Publicação

Caracterização genotípica de isolados de Mycobacterium tuberculosis em Lisboa e desenvolvimento de um método rápido de deteção baseado em PCR para estirpes Lisboa3 E Q1

Detalhes bibliográficos
Resumo:	A tuberculose (TB) persiste como um importante desafio ao nível de saúde pública e continua a reunir esforços e atenções no que toca à sua monitorização e evolução epidemiológica apesar de presentemente constituir um risco menor neste domínio. Contudo a TB multirresistente (MDR-TB) suscita ainda muita inquietação pela acrescida resistência a antibióticos e facilidade de disseminação, e no caso concreto de Portugal, mesmo tendo em conta a melhoria da situação epidemiológica ao longo das últimas três décadas, a MDR-TB carece de dados concretos e de estratégias delineadas para o combate da mesma. Neste trabalho pretendeu-se desenvolver um método rápido de caracterização genotípica para estirpes de reconhecido interesse epidemiológico e caracterizar do ponto de vista da epidemiologia molecular um conjunto de isolados clínicos provenientes de unidades de saúde da Região de Saúde de Lisboa. A região de Lisboa, a par da região do Porto, é uma região que ainda é afetada de forma significativa pela TB, com os últimos dados a apontarem para uma taxa de notificação de 20,3 casos por 100 000 habitantes. Estudos anteriores revelam também a existência de duas estirpes multirresistentes em circulação nesta região e com reconhecida importância epidemiológica: Lisboa3 e Q1. O presente estudo compreendeu duas fases, em que numa primeira fase se procurou otimizar e validar um método de caracterização genotípica rápida baseada em ARMS PCR (Amplification-Refratory Mutation System PCR) e PCR multiplex com amplificação dirigida a uma sub-região da IS6110 (característica do complexo Mycobacterium tuberculosis), ao polimorfismo fbpc103 específico da sub-linhagem LAM (da qual fazem parte as estirpes Q1 e Lisboa3) e, para os SNP´s específicos das estirpes Lisboa3 e Q1. A segunda fase do estudo, executada após a validação do método, baseou se na descrição e caracterização genotípica de 28 isolados provenientes de unidades de saúde em Lisboa durante os últimos oito anos. Os resultados obtidos mostraram a existência de nove isolados pertencentes à família LAM, sendo um isolado pertencente à família Q1 e um outro isolado pertencente à família Lisboa3. Como método complementar ao desenvolvimento do PCR Multiplex, a técnica MIRU VNTR foi usada para a genotipagem e caracterização da clonalidade dos isolados estudados. Foi detetado um cluster dentro do conjunto de isolados analisados não associado a estirpes Lisboa3 nem Q1. O perfil alélico obtido para o isolado positivo para Lisboa3 pela metodologia PCR Multiplex é extremamente semelhante ao perfil alélico característico de estirpes Lisboa3, e três dos isolados analisados apresentam outros perfis alélicos com forte grau de associação a outras linhagens com cada vez mais preponderância no contexto europeu, como é o caso de Haarlem, S e Beijing.
Autores principais:	MARTINS, David Alexandre da Silva
Assunto:	Microbiologia médica Tuberculose Saúde pública Resistência a antibióticos PCR Lisboa3 MDR MIRU-VNTR Q1 Portugal Biologia molecular
Ano:	2023
País:	Portugal
Tipo de documento:	dissertação de mestrado
Tipo de acesso:	acesso aberto
Instituição associada:	Universidade Nova de Lisboa
Idioma:	português
Origem:	Repositório Institucional da UNL

Descrição
Resumo:	A tuberculose (TB) persiste como um importante desafio ao nível de saúde pública e continua a reunir esforços e atenções no que toca à sua monitorização e evolução epidemiológica apesar de presentemente constituir um risco menor neste domínio. Contudo a TB multirresistente (MDR-TB) suscita ainda muita inquietação pela acrescida resistência a antibióticos e facilidade de disseminação, e no caso concreto de Portugal, mesmo tendo em conta a melhoria da situação epidemiológica ao longo das últimas três décadas, a MDR-TB carece de dados concretos e de estratégias delineadas para o combate da mesma. Neste trabalho pretendeu-se desenvolver um método rápido de caracterização genotípica para estirpes de reconhecido interesse epidemiológico e caracterizar do ponto de vista da epidemiologia molecular um conjunto de isolados clínicos provenientes de unidades de saúde da Região de Saúde de Lisboa. A região de Lisboa, a par da região do Porto, é uma região que ainda é afetada de forma significativa pela TB, com os últimos dados a apontarem para uma taxa de notificação de 20,3 casos por 100 000 habitantes. Estudos anteriores revelam também a existência de duas estirpes multirresistentes em circulação nesta região e com reconhecida importância epidemiológica: Lisboa3 e Q1. O presente estudo compreendeu duas fases, em que numa primeira fase se procurou otimizar e validar um método de caracterização genotípica rápida baseada em ARMS PCR (Amplification-Refratory Mutation System PCR) e PCR multiplex com amplificação dirigida a uma sub-região da IS6110 (característica do complexo Mycobacterium tuberculosis), ao polimorfismo fbpc103 específico da sub-linhagem LAM (da qual fazem parte as estirpes Q1 e Lisboa3) e, para os SNP´s específicos das estirpes Lisboa3 e Q1. A segunda fase do estudo, executada após a validação do método, baseou se na descrição e caracterização genotípica de 28 isolados provenientes de unidades de saúde em Lisboa durante os últimos oito anos. Os resultados obtidos mostraram a existência de nove isolados pertencentes à família LAM, sendo um isolado pertencente à família Q1 e um outro isolado pertencente à família Lisboa3. Como método complementar ao desenvolvimento do PCR Multiplex, a técnica MIRU VNTR foi usada para a genotipagem e caracterização da clonalidade dos isolados estudados. Foi detetado um cluster dentro do conjunto de isolados analisados não associado a estirpes Lisboa3 nem Q1. O perfil alélico obtido para o isolado positivo para Lisboa3 pela metodologia PCR Multiplex é extremamente semelhante ao perfil alélico característico de estirpes Lisboa3, e três dos isolados analisados apresentam outros perfis alélicos com forte grau de associação a outras linhagens com cada vez mais preponderância no contexto europeu, como é o caso de Haarlem, S e Beijing.