Publicação

Caracterização genómica de Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis responsável por infeção invasiva no Homem

Detalhes bibliográficos
Resumo:	Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis (SDSE) é uma espécie de estreptococos beta-hemolíticos, dos grupos C ou G de Lancefield, de importância crescente como agente patogénico humano, principalmente em doentes idosos e com comorbidades. SDSE é agente etiológico de várias infeções da pele e tecidos moles, faringo-amigdalite e infeções mais graves, como bacteriemia, fasceíte necrotizante ou a síndrome do choque tóxico estreptocócico (STSS). O objetivo deste estudo foi a definição das linhagens clonais de SDSE predominantes em infeção invasiva em Portugal, com ênfase na identificação de fatores que possam influenciar a prevalência e a virulência dessas linhagens. Neste sentido, uma coleção de 316 estirpes SDSE de infeções invasivas no Homem, isoladas entre 2011 a 2017 em Portugal, foram caraterizadas através de métodos fenotípicos – determinação do grupo de Lancefield e suscetibilidade a antimicrobianos – e genotípicos – tipagem do gene emm e sequenciação de alto débito. Esta última foi usada para determinar perfis alélicos de “multilocus sequence type” (MLST) convencional e “core genome” (cgMLST), fatores de virulência e determinantes de resistência. As infeções invasivas por SDSE em Portugal afetaram maioritariamente doentes idosos (média de 69,5 anos) do sexo masculino (58,2%). A maioria das estirpes pertencia ao grupo G de Lancefield (n=226, 71,5%), seguido dos grupos C 89 (n=89, 28,2%) e L (n=1, 0,3%). A tipagem do gene emm e a análise por MLST evidenciaram uma elevada diversidade genética das estirpes, com 25 tipos emm e 76 tipos de sequência (STs) definidos por MLST. Os STs foram agrupados em 16 complexos clonais (CCs), dos quais CC17 (n=101, 32,0%), CC20 (n=78, 24,7%) e CC29 (n=56, 17,7%) se destacaram como os mais frequentes. Enquanto os CC17 e CC29 incluíam estirpes do grupo G de Lancefield com vários tipos emm, o complexo clonal CC20 era composto por estirpes exclusivamente do grupo C de Lancefield e maioritariamente do tipo emm stG62647, o mais frequente (26,6%) do estudo. A análise por cgMLST confirmou estes três CCs como as três principais linhagens clonais entre as estirpes de SDSE responsáveis por infeção invasiva em Portugal. A pesquisa de genes associados à virulência nos genomas de SDSE mostrou que os genes emm, fbp54, hasC, gapC e o operão da SLS estavam presentes em todas as estirpes e os genes lmb, ska, slo e nga na grande maioria. O gene speG foi o único gene de exotoxinas pirogénicas detetado, estando presente em 177 (56,0%) estirpes e apresentando uma distribuição clonal. Entre os sistemas reguladores identificados, covRS e fasCAX estavam presentes em todas as estirpes, enquanto o sil tinha uma presença variável, estando ausente nos dois principais CCs identificados, CC17 e CC20. As estirpes invasivas de SDSE apresentaram resistência à eritromicina (30,1%), tetraciclina (16,1%), clindamicina (8,2%), levofloxacina (3,8%) e aminoglicosídeos (3,2%). A maioria das estirpes resistentes à eritromicina apresentava um fenótipo iMLSB conferido pelo gene ermA e estava associada às estirpes do CC17 (p<0,001). Observou-se uma redução da taxa de resistência à tetraciclina ao longo do tempo (p=0,01), a qual foi maioritariamente conferida pelo gene tetM e associada a CC15 (p<0,001), A análise genómica das estirpes de SDSE demonstrou uma diversidade genética considerável das estirpes causadoras de infeção invasiva em Portugal, em que um número limitado de linhagens clonais altamente prevalentes na população se destacam. Diferenças na distribuição de genes associados à virulência e nos reguladores desses genes foram detetados entre linhagens clonais. Entre as principais linhagens clonais identificadas, algumas apresentavam resistências expressivas aos antimicrobianos, justificando a sua monitorização futura.
Autores principais:	Castro, Ana Carolina Santos Rodrigues de
Assunto:	Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis Infeção invasiva Sequenciação de alto débito Tipagem Antimicrobianos Teses de mestrado - 2020
Ano:	2020
País:	Portugal
Tipo de documento:	dissertação de mestrado
Tipo de acesso:	acesso aberto
Instituição associada:	Universidade de Lisboa
Idioma:	português
Origem:	Repositório da Universidade de Lisboa

