Publicação

Contribution for the knowledge on curable sexually transmitted infections with special emphasis on Chlamydia trachomatis

Detalhes bibliográficos
Resumo:	Introdução e objetivos: As infeções sexualmente transmissíveis (ISTs) abrangem um amplo conjunto de síndromes com quadros clínicos variados que vão desde a ausência de sintomas até grave morbilidade, incluindo a própria morte. Existem mais de 30 agentes patogénicos de origem bacteriana, viral ou parasitária, que podem ser transmitidos de uma pessoa para outra durante o ato sexual. As ISTs estão entre as condições agudas mais comuns no mundo, sendo Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Trichomonas vaginalis e Mycoplasma genitalium as quatro principais causas de ISTs curáveis, sendo responsáveis por uretrite, cervicite, vaginite e proctite. Em Portugal, não há dados sobre a prevalência destas ISTs, desconhecendo-se o seu respetivo impacto para saúde pública. Deste modo, a presente dissertação teve por objetivo: a) o estudo da prevalência dos quatro microrganismos acima referidos no contexto de uma consulta de ISTs (Unidade de consulta de DST/CAD da Lapa); b) a análise da variabilidade genética do gene usado para genotipagem de C. trachomatis, ompA, o qual codifica a principal proteína da membrana externa de C. trachomatis, com vista a caracterizar as diferenças genéticas entre estirpes, as quais podem estar subjacentes a um processo contínuo de evolução e adaptação desta bactéria. Foram usadas as estirpes reunidas pelo laboratório de acolhimento ao longo de um período de 27 anos; c) o estudo da variabilidade intra-estirpes de C. trachomatis, de alvos potencialmente associados à variação de fase e à adaptação bacteriana no contexto da infeção in vivo. A variação de fase, que pode ser causada por mutações reversíveis que influenciam a expressão génica e a sua função, é conhecida por ser essencial para a adaptação e virulência de algumas bactérias, mas pouco se sabe sobre o seu eventual papel na biologia e na patogenicidade de C. trachomatis. Materiais e Métodos: a) Foram avaliadas 1034 amostras biológicas colhidas na consulta DST/CAD Lapa, durante o período de tempo compreendido entre Setembro de 2016 e Setembro de 2017, relativamente à presença de C. trachomatis, N. gonorrhoeae, T. vaginalis e M. genitalium, utilizando dois sistemas de PCR em tempo real, Cobas® 4800 CT/NG (Roche Sistemas de Diagnóstico) e SDiaMGTVTM (Diagenode); b) Foi efetuada genotipagem-ompA de 370 amostras utilizando uma técnica de nested-PCR, seguida de sequenciação pelo método de Sanger e a análise de similaridade das sequências genéticas obtidas relativamente à sequência ompA de estirpes protótipo de C. trachomatis. Posteriormente, essas amostras foram incluídas na base de dados do laboratório de acolhimento, num total de 2579 estirpes de C. trachomatis reunidas entre 1990 e 2017, tendo sido analisada toda a colecção relativamente ao genótipo ompA, ao género, à localização anatómica da infeção e à distribuição das variantes genotípicas; c) Foram analisadas 167 amostras (96 amostras de DNA selecionadas de entre as constantes na base de dados de C. trachomatis do laboratório, juntamente com um conjunto de 71 amostras para as quais os dados de sequenciação total do genoma tinham sido recentemente disponibilizados) relativamente a 12 tratos homopoliméricos potencialmente variáveis no genoma desta bactéria, através de uma técnica com base na sequenciação de nova geração (NGS), de produtos de amplificação (amplicões). Resultados: a) Um quinto da população estudada estava infetada por pelo menos uma IST, tendo sido C. trachomatis a mais frequentemente detetada, seguida por N. gonorrhoeae, M. genitalium e T. vaginalis. Os indivíduos do sexo masculino revelaram-se mais frequentemente infetados que as mulheres, com especial ênfase para os indivíduos com idades compreendidas entre os 25 e os 34 anos, e para os indivíduos com mais de um parceiro sexual. No nosso estudo, N. gonorrhoeae foi a segunda IST mais frequente, sendo que