Publicação
Inclusion of markers for detection of Candida auris species and panfungal markers in a multiplex-PCR assay for Candida species
| Resumo: | O desenvolvimento de metodologias moleculares mais sensíveis e automatizadas que fornecem resultados rápidos e precisos representa um grande progresso no diagnóstico de infeções fúngicas invasivas. A rápida deteção da presença de um agente patogénico é essencial para melhorar o desfecho clínico dos pacientes. Testes panfúngicos têm potencial para detetar vários fungos patogénicos, comuns ou emergentes. No entanto, é necessário aplicar técnicas adicionais para realizar identificação ao nível da espécie, estabelecer o plano terapêutico mais adequado e aumentar a sobrevivência dos pacientes. As infeções causadas por Candida, também conhecidas como Candidíases, são uma das infeções nosocomiais mais comuns causadas por fungos, sendo C. albicans a mais bem caracterizada. No entanto, espécies não-albicans, como C. glabrata, C. krusei, C. parapsilosis, C. tropicalis e C. auris, são consideradas uma ameaça global à saúde pública. C. auris é um fungo emergente multirresistente, responsável por vários surtos em todo o mundo, sendo descrito como particularmente perigoso em ambientes hospitalares. Além disso, os métodos laboratoriais convencionais falham frequentemente em identificar corretamente C. auris. Os principais objetivos desta tese foram incluir na metodologia de PCR em multiplex desenvolvida anteriormente, marcadores específicos para deteção de C. auris e um marcador panfúngico. Bem como avaliar a possibilidade de converter o painel multiplex “CandidaPanel” analisado por GeneScan em PCR quantitativo em tempo real. Neste estudo, foi possível incluir o marcador específico de C. auris e a metodologia atualizada foi adequada para a deteção e identificação específica de C. auris, mantendo a especificidade na identificação das restantes espécies do painel em multiplex. No entanto, o marcador panfúngico revelou-se incompatível com o marcador de C. auris, não sendo possível a sua inclusão no painel PCR em multiplex. Este painel também demonstrou capacidade de identificar diferentes espécies de Candida em infeções mistas simuladas e ainda de identificar corretamente C. auris, diretamente de colónias, por colony-PCR. Uma vez que os produtos de PCR obtidos para as espécies de Candida apresentaram temperaturas de fusão muito semelhantes, a conversão da metodologia multiplex para PCR quantitativo em tempo real baseada apenas em SYBR Green não foi possível. Este trabalho permitiu a inclusão do marcador de C. auris, no painel multiplex “CandidaPanel”, permitindo a identificação específica desta espécie multirresistente e auxiliando o seu diagnóstico. |
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| Autores principais: | Santos, Helena Isabel Passos dos |
| Assunto: | Candida Candida auris Panfúngicos Diagnóstico PCR Panfungal Diagnosis Ciências Naturais::Ciências Biológicas |
| Ano: | 2022 |
| País: | Portugal |
| Tipo de documento: | dissertação de mestrado |
| Tipo de acesso: | acesso aberto |
| Instituição associada: | Universidade do Minho |
| Idioma: | inglês |
| Origem: | RepositóriUM - Universidade do Minho |
| Resumo: | O desenvolvimento de metodologias moleculares mais sensíveis e automatizadas que fornecem resultados rápidos e precisos representa um grande progresso no diagnóstico de infeções fúngicas invasivas. A rápida deteção da presença de um agente patogénico é essencial para melhorar o desfecho clínico dos pacientes. Testes panfúngicos têm potencial para detetar vários fungos patogénicos, comuns ou emergentes. No entanto, é necessário aplicar técnicas adicionais para realizar identificação ao nível da espécie, estabelecer o plano terapêutico mais adequado e aumentar a sobrevivência dos pacientes. As infeções causadas por Candida, também conhecidas como Candidíases, são uma das infeções nosocomiais mais comuns causadas por fungos, sendo C. albicans a mais bem caracterizada. No entanto, espécies não-albicans, como C. glabrata, C. krusei, C. parapsilosis, C. tropicalis e C. auris, são consideradas uma ameaça global à saúde pública. C. auris é um fungo emergente multirresistente, responsável por vários surtos em todo o mundo, sendo descrito como particularmente perigoso em ambientes hospitalares. Além disso, os métodos laboratoriais convencionais falham frequentemente em identificar corretamente C. auris. Os principais objetivos desta tese foram incluir na metodologia de PCR em multiplex desenvolvida anteriormente, marcadores específicos para deteção de C. auris e um marcador panfúngico. Bem como avaliar a possibilidade de converter o painel multiplex “CandidaPanel” analisado por GeneScan em PCR quantitativo em tempo real. Neste estudo, foi possível incluir o marcador específico de C. auris e a metodologia atualizada foi adequada para a deteção e identificação específica de C. auris, mantendo a especificidade na identificação das restantes espécies do painel em multiplex. No entanto, o marcador panfúngico revelou-se incompatível com o marcador de C. auris, não sendo possível a sua inclusão no painel PCR em multiplex. Este painel também demonstrou capacidade de identificar diferentes espécies de Candida em infeções mistas simuladas e ainda de identificar corretamente C. auris, diretamente de colónias, por colony-PCR. Uma vez que os produtos de PCR obtidos para as espécies de Candida apresentaram temperaturas de fusão muito semelhantes, a conversão da metodologia multiplex para PCR quantitativo em tempo real baseada apenas em SYBR Green não foi possível. Este trabalho permitiu a inclusão do marcador de C. auris, no painel multiplex “CandidaPanel”, permitindo a identificação específica desta espécie multirresistente e auxiliando o seu diagnóstico. |
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