Publicação

Bioinformatics analyses and approaches to RNA-Seq Data

Detalhes bibliográficos
Resumo:	O envelhecimento ainda é um processo mal compreendido e a identificação dos moduladores mais importantes do envelhecimento continua a ser um desafio. Neste estudo, dados de RNA-Seq de duas experiências diferentes foram analisadas através de técnicas bioinformáticas para tentar encontrar genes nos processos de envelhecimento e antienvelhecimento. Uma das experiências tinha como intenção comparar o transcriptoma de células de ratinho e de rato-toupeira pelado depois de terem sido stressadas para tentar entender os processos biológicos por trás da resistência do rato-toupeira pelado contra compostos prejudiciais ao ADN. A outra experiência tinha como intenção avaliar as alterações do transcriptoma após o silenciamento do gene Bc055324 em células humanas. Os dados das experiências foram mapeados contra os genomas de referência usando STAR, as contagens de transcriptos por gene foram obtidas usando o ReadCounter e a expressão diferencial foi explorada usando edgeR. Quando alguns dos resultados pareceram estranhos, a ferramenta FastQ Screen foi usada para tentar entender a origem do problema. Numa das experiências, o batch effect era muito grande, e mesmo depois de ajustá-lo matematicamente, não permitindo que muitas inferências fossem tiradas. Na outra experiência, um grande erro durante sua execução significou que seu conceito inicial não foi alcançado. O gene Unc79 é identificado como um gene diferencialmente expresso positivamente ao comparar células de rato-toupeira pelado que foram tratadas com camptotecina após 48 horas contra um controlo. Embora exista um homólogo de ratinho para este gene, não existe expressão nas amostras de ratinho. O gene Unc79 pode então ter um papel importante na resistência do rato-toupeira pelado contra compostos prejudiciais ao ADN. Este estudo realça a importância de um planeamento e execução adequados das experiências. Apesar do facto de que o custo da sequenciação da NGS estar a diminuir, ainda é uma técnica dispendiosa, e se uma experiência não for executada corretamente pode resultar num desperdício de recursos preciosos. Este estudo também destaca como a Bioinformática é um campo multidisciplinar e que, sem dados de qualidade, mesmo as melhores ferramentas não ajudarão a tirar conclusões sobre uma determinada situação.
Autores principais:	Sousa, Eric Serafim Ramos de
Assunto:	Bioinformática Biologia do envelhecimento RNA-Seq Rato-toupeira pelado Ratinho Teses de mestrado - 2017
Ano:	2017
País:	Portugal
Tipo de documento:	dissertação de mestrado
Tipo de acesso:	acesso aberto
Instituição associada:	Universidade de Lisboa
Idioma:	inglês
Origem:	Repositório da Universidade de Lisboa

Descrição
Resumo:	O envelhecimento ainda é um processo mal compreendido e a identificação dos moduladores mais importantes do envelhecimento continua a ser um desafio. Neste estudo, dados de RNA-Seq de duas experiências diferentes foram analisadas através de técnicas bioinformáticas para tentar encontrar genes nos processos de envelhecimento e antienvelhecimento. Uma das experiências tinha como intenção comparar o transcriptoma de células de ratinho e de rato-toupeira pelado depois de terem sido stressadas para tentar entender os processos biológicos por trás da resistência do rato-toupeira pelado contra compostos prejudiciais ao ADN. A outra experiência tinha como intenção avaliar as alterações do transcriptoma após o silenciamento do gene Bc055324 em células humanas. Os dados das experiências foram mapeados contra os genomas de referência usando STAR, as contagens de transcriptos por gene foram obtidas usando o ReadCounter e a expressão diferencial foi explorada usando edgeR. Quando alguns dos resultados pareceram estranhos, a ferramenta FastQ Screen foi usada para tentar entender a origem do problema. Numa das experiências, o batch effect era muito grande, e mesmo depois de ajustá-lo matematicamente, não permitindo que muitas inferências fossem tiradas. Na outra experiência, um grande erro durante sua execução significou que seu conceito inicial não foi alcançado. O gene Unc79 é identificado como um gene diferencialmente expresso positivamente ao comparar células de rato-toupeira pelado que foram tratadas com camptotecina após 48 horas contra um controlo. Embora exista um homólogo de ratinho para este gene, não existe expressão nas amostras de ratinho. O gene Unc79 pode então ter um papel importante na resistência do rato-toupeira pelado contra compostos prejudiciais ao ADN. Este estudo realça a importância de um planeamento e execução adequados das experiências. Apesar do facto de que o custo da sequenciação da NGS estar a diminuir, ainda é uma técnica dispendiosa, e se uma experiência não for executada corretamente pode resultar num desperdício de recursos preciosos. Este estudo também destaca como a Bioinformática é um campo multidisciplinar e que, sem dados de qualidade, mesmo as melhores ferramentas não ajudarão a tirar conclusões sobre uma determinada situação.