os homens contribuíram com mais de dois terços dos casos e que cerca de metade deles eram homens que faziam sexo com homens (HSH); b) A genotipagem-ompA de estirpes clínicas de C. trachomatis evidenciou 12 genótipos-ompA, de entre os quais os genótipos E e F foram os mais frequentes, enquanto os genótipos B e o C foram os mais raros. Os genótipos G e L2 foram muito mais comuns nos homens do que nas mulheres, tendo sido o endocervix/uretra o local anatómico onde mais frequentemente se efetuou a pesquisa e, consequentemente, se detetou a infeção. Aliás, o endocervix/uretra foi o único local anatómico onde os 12 genótipos foram detetados; c) Os resultados deste estudo revelaram diferentes perfis de variação intra- e inter-paciente para os poli (Ns) estudados, os quais inequivocamente sublinham o papel de um homopolímero em desencadear mecanismos reversíveis de "ON/OFF" da citotoxina de C. trachomatis (CT166) in vivo. Foram ainda identificados outros novos potenciais mediadores de mecanismos de variação de fase em C. trachomatis. Discussão: a) De acordo com os dados de prevalência de ISTs nos EUA e na Europa, nos quais C. trachomatis é descrita como a IST bacteriana mais frequente, e com o aumento do número de casos que têm sido descritos nos últimos anos, era esperado que C. trachomatis fosse a IST mais frequentemente detetada na população estudada. No entanto, as taxas de prevalência podem subestimar a verdadeira dimensão desta infeção dado o seu caráter assintomático. Por outro lado, a sua maior frequência pode também ser apenas um reflexo da melhoria dos sistemas de vigilância das ISTs, em muitos países, muitas vezes suportados por estudos de rastreio em populações assintomáticas; tais estudos são facilitados pela disponibilidade de melhores ferramentas de diagnóstico laboratorial (sensibilidade e especificidade próximas dos 100%). O número de casos positivos de ISTs na região anorretal e na orofaringe, testadas apenas em HSH, justificam a necessidade de alargar o diagnóstico a esses locais anatómicos em homens heterossexuais e em mulheres. Deste modo, e considerando que este estudo envolveu pacientes de apenas uma consulta IST, é de salientar a necessidade de uma avaliação a nível nacional, uma vez que até à data a prevalência destas ISTs na população portuguesa é desconhecida; b) A elevada frequência dos genótipos-ompA E e F, e a menor ocorrência de estirpes variantes nas estirpes destes genótipos, sugere uma melhor adaptação desses genótipos; tal situação favorecerá que não sejam reconhecidos pelos mecanismos de defesa do hospedeiro e que não sejam eliminados pelos sistemas de defesa do hospedeiro, facilitando a sua disseminação e justificando o seu predomínio em termos epidemiológicos, em detrimento doutros genótipos-ompA. No entanto, são necessários estudos envolvendo o genoma total de estirpes clínicas de C. trachomatis, que deverão ser acompanhados pela análise dos respetivos dados clínicos, para uma mais completa compreensão das características genéticas de C. trachomatis e a sua relação com o desenvolvimento de patologia; c) Este estudo enriquece o conhecimento sobre a variabilidade intra-paciente de tratos homopoliméricos potencialmente mediadores de mecanismos de variação de fase, consolidando a hipótese de que a funcionalidade da conhecida citotoxina de C. trachomatis (CT166), durante o processo infecioso, será regulada por mecanismos de variação de fase, o que ficou evidenciado pela elevada variabilidade inter e intra-paciente. Por outro lado, foi também possível demonstrar, pela primeira vez, que existem outros tratos homopoliméricos com variabilidade intra-estirpe para além do referido acima. É de destacar a necessidade de se alargar esta abordagem, utilizando-se um conjunto mais homogéneo e amplo de amostras de C. trachomatis, considerando também os respetivos dados clínicos e os genes relacionados putativamente com mecanismos de variação de fase, de modo a consolidar algumas das hipóteses suscitadas no decurso da presente dissertação de mestrado.
