Publicação
Desenvolvimento de aplicação web para visualização e análise genética microbiana
| Resumo: | Com o realizar desta tese pretende-se o desenvolvimento de um sistema de informação (GIN - Genome Inspector) com base numa arquitectura web para análise genómica de bactérias. A aplicação desenvolvida deve ser capaz, com base nos ficheiros com as sequências genómicas anotadas de bactérias e archaea, de permitir a criação de mapas genómicos globais individuais, circulares e/ou lineares, onde estão colocados em evidência alguns genes, estando claramente assinalada a sua posição no genoma e orientação. Permite também a criação de mapas genómicos globais múltiplos de modo a ter a comparação visual de vários mapas individuais. Com base nas ferramentas disponíveis no GIN será possível trabalhar o resultado fornecido em programas de alinhamentos múltiplos. Esses alinhamentos também são possíveis de fazer na nossa aplicação. Com esse mesmo resultado também será possível perceber qualquer alteração genómica entre as várias bactérias anotadas nos ficheiros por nós criados. Todo o desenvolvimento deste sistema de informação foi feito de raiz e envolveu um processamento de formatos de dados complexos, procedimentos de organização de dados para o uso de ferramentas específicas (Ex: BLAST, MUSCLE) com requisitos rigorosos de dados e ao mesmo tempo uma base de dados relacional coerente. O Desenvolvimento web desta aplicação envolveu o uso de complexos procedimentos gráficos e modelos de interação que exigiram uma forte ênfase na aplicação de tecnologias HTML5 e AJAX. pretende-se uma continuidade e evolução, uma vez que este sistema demonstrou ser bastante úti para a utilização na resolução de problemas na área de análise genómica de bactérias. |
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| Autores principais: | Reis, João Miguel Próspero Marques |
| Assunto: | Sistemas de informação Bioinformática Aplicações web Genómica Análise de sequências Teses de mestrado - 2012 |
| Ano: | 2012 |
| País: | Portugal |
| Tipo de documento: | dissertação de mestrado |
| Tipo de acesso: | acesso aberto |
| Instituição associada: | Universidade de Lisboa |
| Idioma: | português |
| Origem: | Repositório da Universidade de Lisboa |
| Resumo: | Com o realizar desta tese pretende-se o desenvolvimento de um sistema de informação (GIN - Genome Inspector) com base numa arquitectura web para análise genómica de bactérias. A aplicação desenvolvida deve ser capaz, com base nos ficheiros com as sequências genómicas anotadas de bactérias e archaea, de permitir a criação de mapas genómicos globais individuais, circulares e/ou lineares, onde estão colocados em evidência alguns genes, estando claramente assinalada a sua posição no genoma e orientação. Permite também a criação de mapas genómicos globais múltiplos de modo a ter a comparação visual de vários mapas individuais. Com base nas ferramentas disponíveis no GIN será possível trabalhar o resultado fornecido em programas de alinhamentos múltiplos. Esses alinhamentos também são possíveis de fazer na nossa aplicação. Com esse mesmo resultado também será possível perceber qualquer alteração genómica entre as várias bactérias anotadas nos ficheiros por nós criados. Todo o desenvolvimento deste sistema de informação foi feito de raiz e envolveu um processamento de formatos de dados complexos, procedimentos de organização de dados para o uso de ferramentas específicas (Ex: BLAST, MUSCLE) com requisitos rigorosos de dados e ao mesmo tempo uma base de dados relacional coerente. O Desenvolvimento web desta aplicação envolveu o uso de complexos procedimentos gráficos e modelos de interação que exigiram uma forte ênfase na aplicação de tecnologias HTML5 e AJAX. pretende-se uma continuidade e evolução, uma vez que este sistema demonstrou ser bastante úti para a utilização na resolução de problemas na área de análise genómica de bactérias. |
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