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Neste artigo começamos por apresentar uma breve introdução à citologia analítica descrevendo alguns conceitos importantes desta disciplina bem como um dos instrumentos que a torna possível - o citómetro de fluxo. Referimos alguns dos aspectos relevantes desta instrumentação, em particular a possibilidade de medir a estrutura e o funcionamento de células vivas e de separar sub-populações celulares para posterior obtenção de culturas puras. Discutimos ainda os fundamentos de algumas aplicações e apresentamos os resultados obtidos nos nossos laboratórios com os seguintes estudos: i) efeitos de fungicidas no ciclo celular de leveduras; ii) relação entre a presença de proteínas de efluxo activas e a menor susceptibilidade de leveduras a antifúngicos; iii) avaliação de alterações estruturais e funcionais induzidas pelo ácido acético e sua relação com perda de viabilidade celular em populações de Saccharomyces cerevisiae e Zygosaccharomyces bailii; iv) determinação do potencial de membrana mitocondrial e avaliação da função mitocondrial de leveduras; v) determinação da ploidia de DNA em leveduras; vi) monitorização in vivo de processos celulares em S. cerevisiae e vii) morte celular programada induzida pelo ácido acético em S. cerevisiae. No decurso destes trabalhos, optimizámos diferentes protocolos de marcação celular recorrendo aos seguintes fl uorocromos: SYBR® Green I para a marcação de DNA; calceína-M, BCECF-AM, Rh123 e DiOC5 para a detecção de proteínas de efl uxo activo; DAF, FUN-1®, IP e Rh123 para a avaliação da integridade estrutural e funcional da célula; Rh123 para a avaliação de potencial de membrana mitocondrial, anexina V-FITC para a detecção de fosfatidilserina no folheto externo da membrana citoplasmática e FITC conjugado com dUTP (reacção de TUNEL) para a detecção de fragmentação internucleosomal de DNA.