Publicação

Avaliação da diversidade de Corollospora maritima sensu lato, em isolados da costa portuguesa

Detalhes bibliográficos
Resumo:	Esta dissertação teve como foco a caracterização dos isolados de Corollospora marítima (fungo marinho da família Halosphaeriaceae) da coleção FCUL e de novas amostras recolhidas na costa portuguesa de modo a comparar a sua diversidade genética com a diversidade observada noutras regiões geográficas, e que levou a que seja considerada uma espécie críptica. A caracterização dos exemplares de C. marítima foi feita através da avaliação morfológica de isolados e de amostras ambientais a partir das quais não foi possível fazer isolamentos, e da avaliação molecular de sequências obtidas a partir dos produtos de PCR às amostras de DNA que amplificaram adequadamente na presença de primers específicos para a região ITS (internal trancribed spacer) do RNA ribossomal nuclear, que compreende os espaçadores ITS1 e ITS2 e o gene 5,8S. As sequências obtidas no âmbito deste estudo, conjuntamente com as sequências dos membros do género Corollospora presentes nas bases de dados NCBI (National Center for Biotechnology Information) e NBRC (National Institute of Technology and Evaluation Biological Resource Center), foram alvo de análises filogenéticas e de cálculo de distâncias genéticas entre si. Neste trabalho foram obtidos dois novos isolados de C. marítima recorrendo à metodologia do esporo único, provenientes de colmos recolhidos em praias da região de Cascais. A partir de amostras ambientais, não cultiváveis, de três regiões diferentes da costa portuguesa, foram obtidas quatro sequências genómicas, que se juntaram às restantes sequências. A caracterização morfológica fez-se ao nível macroscópico e microscópico, aos isolados da coleção FCUL e aos novos isolados, após crescimento em três meios de cultura diferentes. A caracterização microscópica abrangeu todas as amostras de C. marítima disponíveis, incluindo estruturas preservadas em preparações definitivas da coleção FCUL e estruturas presentes em amostras ambientais, para além das diferenciadas nos isolados em crescimento em meio de cultura. A caracterização molecular consistiu inicialmente na identificação das espécies a que pertenciam as sequências obtidas neste estudo, por pesquisa através de BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) na base de dados NCBI, onde verificámos se correspondiam a C. marítima. Essas e outras sequências presentes nas bases de dados, de C. marítima e de outras espécies do género Corollospora, foram sujeitas a um alinhamento, a partir do qual foi obtida uma matriz de distâncias entre pares de sequências, a partir da qual, concluímos a necessidade de realizar alinhamentos parciais entre grupos de sequências classificadas como pertencentes à mesma espécie. A matriz de distâncias gerada com o alinhamento parcial das sequências da região ITS atribuídas a isolados de C. marítima revelou a existência de pelo menos três espécies dentro deste grupo: C. marítima, uma espécie que já tinha sido definida como C. portsaidica, e uma nova espécie que propomos designar como Corollospora pseudomarítima. Os alinhamentos parciais também permitiram propor valores de distância que permitam distinguir entre espécies e géneros na família Halosphaeriaceae. Após as avaliações feitas com base nos alinhamentos parciais foram, quando possível, selecionadas as duas sequências com maior tamanho e distância entre si, dentro de cada grupo, para submeter a um alinhamento global para cálculo de distâncias e análises filogenéticas. Uma primeira avaliação foi baseada na região ITS, codificante da subunidade maior ribossomal (LSU, de Large Subunit) para comparação e eventual confirmação dos resultados. Para ambas as regiões foram construídas árvores filogenéticas resultantes de análises Bayesiana e de Máxima Semelhança e, com base nos valores de suporte (Posterior Probability e Bootstrap) e nas distâncias genéticas encontradas entre os pares de sequências, foi reavaliada a posição de seis espécies dentro do género Corollospora e contribuiu-se para a resolução do complexo C. marítima. Surgirem ainda evidências para a constituição de cinco a seis novos géneros, também suportadas pela morfologia dos ascósporos desses organismos.
Autores principais:	Correia, Pedro Miguel Farinha
Assunto:	Corollospora Filogenia Novas espécies Novos géneros PCR Sequenciação Taxonomia Teses de mestrado - 2021
Ano:	2021
País:	Portugal
Tipo de documento:	dissertação de mestrado
Tipo de acesso:	acesso aberto
Instituição associada:	Universidade de Lisboa
Idioma:	português
Origem:	Repositório da Universidade de Lisboa

