Publicação
DNA barcodes de peixes marinhos da Europa: compilação de uma biblioteca de referência validada e investigação de padrões de divergência genética
| Resumo: | Nos últimos anos foram publicadas várias bibliotecas de referência de DNA barcodes com foco regional para peixes marinhos europeus, mas ainda existe a ausência de uma avaliação global do progresso da compilação de uma biblioteca de referência para a ictiofauna europeia. Neste estudo foi reunida pela primeira vez uma biblioteca de referência abrangente e de grande escala para este grupo de organismos, a partir de todos os DNA barcodes publicamente disponíveis, com o objetivo de examinar e anotar a consistência e a confiança das amostras obtidas independentemente por vários estudos de várias regiões geográficas distintas. Foi compilado neste estudo um numeroso dataset compreendendo 4118 DNA barcodes de espécies de peixe marinhos amostrados na Europa, que foram reunidos a partir de 18 projetos na base de dados BOLD (Barcode of Life Data System), no total de 13 publicações e representando 358 espécies. Foi gerado um relatório de discordância de BINs (Barcode Index Number) para as sequências do dataset, de forma a atribuir unidades taxonómicas operacionais moleculares ao conjunto de sequências, produzindo 366 BINs dos quais 213 foram concordantes (1 BIN = 1 espécies), 141 discordantes e 12 singletons (1 BIN = 1 sequência). Inspeção pormenorizada da composição de cada BIN revelou a presença de potenciais artifícios (sinónimos, más identificações), resultando num máximo de 73% de identificações taxonómicas concordantes. Um número considerável de espécies com importância económica foram encontradas nas 14% das espécies com identificação ambígua. Quinze espécies apresentaram distância intraespecíficas relativamente elevadas, atingindo 18,5% e foram atribuídas a 36 BINs (entre 2 a 4 BINs por espécie). Este estudo demostrou que apenas cruzando dados de múltiplas fontes, num processo de compilação de uma biblioteca de referência de escala continental, foi possível desvendar casos pertinentes de incerteza taxonómica e diversidade específica oculta que de outra forma permaneceria despercebida. Os casos de profunda estrutura intraespecífica encontrados constituem informação significativa que precisa de ser anotada e considerada no monitoramento das espécies. O aperfeiçoamento do conhecimento da diversidade, o controlo de pescas ilegais e a autentificação dos produtos pescados são algumas das aplicações mais relevantes desta biblioteca de referência. |
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| Autores principais: | Oliveira, Luís Manuel Coelho |
| Assunto: | Peixes Europa DNA barcodes Fishes Europe |
| Ano: | 2015 |
| País: | Portugal |
| Tipo de documento: | dissertação de mestrado |
| Tipo de acesso: | acesso aberto |
| Instituição associada: | Universidade do Minho |
| Idioma: | português |
| Origem: | RepositóriUM - Universidade do Minho |
| Resumo: | Nos últimos anos foram publicadas várias bibliotecas de referência de DNA barcodes com foco regional para peixes marinhos europeus, mas ainda existe a ausência de uma avaliação global do progresso da compilação de uma biblioteca de referência para a ictiofauna europeia. Neste estudo foi reunida pela primeira vez uma biblioteca de referência abrangente e de grande escala para este grupo de organismos, a partir de todos os DNA barcodes publicamente disponíveis, com o objetivo de examinar e anotar a consistência e a confiança das amostras obtidas independentemente por vários estudos de várias regiões geográficas distintas. Foi compilado neste estudo um numeroso dataset compreendendo 4118 DNA barcodes de espécies de peixe marinhos amostrados na Europa, que foram reunidos a partir de 18 projetos na base de dados BOLD (Barcode of Life Data System), no total de 13 publicações e representando 358 espécies. Foi gerado um relatório de discordância de BINs (Barcode Index Number) para as sequências do dataset, de forma a atribuir unidades taxonómicas operacionais moleculares ao conjunto de sequências, produzindo 366 BINs dos quais 213 foram concordantes (1 BIN = 1 espécies), 141 discordantes e 12 singletons (1 BIN = 1 sequência). Inspeção pormenorizada da composição de cada BIN revelou a presença de potenciais artifícios (sinónimos, más identificações), resultando num máximo de 73% de identificações taxonómicas concordantes. Um número considerável de espécies com importância económica foram encontradas nas 14% das espécies com identificação ambígua. Quinze espécies apresentaram distância intraespecíficas relativamente elevadas, atingindo 18,5% e foram atribuídas a 36 BINs (entre 2 a 4 BINs por espécie). Este estudo demostrou que apenas cruzando dados de múltiplas fontes, num processo de compilação de uma biblioteca de referência de escala continental, foi possível desvendar casos pertinentes de incerteza taxonómica e diversidade específica oculta que de outra forma permaneceria despercebida. Os casos de profunda estrutura intraespecífica encontrados constituem informação significativa que precisa de ser anotada e considerada no monitoramento das espécies. O aperfeiçoamento do conhecimento da diversidade, o controlo de pescas ilegais e a autentificação dos produtos pescados são algumas das aplicações mais relevantes desta biblioteca de referência. |
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