Autores principais:	Lodhia, Zohra Gulzar
Assunto:	Infeções sexualmente transmissíveis curáveis C. trachomatis Genótipos-ompA Variação de fase Homopolímeros Teses de mestrado - 2017
Ano:	2017
País:	Portugal
Tipo de documento:	dissertação de mestrado
Tipo de acesso:	acesso aberto
Instituição associada:	Universidade de Lisboa
Idioma:	inglês
Origem:	Repositório da Universidade de Lisboa

Descrição
Resumo:	Introdução e objetivos: As infeções sexualmente transmissíveis (ISTs) abrangem um amplo conjunto de síndromes com quadros clínicos variados que vão desde a ausência de sintomas até grave morbilidade, incluindo a própria morte. Existem mais de 30 agentes patogénicos de origem bacteriana, viral ou parasitária, que podem ser transmitidos de uma pessoa para outra durante o ato sexual. As ISTs estão entre as condições agudas mais comuns no mundo, sendo Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Trichomonas vaginalis e Mycoplasma genitalium as quatro principais causas de ISTs curáveis, sendo responsáveis por uretrite, cervicite, vaginite e proctite. Em Portugal, não há dados sobre a prevalência destas ISTs, desconhecendo-se o seu respetivo impacto para saúde pública. Deste modo, a presente dissertação teve por objetivo: a) o estudo da prevalência dos quatro microrganismos acima referidos no contexto de uma consulta de ISTs (Unidade de consulta de DST/CAD da Lapa); b) a análise da variabilidade genética do gene usado para genotipagem de C. trachomatis, ompA, o qual codifica a principal proteína da membrana externa de C. trachomatis, com vista a caracterizar as diferenças genéticas entre estirpes, as quais podem estar subjacentes a um processo contínuo de evolução e adaptação desta bactéria. Foram usadas as estirpes reunidas pelo laboratório de acolhimento ao longo de um período de 27 anos; c) o estudo da variabilidade intra-estirpes de C. trachomatis, de alvos potencialmente associados à variação de fase e à adaptação bacteriana no contexto da infeção in vivo. A variação de fase, que pode ser causada por mutações reversíveis que influenciam a expressão génica e a sua função, é conhecida por ser essencial para a adaptação e virulência de algumas bactérias, mas pouco se sabe sobre o seu eventual papel na biologia e na patogenicidade de C. trachomatis. Materiais e Métodos: a) Foram avaliadas 1034 amostras biológicas colhidas na consulta DST/CAD Lapa, durante o período de tempo compreendido entre Setembro de 2016 e Setembro de 2017, relativamente à presença de C. trachomatis, N. gonorrhoeae, T. vaginalis e M. genitalium, utilizando dois sistemas de PCR em tempo real, Cobas® 4800 CT/NG (Roche Sistemas de Diagnóstico) e SDiaMGTVTM (Diagenode); b) Foi efetuada genotipagem-ompA de 370 amostras utilizando uma técnica de nested-PCR, seguida de sequenciação pelo método de Sanger e a análise de similaridade das sequências genéticas obtidas relativamente à sequência ompA de estirpes protótipo de C. trachomatis. Posteriormente, essas amostras foram incluídas na base de dados do laboratório de acolhimento, num total de 2579 estirpes de C. trachomatis reunidas entre 1990 e 2017, tendo sido analisada toda a colecção relativamente ao genótipo ompA, ao género, à localização anatómica da infeção e à distribuição das variantes genotípicas; c) Foram analisadas 167 amostras (96 amostras de DNA selecionadas de entre as constantes na base de dados de C. trachomatis do laboratório, juntamente com um conjunto de 71 amostras para as quais os dados de sequenciação total do genoma tinham sido recentemente disponibilizados) relativamente a 12 tratos homopoliméricos potencialmente variáveis no genoma desta bactéria, através de uma técnica com base na sequenciação de nova geração (NGS), de produtos de amplificação (amplicões). Resultados: a) Um quinto da população estudada estava infetada por pelo menos uma IST, tendo sido C. trachomatis a mais frequentemente detetada, seguida por N. gonorrhoeae, M. genitalium e T. vaginalis. Os indivíduos do sexo masculino revelaram-se mais frequentemente infetados que as mulheres, com especial ênfase para os indivíduos com idades compreendidas entre os 25 e os 34 anos, e para os