas. Os valores médios das divergências intraespecíficas, congenéricas e confamiliares obtidas do nosso conjunto de dados foram 1,24% (0 a 29,8%), 8,91% (0,2 a 37,7%) e 14% (0 a 32,3%), respetivamente. Foram produzidos pela primeira vez DNA barcodes para cinco espécies (Calliostoma virescens, Cingula trifasciata, Gibbula delgadensis, Jujubinus pseudogravinae e Mitra cornea) e uma sub-espécie (Tricolia pullus azorica) de gastrópodes e para uma espécie de bivalve (Gari fervensis). Nos fenogramas construídos pelo método Neighbor-Joining 86% das espécies, com pelo menos dois espécimes, agruparam congruentemente em clados monofiléticos e com elevado grau de suporte. As 47 morfoespécies presentes neste estudo foram atribuídas a 53 BINs, que após revisão compreenderam, 44 BINs concordantes, 5 BINs discordantes e 4 singletons. O sistema de classificação foi aplicado à nossa biblioteca de referência, 64% das espécies apresentaram-se congruentes e concordantes externamente. Este trabalho confirmou a eficácia do DNA barcodes na identificação de espécies de bilvalves e gastrópodes da costa Portuguesa. Não obstante, foram detetadas algumas ambiguidades taxonómicas, assim como divergências genéticas consideráveis em alguns taxa, o que indica a necessidade de futuras revisões taxonómicas nestes grupos. |
|---|