Descrição
Resumo:	Esta dissertação teve como foco a caracterização dos isolados de Corollospora marítima (fungo marinho da família Halosphaeriaceae) da coleção FCUL e de novas amostras recolhidas na costa portuguesa de modo a comparar a sua diversidade genética com a diversidade observada noutras regiões geográficas, e que levou a que seja considerada uma espécie críptica. A caracterização dos exemplares de C. marítima foi feita através da avaliação morfológica de isolados e de amostras ambientais a partir das quais não foi possível fazer isolamentos, e da avaliação molecular de sequências obtidas a partir dos produtos de PCR às amostras de DNA que amplificaram adequadamente na presença de primers específicos para a região ITS (internal trancribed spacer) do RNA ribossomal nuclear, que compreende os espaçadores ITS1 e ITS2 e o gene 5,8S. As sequências obtidas no âmbito deste estudo, conjuntamente com as sequências dos membros do género Corollospora presentes nas bases de dados NCBI (National Center for Biotechnology Information) e NBRC (National Institute of Technology and Evaluation Biological Resource Center), foram alvo de análises filogenéticas e de cálculo de distâncias genéticas entre si. Neste trabalho foram obtidos dois novos isolados de C. marítima recorrendo à metodologia do esporo único, provenientes de colmos recolhidos em praias da região de Cascais. A partir de amostras ambientais, não cultiváveis, de três regiões diferentes da costa portuguesa, foram obtidas quatro sequências genómicas, que se juntaram às restantes sequências. A caracterização morfológica fez-se ao nível macroscópico e microscópico, aos isolados da coleção FCUL e aos novos isolados, após crescimento em três meios de cultura diferentes. A caracterização microscópica abrangeu todas as amostras de C. marítima disponíveis, incluindo estruturas preservadas em preparações definitivas da coleção FCUL e estruturas presentes em amostras ambientais, para além das diferenciadas nos isolados em crescimento em meio de cultura. A caracterização molecular consistiu inicialmente na identificação das espécies a que pertenciam as sequências obtidas neste estudo, por pesquisa através de BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) na base de dados NCBI, onde verificámos se correspondiam a C. marítima. Essas e outras sequências presentes nas bases de dados, de C. marítima e de outras espécies do género Corollospora, foram sujeitas a um alinhamento, a partir do qual foi obtida uma matriz de distâncias entre pares de sequências, a partir da qual, concluímos a necessidade de realizar alinhamentos parciais entre grupos de sequências classificadas como pertencentes à mesma espécie. A matriz de distâncias gerada com o alinhamento parcial das sequências da região ITS atribuídas a isolados de C. marítima revelou a existência de pelo menos três espécies dentro deste grupo: C. marítima, uma espécie que já tinha sido definida como C. portsaidica, e uma nova espécie que propomos designar como Corollospora pseudomarítima. Os alinhamentos parciais também permitiram propor valores de distância que permitam distinguir entre espécies e géneros na família Halosphaeriaceae. Após as avaliações feitas com base nos alinhamentos parciais foram, quando possível, selecionadas as duas sequências com maior tamanho e distância entre si, dentro de cada grupo, para submeter a um alinhamento global para cálculo de distâncias e análises filogenéticas. Uma primeira avaliação foi baseada na região ITS, codificante da subunidade maior ribossomal (LSU, de Large Subunit) para comparação e eventual confirmação dos resultados. Para ambas as regiões foram construídas árvores filogenéticas resultantes de análises Bayesiana e de Máxima Semelhança e, com base nos valores de suporte (Posterior Probability e Bootstrap) e nas distâncias genéticas encontradas entre os pares de sequências, foi reavaliada a posição de seis espécies dentro do género Corollospora e contribuiu-se para a resolução do complexo C. marítima. Surgirem ainda evidências para a constituição de cinco a seis novos géneros, também suportadas pela morfologia dos ascósporos desses organismos.