Publicação

Laboratory diagnosis of SARS-CoV-2 in the post-vaccination period for COVID-19

Detalhes bibliográficos
Resumo:	Desde o primeiro surto de coronavírus 2019 (COVID-19), doença que resulta da infeção pelo coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (SARS-CoV-2), inúmeros esforços foram reunidos para o desenvolvimento de vacinas, o que se verificou no final de 2020. Desde então e até fevereiro de 2022, foram administradas em Portugal mais de 17 milhões de doses. Contudo, a emergência de novas variantes e a evidência de que a proteção conferida pela imunização poderia diminuir com o tempo, levou à administração de doses de reforço por todo o mundo, tendo sido administradas 6 milhões de doses em Portugal, desde julho de 2021. O Centro de Testagem COVID-19 da UTAD foi criado com o propósito de detetar o SARS-CoV-2 por transcriptase reversa reação em cadeia da polimerase (RT-PCR), a partir de zaragatoas naso/orofaríngeas e analisou mais de 75 000 amostras oriundas de regiões do Nordeste de Portugal, nomeadamente Baixo Tâmega (BTAM), Alto Tâmega e Barroso (ATB) e Marão e Douro Norte (MDN), desde Janeiro a Agosto de 2021. Os resultados obtidos foram analisados de forma a investigar os efeitos da vacinação e, ainda, para explorar as diferenças observadas entre géneros, regiões e faixas etárias. Além disso, como consequência da necessidade urgente de encontrar métodos de diagnóstico mais rápidos, foi também realizada uma análise do uso direto de saliva para detetar a presença do vírus em alternativa ao convencional uso das zaragatoas nasofaríngeas (NPS). Os resultados mostraram-se de acordo com o padrão nacional, evidenciando números assoladores em janeiro, após a época natalícia, mas menos infeções de fevereiro a junho, depois da implementação de medidas de contingência e início da vacinação. Posteriormente, assistiu-se a um aumento dos casos, o que pode ser explicado pela circulação em massa da variante Delta em Portugal e/ou pelo desvanecimento da proteção conferida pelas vacinas. Além disso, as percentagens de positividade foram maiores em MDN, no género feminino e em indivíduos com idades entre os 60-69 anos. A vacinação resultou em efeitos benéficos, especialmente em idosos, pois o aumento de indivíduos totalmente vacinados foi acompanhado por uma diminuição no número de infeções nessa faixa etária. No que diz respeito ao uso de amostras de saliva, foram observadas concentrações de RNA mais elevadas e melhor pureza entre as amostras de saliva, o que sugere uma eficiente extração de RNA sem diminuição significativa da concentração e qualidade ao longo do tempo. Apesar da obtenção de valores de Ct mais elevados nas amostras de saliva, esta demonstrou ser uma alternativa confiável às NPS uma vez que foi observada uma concordância a 100% com os resultados de finais de RT-PCR. Além disso, o uso direto de saliva, sem a necessidade de qualquer meio adicional, revelou-se um meio estável para a conversação e transporte das amostras até ao laboratório até ao seu processamento e análise. Apesar de todos os resultados obtidos, é essencial manter a monitorização da diversidade genética do SARS-CoV-2 e continuar a administrar as doses de reforço de forma a manter o nível de proteção contra infeção e/ou prevenir doença severa.
Autores principais:	Marafona, Débora Adelaide Vareiro
Assunto:	COVID-19 SARS-CoV-2
Ano:	2022
País:	Portugal
Tipo de documento:	dissertação de mestrado
Tipo de acesso:	acesso restrito
Instituição associada:	Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro
Idioma:	inglês
Origem:	Repositório da UTAD

Descrição
Resumo:	Desde o primeiro surto de coronavírus 2019 (COVID-19), doença que resulta da infeção pelo coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (SARS-CoV-2), inúmeros esforços foram reunidos para o desenvolvimento de vacinas, o que se verificou no final de 2020. Desde então e até fevereiro de 2022, foram administradas em Portugal mais de 17 milhões de doses. Contudo, a emergência de novas variantes e a evidência de que a proteção conferida pela imunização poderia diminuir com o tempo, levou à administração de doses de reforço por todo o mundo, tendo sido administradas 6 milhões de doses em Portugal, desde julho de 2021. O Centro de Testagem COVID-19 da UTAD foi criado com o propósito de detetar o SARS-CoV-2 por transcriptase reversa reação em cadeia da polimerase (RT-PCR), a partir de zaragatoas naso/orofaríngeas e analisou mais de 75 000 amostras oriundas de regiões do Nordeste de Portugal, nomeadamente Baixo Tâmega (BTAM), Alto Tâmega e Barroso (ATB) e Marão e Douro Norte (MDN), desde Janeiro a Agosto de 2021. Os resultados obtidos foram analisados de forma a investigar os efeitos da vacinação e, ainda, para explorar as diferenças observadas entre géneros, regiões e faixas etárias. Além disso, como consequência da necessidade urgente de encontrar métodos de diagnóstico mais rápidos, foi também realizada uma análise do uso direto de saliva para detetar a presença do vírus em alternativa ao convencional uso das zaragatoas nasofaríngeas (NPS). Os resultados mostraram-se de acordo com o padrão nacional, evidenciando números assoladores em janeiro, após a época natalícia, mas menos infeções de fevereiro a junho, depois da implementação de medidas de contingência e início da vacinação. Posteriormente, assistiu-se a um aumento dos casos, o que pode ser explicado pela circulação em massa da variante Delta em Portugal e/ou pelo desvanecimento da proteção conferida pelas vacinas. Além disso, as percentagens de positividade foram maiores em MDN, no género feminino e em indivíduos com idades entre os 60-69 anos. A vacinação resultou em efeitos benéficos, especialmente em idosos, pois o aumento de indivíduos totalmente vacinados foi acompanhado por uma diminuição no número de infeções nessa faixa etária. No que diz respeito ao uso de amostras de saliva, foram observadas concentrações de RNA mais elevadas e melhor pureza entre as amostras de saliva, o que sugere uma eficiente extração de RNA sem diminuição significativa da concentração e qualidade ao longo do tempo. Apesar da obtenção de valores de Ct mais elevados nas amostras de saliva, esta demonstrou ser uma alternativa confiável às NPS uma vez que foi observada uma concordância a 100% com os resultados de finais de RT-PCR. Além disso, o uso direto de saliva, sem a necessidade de qualquer meio adicional, revelou-se um meio estável para a conversação e transporte das amostras até ao laboratório até ao seu processamento e análise. Apesar de todos os resultados obtidos, é essencial manter a monitorização da diversidade genética do SARS-CoV-2 e continuar a administrar as doses de reforço de forma a manter o nível de proteção contra infeção e/ou prevenir doença severa.