Descrição
Resumo:	Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis (SDSE) é uma espécie de estreptococos beta-hemolíticos, dos grupos C ou G de Lancefield, de importância crescente como agente patogénico humano, principalmente em doentes idosos e com comorbidades. SDSE é agente etiológico de várias infeções da pele e tecidos moles, faringo-amigdalite e infeções mais graves, como bacteriemia, fasceíte necrotizante ou a síndrome do choque tóxico estreptocócico (STSS). O objetivo deste estudo foi a definição das linhagens clonais de SDSE predominantes em infeção invasiva em Portugal, com ênfase na identificação de fatores que possam influenciar a prevalência e a virulência dessas linhagens. Neste sentido, uma coleção de 316 estirpes SDSE de infeções invasivas no Homem, isoladas entre 2011 a 2017 em Portugal, foram caraterizadas através de métodos fenotípicos – determinação do grupo de Lancefield e suscetibilidade a antimicrobianos – e genotípicos – tipagem do gene emm e sequenciação de alto débito. Esta última foi usada para determinar perfis alélicos de “multilocus sequence type” (MLST) convencional e “core genome” (cgMLST), fatores de virulência e determinantes de resistência. As infeções invasivas por SDSE em Portugal afetaram maioritariamente doentes idosos (média de 69,5 anos) do sexo masculino (58,2%). A maioria das estirpes pertencia ao grupo G de Lancefield (n=226, 71,5%), seguido dos grupos C 89 (n=89, 28,2%) e L (n=1, 0,3%). A tipagem do gene emm e a análise por MLST evidenciaram uma elevada diversidade genética das estirpes, com 25 tipos emm e 76 tipos de sequência (STs) definidos por MLST. Os STs foram agrupados em 16 complexos clonais (CCs), dos quais CC17 (n=101, 32,0%), CC20 (n=78, 24,7%) e CC29 (n=56, 17,7%) se destacaram como os mais frequentes. Enquanto os CC17 e CC29 incluíam estirpes do grupo G de Lancefield com vários tipos emm, o complexo clonal CC20 era composto por estirpes exclusivamente do grupo C de Lancefield e maioritariamente do tipo emm stG62647, o mais frequente (26,6%) do estudo. A análise por cgMLST confirmou estes três CCs como as três principais linhagens clonais entre as estirpes de SDSE responsáveis por infeção invasiva em Portugal. A pesquisa de genes associados à virulência nos genomas de SDSE mostrou que os genes emm, fbp54, hasC, gapC e o operão da SLS estavam presentes em todas as estirpes e os genes lmb, ska, slo e nga na grande maioria. O gene speG foi o único gene de exotoxinas pirogénicas detetado, estando presente em 177 (56,0%) estirpes e apresentando uma distribuição clonal. Entre os sistemas reguladores identificados, covRS e fasCAX estavam presentes em todas as estirpes, enquanto o sil tinha uma presença variável, estando ausente nos dois principais CCs identificados, CC17 e CC20. As estirpes invasivas de SDSE apresentaram resistência à eritromicina (30,1%), tetraciclina (16,1%), clindamicina (8,2%), levofloxacina (3,8%) e aminoglicosídeos (3,2%). A maioria das estirpes resistentes à eritromicina apresentava um fenótipo iMLSB conferido pelo gene ermA e estava associada às estirpes do CC17 (p<0,001). Observou-se uma redução da taxa de resistência à tetraciclina ao longo do tempo (p=0,01), a qual foi maioritariamente conferida pelo gene tetM e associada a CC15 (p<0,001), A análise genómica das estirpes de SDSE demonstrou uma diversidade genética considerável das estirpes causadoras de infeção invasiva em Portugal, em que um número limitado de linhagens clonais altamente prevalentes na população se destacam. Diferenças na distribuição de genes associados à virulência e nos reguladores desses genes foram detetados entre linhagens clonais. Entre as principais linhagens clonais identificadas, algumas apresentavam resistências expressivas aos antimicrobianos, justificando a sua monitorização futura.