indivíduos com mais de um parceiro sexual. No nosso estudo, N. gonorrhoeae foi a segunda IST mais frequente, sendo que os homens contribuíram com mais de dois terços dos casos e que cerca de metade deles eram homens que faziam sexo com homens (HSH); b) A genotipagem-ompA de estirpes clínicas de C. trachomatis evidenciou 12 genótipos-ompA, de entre os quais os genótipos E e F foram os mais frequentes, enquanto os genótipos B e o C foram os mais raros. Os genótipos G e L2 foram muito mais comuns nos homens do que nas mulheres, tendo sido o endocervix/uretra o local anatómico onde mais frequentemente se efetuou a pesquisa e, consequentemente, se detetou a infeção. Aliás, o endocervix/uretra foi o único local anatómico onde os 12 genótipos foram detetados; c) Os resultados deste estudo revelaram diferentes perfis de variação intra- e inter-paciente para os poli (Ns) estudados, os quais inequivocamente sublinham o papel de um homopolímero em desencadear mecanismos reversíveis de "ON/OFF" da citotoxina de C. trachomatis (CT166) in vivo. Foram ainda identificados outros novos potenciais mediadores de mecanismos de variação de fase em C. trachomatis. Discussão: a) De acordo com os dados de prevalência de ISTs nos EUA e na Europa, nos quais C. trachomatis é descrita como a IST bacteriana mais frequente, e com o aumento do número de casos que têm sido descritos nos últimos anos, era esperado que C. trachomatis fosse a IST mais frequentemente detetada na população estudada. No entanto, as taxas de prevalência podem subestimar a verdadeira dimensão desta infeção dado o seu caráter assintomático. Por outro lado, a sua maior frequência pode também ser apenas um reflexo da melhoria dos sistemas de vigilância das ISTs, em muitos países, muitas vezes suportados por estudos de rastreio em populações assintomáticas; tais estudos são facilitados pela disponibilidade de melhores ferramentas de diagnóstico laboratorial (sensibilidade e especificidade próximas dos 100%). O número de casos positivos de ISTs na região anorretal e na orofaringe, testadas apenas em HSH, justificam a necessidade de alargar o diagnóstico a esses locais anatómicos em homens heterossexuais e em mulheres. Deste modo, e considerando que este estudo envolveu pacientes de apenas uma consulta IST, é de salientar a necessidade de uma avaliação a nível nacional, uma vez que até à data a prevalência destas ISTs na população portuguesa é desconhecida; b) A elevada frequência dos genótipos-ompA E e F, e a menor ocorrência de estirpes variantes nas estirpes destes genótipos, sugere uma melhor adaptação desses genótipos; tal situação favorecerá que não sejam reconhecidos pelos mecanismos de defesa do hospedeiro e que não sejam eliminados pelos sistemas de defesa do hospedeiro, facilitando a sua disseminação e justificando o seu predomínio em termos epidemiológicos, em detrimento doutros genótipos-ompA. No entanto, são necessários estudos envolvendo o genoma total de estirpes clínicas de C. trachomatis, que deverão ser acompanhados pela análise dos respetivos dados clínicos, para uma mais completa compreensão das características genéticas de C. trachomatis e a sua relação com o desenvolvimento de patologia; c) Este estudo enriquece o conhecimento sobre a variabilidade intra-paciente de tratos homopoliméricos potencialmente mediadores de mecanismos de variação de fase, consolidando a hipótese de que a funcionalidade da conhecida citotoxina de C. trachomatis (CT166), durante o processo infecioso, será regulada por mecanismos de variação de fase, o que ficou evidenciado pela elevada variabilidade inter e intra-paciente. Por outro lado, foi também possível demonstrar, pela primeira vez, que existem outros tratos homopoliméricos com variabilidade intra-estirpe para além do referido acima. É de destacar a necessidade de se alargar esta abordagem, utilizando-se um conjunto mais homogéneo e amplo de amostras de C. trachomatis, considerando também os respetivos dados clínicos e os genes relacionados putativamente com mecanismos de variação de fase, de modo a consolidar algumas das hipóteses suscitadas no decurso da presente dissertação de mestrado.