Publicação
Increasing strawberry (Fragaria x ananassa) polyphenol content: development and selection of new markers for Marker Assisted Selection based on co-localization of QTLs and e-QTLs
| Resumo: | O morango (Fragaria L.) pertence à família Rosaceae, juntamente com outros frutos de elevada importância económica, como a maçã, o pêssego ou a cereja. Fragaria vesca (2n=2x=14) é uma espécie diploide cujo genoma já foi sequenciado (240Mb), sendo considerado um organismo modelo para o morango cultivado (Fragaria x ananassa), espécie octoploide (2n=8x=56). Os frutos silvestres em geral, e os morangos em particular, é conhecido pelo se perfil nutricional muito rico, especialmente em polifenois, o que lhes confere uma elevada capacidade antioxidante. Perceber as bases genéticas que controlam a produção destes compostos fenólicos é extremamente importante para a selecção de novas variedades com uma composição nutricional ainda mais rica. Neste trabalho, através da técnica LC-MS, foi possível analisar os metabolitos fenólicos de frutos maduros de uma população F2 de morango resultante do cruzamento das variedades Camarosa x Dover, o que permitiu quantificar 22 metabolitos diferentes e mapear posteriormente 146 QTLs ao longo do mapa genético desta população. O mapa genético de ligamento CxD foi melhorado e possui actualmente 192 loci distribuídos ao longo dos 28 grupos de ligamento esperados, representando cada grupo homeólogo uma elevada cobertura (> 70%) quando comparado com a espécie F. vesca. Os níveis de expressão dos frutos maduros foram também avaliados com recurso a microarrays contendo os 35000 genes descritos para o genoma de F. vesca, hibridando-os com RNA de indivíduos da população F2. Os genes cujos níveis de expressão variaram significativamente foram seleccionados para uma análise de QTLs de expressão (e-QTLs) que permitiu detectar e mapear 333 e-QTLs. A co-localização entre QTL metabólicos e QTLs de expressão indica uma possível implicação directa do gene candidato na produção do metabolito acumulado. Todas as co-localizações foram detectadas e os melhores resultados foram depois seleccionados para um estudo mais aprofundado, principalmente para tentar perceber o contexto biológico dessas co-localizações. Os marcadores que se encontravam perto da (ou até mesmo coincidindo com a) posição onde QTLs e e-QTLs se co-localizavam foram considerados como bons candidatos para a selecção assistida por marcadores (MAS) |
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| Autores principais: | Serra, Octávio Manuel Ribeiro |
| Assunto: | Fragaria Polifenóis Mapeamento cromossómico Seleção assistida por marcadores |
| Ano: | 2015 |
| País: | Portugal |
| Tipo de documento: | dissertação de mestrado |
| Tipo de acesso: | acesso aberto |
| Instituição associada: | Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro |
| Idioma: | inglês |
| Origem: | Repositório da UTAD |
| Resumo: | O morango (Fragaria L.) pertence à família Rosaceae, juntamente com outros frutos de elevada importância económica, como a maçã, o pêssego ou a cereja. Fragaria vesca (2n=2x=14) é uma espécie diploide cujo genoma já foi sequenciado (240Mb), sendo considerado um organismo modelo para o morango cultivado (Fragaria x ananassa), espécie octoploide (2n=8x=56). Os frutos silvestres em geral, e os morangos em particular, é conhecido pelo se perfil nutricional muito rico, especialmente em polifenois, o que lhes confere uma elevada capacidade antioxidante. Perceber as bases genéticas que controlam a produção destes compostos fenólicos é extremamente importante para a selecção de novas variedades com uma composição nutricional ainda mais rica. Neste trabalho, através da técnica LC-MS, foi possível analisar os metabolitos fenólicos de frutos maduros de uma população F2 de morango resultante do cruzamento das variedades Camarosa x Dover, o que permitiu quantificar 22 metabolitos diferentes e mapear posteriormente 146 QTLs ao longo do mapa genético desta população. O mapa genético de ligamento CxD foi melhorado e possui actualmente 192 loci distribuídos ao longo dos 28 grupos de ligamento esperados, representando cada grupo homeólogo uma elevada cobertura (> 70%) quando comparado com a espécie F. vesca. Os níveis de expressão dos frutos maduros foram também avaliados com recurso a microarrays contendo os 35000 genes descritos para o genoma de F. vesca, hibridando-os com RNA de indivíduos da população F2. Os genes cujos níveis de expressão variaram significativamente foram seleccionados para uma análise de QTLs de expressão (e-QTLs) que permitiu detectar e mapear 333 e-QTLs. A co-localização entre QTL metabólicos e QTLs de expressão indica uma possível implicação directa do gene candidato na produção do metabolito acumulado. Todas as co-localizações foram detectadas e os melhores resultados foram depois seleccionados para um estudo mais aprofundado, principalmente para tentar perceber o contexto biológico dessas co-localizações. Os marcadores que se encontravam perto da (ou até mesmo coincidindo com a) posição onde QTLs e e-QTLs se co-localizavam foram considerados como bons candidatos para a selecção assistida por marcadores (MAS) |
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